istream replaced by std::istream

Remaining ostream replaced by std::ostream

Remaining \n in std::cout and std::cerr replaced by std::endl

Remaining cerr replaced by std::cerr
          endl replaced by std::endl

Mistyping in doxygen header corrected

Remove using namespace std;

Replace string by std::string
        map    by std::map
        vector by std:vector

Warning "RLE part" is not yet fully checked.
        Remaining a lot of pb with 'color' (RGB or Palette) images

  * src/gdcmUtil.[cxx|h] : change the _CreateCleanString return value from
        char* to std::string. Thus, the use of strdup becoomes useless. (see
        previous commis of Malaterre)
      * src/gdcmElValSet.cxx : reuse commented call to _CreateCleanString like
        before the last Malaterre's commit.
     -- BeNours

* doh I had commited unix file for Win workspace !

* oops forgot to commit Changelog :)

* This commit should fix the Debug building under VC++, the problem was mainly a mixture of debug and release lib being loaded at startup.
* I also remove a depency to a specific C function: strdup. Because I had to force the link to msvcrtd (whereas strdup is in libc).

  * "gdcm::Unfound" string changed to a constant variable (GDCM_UNFOUND)
        located in the gdcmCommon.h file. All use of reference of tha has been
        changed to now use the variable GDCM_UNFOUND.
     -- BeNours

* corrected directory parsing under Win32

* grammar ;)

Makefile.am now exports gdcm.dsw for Windoze users. --- Frog

  * Cosmetic changes:
        - gdcmPython/testSuite.py adapted to the JPR updated Dicts/dicomV3.dic
          Dicom dictionary. The test suite can now be run again. Note:
          I'm note very happy with the " (RET)" changes. I believe this
          RETAINED comment should be dropped when parsing the dictionary.
        - PACKAGER corrected
        - DEVELOPPER added.
        - AUTHORS updated and now in alphabetical order

* Fix a cygwin complain about not finding python2.3, (thanks to LFV)

Missing modalities added, to be compliant with DICOM Part 3.3 '2003

Special patch to allow gdcm to read ACR-LibIDO formatted images
(if recognition code = ACR_LIBIDO, we switch ROWS and COLUMN)

All the gdcmFile::WriteXXX now produce a LibIDO/gdcm readable ACR_LibIDO image
when the source was an ACR_LibIDO image.

* cygwin complains about missing std:: in subdir Test/

* remove some methods that are now in gdcmHeaderHelper

vtkGdcmReader set spacing and origin correctly

Some more items added to be Dicom'2003 compliant

* Fix a few delete/delete[] mismatch

* src/gdcmHeaderHelper.[h cxx]: added new class that provide an
  interpretation to data given by gdcmHeader. For instance there are
  heuristics to get informations (look at different places).
* it also include a specific class: gdcmSerieHeaderHelper devoted to
  sorting DICOM images based on different strategies.
* modified Makefiles accordingly.

* src/*.cxx : added pragma disable 4786/4251 to get rid of ~4300 warning
  when building in debug mode
* vtk/win32/vtkgdcm.dsp : change /MT -> /MD and /MTd -> /MDd to match
  src/win32/gdcmdll.dsp
* vtk/win32/vtkgdcm.dsp : added /nodefaultlib "mscvrt" for debug mode

* Corrected a leak in vtkGdcmREader.cxx, the pSource was find thanks to valgrind.

* Corrected a leak, the pSource was find thanks to valgrind. valgrind rules !

* src/win32/libgdcmjpeg12.dsp was not dos format
* src/win32/libgdcmjpeg12.dsp : libgdcmijpeg12_EXPORTS -> LIBGDCMIJPEG12_EXPORTS
* src/win32/gdcmdll.dsp: + /I "..\jpeg\libijg12"

  * src/gdcmHeader.h : add std:: prefix for stl elements... like others in
        the file
      * src/gdcmFile.cxx : bug fix in affectation type
      * src/jpeg/libijpeg12/jmorecfg12.h : export for windows modified... like
        in src/jpeg/libijpeg8/jmorecfg8.h (JPR : copy/paste exists !!!)
      * Modifs of MVSC projects to compile them. Not concerning 2 identic
        symbols... futur problem ?
      -- BeNours

missing namespace: string -> std::string

Sorry, didn't realize named had changed .c -> 12.c

* src/win32/libgdcmijpeg12.dsp was missing
* modified gdcm.dsw accordingly

* src/gdcmHeader.cxx : misplaced return 0.; for ACR/NEMA

misplaced return 0.; for ACR/NEMA

*** empty log message ***

  * src/jpeg/libijg12/.cvsignore, jconfig.* : ommited files while last
        commit of JPR (before his hollidays to facilitate our work).
      * setup.py : bug fix in code. Modifications made while the last commit
        of JPR. The code hasn't been tested before the commit... it's so
        useless to make that (for best programmer that is JPR) !!!
      -- BeNours

