packages/itk/src/bbitkImageStatistics.h

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkImageStatistics.h,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2013/03/27 $
  33   Version:   $Revision: 1.0 $
  34   Modified by: Ricardo A Corredor (RaC)
  35 =========================================================================*/
  36
  37
  38 /**
  39  * \file
  40  * \brief class ITKImageStatistics : generic ITKImage statistics
  41  */
  42 /**
  43  * \class bbtk::ITKImageStatistics
  44  * \brief Generic ITKImage statictis
  45  */
  46
  47 #ifdef _USE_ITK_
  48 //=====
  49 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
  50 //=====
  51 #ifndef __bbitkImageStatistics_h_INCLUDED__
  52 #define __bbitkImageStatistics_h_INCLUDED__
  53 //#include "bbitk_EXPORT.h"
  54 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  55
  56 #include "iostream"
  57
  58 #include "bbitkImage.h"
  59
  60 #include <itkStatisticsImageFilter.h>
  61
  62
  63 namespace bbitk
  64 {
  65
  66 class /*bbitk_EXPORT*/ ImageStatistics
  67  :
  68    public bbtk::AtomicBlackBox
  69 {
  70   BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ImageStatistics,bbtk::AtomicBlackBox);
  71 //=====
  72 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
  73 //=====
  74   BBTK_DECLARE_INPUT(In,bbitk::anyImagePointer);
  75   BBTK_DECLARE_OUTPUT(Min,double);
  76   BBTK_DECLARE_OUTPUT(Max,double);
  77   BBTK_DECLARE_OUTPUT(Mean,double);
  78   BBTK_DECLARE_OUTPUT(StdDev,double);
  79   BBTK_PROCESS(Process);
  80 private:
  81   inline void Process();
  82   template <class T> void ProcessTemplated();
  83 //=====
  84 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
  85 //=====
  86 };
  87
  88 BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ImageStatistics,bbtk::AtomicBlackBox);
  89 BBTK_NAME("ImageStatistics");
  90 BBTK_AUTHOR("Ricardo A Corredor");
  91 BBTK_DESCRIPTION("Basic Image Statistics (minimim, maximum, mean, standard deviation)");
  92 BBTK_CATEGORY("");
  93 BBTK_INPUT(ImageStatistics,In,"Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",bbitk::anyImagePointer,"");
  94 BBTK_OUTPUT(ImageStatistics,Min,"Image minimum",double,"");
  95 BBTK_OUTPUT(ImageStatistics,Max,"Image maximum",double,"");
  96 BBTK_OUTPUT(ImageStatistics,Mean,"Image mean",double,"");
  97 BBTK_OUTPUT(ImageStatistics,StdDev,"Image standard deviation",double,"");
  98 BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ImageStatistics);
  99 //=====
 100 // Before editing this file, make sure it's a file of your own (i.e.: it wasn't generated from xml description; if so : your modifications will be lost)
 101 //=====
 102
 103
 104 //===================================================
 105 void ImageStatistics::Process()
 106 {
 107         bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
 108         BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->ProcessTemplated);
 109 }
 110 //===================================================
 111
 112
 113 //===================================================
 114 template <class ImageType>
 115 void ImageStatistics::ProcessTemplated()
 116 {
 117         bbtkDebugMessageInc("Core",9,"bbitk::ImageStatistics::Process<"<<bbtk::TypeName<ImageType>()<<">()"<<std::endl);
 118
 119         typedef itk::StatisticsImageFilter<ImageType> StatisticsImageFilterType;
 120         typename StatisticsImageFilterType::Pointer statisticsImageFilter = StatisticsImageFilterType::New ();
 121
 122         // Input
 123         ImageType* in = this->bbGetInputIn().get<ImageType*>();
 124
 125         statisticsImageFilter->SetInput(in);
 126         statisticsImageFilter->Update();
 127
 128         std::cout << "Mean: " << statisticsImageFilter->GetMean() << std::endl;
 129         std::cout << "Std.: " << statisticsImageFilter->GetSigma() << std::endl;
 130         std::cout << "Min: " << statisticsImageFilter->GetMinimum() << std::endl;
 131         std::cout << "Max: " << statisticsImageFilter->GetMaximum() << std::endl;
 132
 133         bbSetOutputMin((double)statisticsImageFilter->GetMinimum());
 134         bbSetOutputMax((double)statisticsImageFilter->GetMaximum());
 135         bbSetOutputMean((double)statisticsImageFilter->GetMean());
 136         bbSetOutputStdDev((double)statisticsImageFilter->GetSigma());
 137
 138         bbtkDebugDecTab("Core",9);
 139 }
 140 //===================================================
 141
 142 }
 143 // EO namespace bbitk
 144
 145 #endif // __bbitkImageStatistics_h_INCLUDED__
 146
 147 #endif  // _USE_ITK_