replace remote rsync with local

allow to merge hdr also

change path to usr/local + sps option

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Debug 4D playing with Overlay or Fusion:
Now even if the Overlay/Fusion isn't display, the time for 4D playing always start at 0

Bugfix: Handle treatment plans that contain number of protons

Add flag to compile PacsConnection with external GDCM

Ensure compilation when CLITK_USE_PACS_CONNECTION is OFF

Merge branch 'master' into vectorImage

Merge branch 'vectorImage' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk into vectorImage

Merge branch 'vectorImage'

Merge branch 'master' into PacsConnection

Merge branch 'master' into vectorImage

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Debug clitkImageConvert tool
Now the tool can write an image

Add new tool: conversion from 4D Image to Vector Image
The last dimension of the 4D image is now the vector pixel of the output image

Debug Number of Component in Pixel Type

Merge branch 'master' into vectorImage

Open NVector Pixel Image as 4D Image

Debug cross hair with 1D image
Change look: VTK_VERSION conditions are just written around the problematic part

With Qt4, debug the screenshot

Debut the creatio of the output in clitkNVectorImageTo4DImage tool

Finalize the creation of clitkNVectorImageTo4DImage tool

Add tool: clitkNVectorImageTo4DImage

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Debug nrrd and hdr IO with static compilation

Conflicts:
vv/vv.pro
It Exists in static-Qt5 branhc but not in master branch

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Debug nii files IO

In PacsConnection GUI: debug save button into Configuration tab

Add exit button for the PACS Connection GUI

Ensure compilation with VTK6/Qt5 and newer version of GDCM

Modifications for Windows compilation

Debug VF display

Ensure compatibility with VTK5

Add --mha tag in clitkDicomRTStruct2Image to allow structure with special characters in the name

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Remove a render
Speed up the contour display for ROI

Remove Render for ROI and Contours
Seems to speed up the display process when you change of slice or move the pointer

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Remove Update for ROI and Contours Actors
Seems to slow down the process after clicking on Set All ROI visible and Set All Contours Visible

disconnect a signal/slot for ROI
Avoid to call the function twice

disconnect a signal/slot for ROI contours
Avoid to call the function twice

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

COMP: itk v4.10 and c++11

Removed generated files from master branch

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Ensure compatibility with VTK6 for Image2DicomRTStruct tool

Merge branch 'static'

Ensure the static compilation with Qt4

Find the correct version of Qt based on the VTK link in CMake

Allow to open mhd/jpeg/... images with a static compilation with a .pro file

Add clitkConfiguration.h for static compilation with .pro file

Add _ggo files for static compilation with .pro file

Add vvConfiguration for static compilation with .pro file

Add .pro file for static compilation

Add VTK_MODULE_INIT

Ensure headers compatibility for static compilation

Ensure CLITK_EXPERIMENTAL is defined
(needed for static compilation)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

ADDED: a version of the job submission script that does not copy the data-dir. Useful for large data-dirs

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Fix profile tool with image with a negative spacing

Debug ROI display
if contour display was checked and ROI unchecked, the ROI was displayed
Now just contours are displayed

Ensure compatibility with ITK < v4.7

Add volume to clitkImageStatistics

Ensure compatibility with VTK < v5.10

Ensure compatibility with VTK6 in vvSlicer

Debug fusion/overlay display with VTK5

Add a tag to preserve UID and private DICOM tags for clitkWriteDicomSeries (see previous commit)

Ensure to have the same series UID while writing a Dicom serie

Add a tolerance when calculate euler angle with rigid transformation

With the resample tool, ensure to have the same transformation after the resampling in vv

Ensure compatibility between Qt5.5 and Qt5.x or less

Debug Resample tool

Avoid to open more than one overlay/fusion/vf per image with command line

Debug 4D ROI

Debug signal/slot in vvToolBinarize

Debug vf display

Undo the current transformation before cropping and Redo after it

Avoid crash with non-orthogonal matrices

Ensure to have the correct value with transformed image in the sliders

Change the origin of registered cropped image in clitkCropImage

Fix the profile line display with transformation

The profile points follow the current transform

Fix the coordinates of new landmarks
when images are already registered

Updare the Window & Level spin boxes in the main window
when the Window/Level are set up with --window and --level tags

Landmarks move with the image during registration

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
Now the position is correct (in voxel) event with an anistropic image

Debug LandmarkPanel
> Display the correct intensity value (after a transformation in the panel)
> With 2 images, the panel doesn't move anymore while the mouse move to another image

Consistency of information between Info Pannel and Cursor Position Overlay
> Now the position in voxel is the same and change with transformation (as the value and not the position in mm)

Add Ctrl+O shortcut to open an image

Debug for MacOSX Retina

Debug the use of transformation matrix .mat

Ensure the compilation with Qt4

Ensure compatibility between VTK5 & VTK6

Improve code reading in the CMakeLists.txt
To distinguish Qt4 and Qt5

Remove ITK3 and ITK4.2 tests and dependencies
Now, minimum required version is ITK4.3

Ensure to have the same Direction for input and label images for clitkImageStatistics