For the Linux part of the Packaging

Adding the empty gdcmRLE.cxx file

Add empty gdcmJpeg2000.cxx, ready for the future

For 12 bits jpeg, it could help :-(

Last commit (?)

for libijg8

For libijg12

Add Jpeg 12 bits .c files,
in libiijg12

adding jpeg12 bits .h file , in libijg12.
I hope, this time ...

remove 12 bits .c files out of lib 8

remove '12 bits' files out of lib 8

- Color problems taken in to account
- 12 Bits Jpeg Lossy taken into account
- (RLE LossLess functions not yet made)

adding the UIDs full names

C files for 1é bits Jpeg lossy (from IJG 6b)

include files for 8 bits Jpeg Lossy (from IJG 6b)

jBitsInJsample.h : to avoid pb when including in gdcmJpeg.cxx

Upgrade of Dicom Dictionary to be 2003 compliant (400 entries added)
Next step will be the removal of NIH defined 3-rd field,
whixh is not part of the dictionary

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

  * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
      * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
      * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
      * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
      * PACKAGER : adding all concerning windows
      -- BeNours

  * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
        garbage debug code.
      * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
      * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
        test suite reported error.
      * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
        packaging a new release).
      * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
      * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
      * fixing build of rpm (through rpm -ta):
        - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
        - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files. --- Frog

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
      * src/gdcmHeader.h : formatting code
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
        We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
        is made in an internal list to prevent this problem.
        Bug fix when output is empty.
        Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
        correction.
      -- BeNours

  * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
      * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
        files. Added method to remove all files on the input
        Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
        ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
      -- BeNours

  * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
        RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
      -- BeNours

  * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
        when using make instal.

2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
      * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
      * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
      -- BeNours

All the 'accesors with euristics' move to the end of the file
(waiting to be moved to an other file)

- gdcmDebug set to 0 in ordrer to avaoid some spurious outputs
- mistyping corrected

now gdcmFile::GetImageDataIntoVector, gdcmFile::GetImageData, and so on
return an RGB pixel map
(they return no longer an R Plane + a G Plane + a B Plane)
see gdcmData/US-RGB-8-epicard.dcm

  * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
        linux and WINDOWS !
      * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
      * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
      -- BeNours

  * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
        addon of the jpeg library)
      * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
      * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
      * INSTALL now points to web documentation  --- Frog

some useless tests removed

mistyping corrected

  * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
        gdcmUtil.h anymore.

  * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
        clean target.
      * src/gdcm*.[cxx|h] :
        - to allow compilation with gcc 3.x
          -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
          -- small fixes on exceptions.
          Note: linking not tested !
        - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
          building stage.
      * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
        dependent convertion).

Now GetXImagePosition, GetYImagePosition, GetZImagePosition
deal with old ACR-NEMA images

Adding :

std::string TranslateToKey(guint16 group, guint16 element);
(because a tag key may not be associated to a dictionary)

int gdcmHeader::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
(we need to know if we want to build a kosher Dicom Header)

int gdcmElValSet::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
Well .... private fields *do* exist in C++

  * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
        Changelog):
        - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
        - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
          addition/modification of Makefile.am and configure.in.
        - the testSuite is still brain damage (not guilty).

Final remove of spurious  testTS

Add JPEG 6b files

To display the actual value of Transfer Syntax (instead of its code)

Some more displays to improve debugging

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
        (FileName -> Filename)
      -- BeNours

  * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
        compile
      -- BeNours

Memory fixes (valgrind need to be run on .libs/vtkgdcmdemo and not the script).
Change a empty() -> clear()

Header mismatch with cpp file: corrected

  * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
        - UpdateProgress method should now be effective
        - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
          to volumes),
        - when building a stack of images/volume, a lesser number of
          gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
          accelerating things).
        - when building a stack of images/volumes, files which are not
          loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
          or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
          in the stack (for the caller to notice the problem).

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent. Frog

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
        between standard library (std) and vtk library (problems are found
        under Windows... thanks Windows !)
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
        debug stage).
      * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.

  * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
        called with different flags than the default ones (with automake).
        In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
           make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
        and went for warning fixes:
        - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
          up from unused variables.
        - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
      * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup

  * gdcmPython/gdcm.i:
        - typemaps correction to take into account the systematic replacement
          of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
          std::string... (cf changes of 2003-05-21).
        - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
          src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
          exported to Python a as cvar.
      * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
        and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
        gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
        gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
        C++ static methods).
      * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
        with the above changes.                    ---- Frog

  Bug fix for VTK path
      -- BeNours

  * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
      -- BeNours

  * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
        wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
        generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
         - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
         - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
           a wrapper
         - Wrapper interface which wrap sources
        + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
        + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
      * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
        files for compilation
      -- BeNours

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

  * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
        std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
        This is to avoid pollution of global namespace in included files.
        Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
        gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
        collision of various stl members (principally cout...).
      * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
         comply with above changes)
      -- Frog & BeNours