lib/src1/bruker2dicom2.h

   1 /*
   2         # ---------------------------------------------------------------------
   3         #
   4         # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5         #                        pour la Santé)
   6         # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7         # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8         # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9         #
  10         #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11         #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12         #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13         #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14         #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15         #  or in the file LICENSE.txt.
  16         #
  17         #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18         #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19         #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20         #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21         #  liability.
  22         #
  23         #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24         #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25         # ------------------------------------------------------------------------
  26 */
  27 #ifndef BRUKER2DICOM2_H
  28 #define BRUKER2DICOM2_H
  29
  30 #include <gdcmReader.h>
  31 #include "gdcmDirectory.h"
  32 #include <vtkGDCMImageReader.h>
  33 #include <gdcmScanner.h>
  34
  35 #include "gdcmByteSwap.h"
  36 #include "gdcmSwapCode.h"
  37 #include "gdcmFilename.h"
  38 #include "gdcmDataSet.h"
  39
  40 #include "gdcmImageWriter.h"
  41 #include "gdcmImage.h"
  42 #include "gdcmWriter.h"
  43 #include "gdcmReader.h"
  44 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  45 //
  46 //#include "gdcmFile.h"
  47 //#include "gdcmFileHelper.h"
  48 //#include "gdcmCommon.h"
  49 //#include "gdcmDebug.h"
  50 //#include "gdcmUtil.h"
  51 //#include "gdcmDirList.h"
  52 //
  53 //#include "gdcmArgMgr.h"
  54 #include "brukerSystem.h"
  55 #include "brukerdataset.h"
  56 #include "brukerkspaceobject.h"
  57 #include "brukerimage.h"
  58 #include <string>
  59 #include <iostream>
  60 #include <sstream>
  61
  62   // file separator
  63 #if defined(_WIN32)
  64 #define VALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  65 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "/"
  66 #else
  67 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  68 #define VALID_FILE_SEPARATOR "/"
  69 #endif
  70
  71 //class __declspec( dllexport ) Bruker2Dicom {
  72 class creaBruker_EXPORT  Bruker2Dicom {
  73
  74 public:
  75  /*! \brief Constructor
  76 */
  77   Bruker2Dicom () /* : verbose(0), mhd(0), dicom(0), day(O)*/ {};
  78 /*! \brief Destructor
  79 */
  80   ~Bruker2Dicom (){};
  81
  82   void SetInputDirectory (const std::string &i) { InputDirName   = i;}
  83   void SetOutputDirectory(const std::string &o) { OutputDirName  = o;}
  84   void SetConvertModeToDicom()                  { dicom = 1; mhd = 0;}
  85   void SetConvertModeToMhd()                    { dicom = 0; mhd = 1;}
  86   bool Execute();
  87
  88   /*
  89   // For debugging pupose only.
  90   //Don't need accessors : Attributes are 'public'
  91
  92   void SetVerbose(int v) { verbose = v;}
  93   void SetMhd(int m)     { mhd = m;    }
  94   void SetDicom(int d)   { dicom = d;  }
  95   */
  96
  97 private :
  98
  99 void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
 100               int X,
 101               int Y,
 102               int nbFrames,
 103               int pixelSize,
 104               double spacingX, double spacingY, double sliceDistance,
 105               std::string dcmImageName,
 106               const std::string &patientName,
 107               const char *day,
 108               std::string &studyUID,
 109               std::string &serieUID,
 110               std::string &studyDescr,
 111               std::string &serieDescr,
 112               std::string &strStudyTimeDate,
 113               int imgNum, int  imagecontenttype//gdcm2 dont have such things, I think, as ImageContentTYpe
 114       );
 115
 116 std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( );
 117
 118 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT,
 119                     std::string &mhdDataPixelType,
 120                     int &pixelSize);
 121
 122 void cleanString(std::string &s);
 123
 124 bool CreateDirectory(const std::string &dirNameout);
 125
 126 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
 127 void DealWithMultiStudyDirectory(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, const std::string &currentOutputDirName);
 128 void DealWithSingleStudyDirectory (const std::string dirname,               const std::string currentOutputDirName) ;
 129
 130 void DealWithNiveau1(std::string level1Directory, std::string currentOutputDirName);
 131 void DealWithNiveau2(std::string level2Directory, std::string currentOutputDirName);
 132 void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName);
 133
 134 void dealWithCarto(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices,
 135                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
 136                    char *copyFile, std::string &currentOutputDirName,
 137                    char *outputMhdFileName, char *output2dseqCartoName);
 138
 139 const std::string createDirectory(const std::string &i_name,const std::string &i_dir);
 140  std::string findFile(const std::string &i_dir, const std::string i_name);
 141 public:
 142
 143 // these ones are for debugging only
 144 // don't bbfy the accessors.
 145
 146    int verbose;
 147    const char *day;
 148
 149 private :
 150    std::string InputDirName;
 151    std::string OutputDirName;
 152
 153    bool subjectFound;
 154    bool acqpFound;
 155
 156    std::string subject_entry;
 157    std::string subject_position;
 158    std::string subject_date;
 159    std::string subject_study_name;
 160
 161    int mhd;
 162    int dicom;
 163
 164    int nbSlices;
 165    BrukerDataSet br_subject;
 166    BrukerDataSet br_acqp;
 167    BrukerDataSet br_method;
 168    BrukerDataSet br_d3proc;
 169    BrukerDataSet br_isa;
 170    BrukerDataSet br_reco;
 171
 172    std::vector<BrukerImage> imageSet;
 173
 174 // For DICOM images.
 175
 176    std::string strStudyUID;
 177    std::string strSerieUID;
 178    std::string strStudyDescr;
 179    std::string strSerieDescr;
 180    std::string strStudyTimeDate;
 181    std::string strPatientName;
 182    std::string subject_name; // cleaned strPatientName
 183
 184    int serieNumber;
 185    int instanceNumber;
 186 };
 187
 188 #endif