*** empty log message ***

*** empty log message ***

  * vtk/testvtkGdcmReader.cxx : remove a symbol that is unused
      * src/jpeg/libijg8/jmorecfg.h : adding export symbol for windows
      * *.dsp : modifications to use new libgdcmijpeg8 library
      * setup.py : bug fix on VTKPATH variable
      * PACKAGER : adding all concerning windows
      -- BeNours

  * src/gdcmElValSet.cxx, gdcmFile.cxx: JPR bug fix, removal of
        garbage debug code.
      * TODO, vtk/vtkGdcmReader.cxx: upcoming fixes comments.
      * gdcmPython/testSuite.py: JPR bug fix, brutal erasement of
        test suite reported error.
      * PACKAGER file added (describes what a packager must do when
        packaging a new release).
      * MANIFEST.in, now declares jconfig.linux and jconfig.vc
      * configure.in: upgraded version number to 0.3.0
      * fixing build of rpm (through rpm -ta):
        - Doc/Makefile.am exports proper doxygen files
        - src/jpeg/libijg8/Makefile.am exports the include files. --- Frog

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx : bug fix when loading only 1 file.
      * src/gdcmHeader.h : formatting code
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader.h : adding comments for InternalFileNaleList variable
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix when loading only one file.
        We were obtaining error message from vtk. Now, creation of file list
        is made in an internal list to prevent this problem.
        Bug fix when output is empty.
        Bug fix in update of progress value. Previous commit for this was a bad
        correction.
      -- BeNours

  * src/gdcmHeader.h : added method to get the file name
      * vtk/vtkGdcmReader.[cxx|h] : bug fix concerning loading of bad dicom
        files. Added method to remove all files on the input
        Added FIXME comment concerning the bad parsing of header made by
        ExecuteInformation method (in ExecuteData method)
      -- BeNours

  * src/gdcmFile.cxx : bug fix under Window after JPR commit
        RQ : the JPR doesn't appear in the ChangeLog... normal for him
      -- BeNours

  * vtk/Makefile.am: vtkGdcmReader.h should now be cleany installed
        when using make instal.

2003-07-03  Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
      * setup.py : adding include dir of jpeg lib to compile all sources
      * */Win32/*.dsp : JPR fix for windows compilation
      -- BeNours

All the 'accesors with euristics' move to the end of the file
(waiting to be moved to an other file)

- gdcmDebug set to 0 in ordrer to avaoid some spurious outputs
- mistyping corrected

now gdcmFile::GetImageDataIntoVector, gdcmFile::GetImageData, and so on
return an RGB pixel map
(they return no longer an R Plane + a G Plane + a B Plane)
see gdcmData/US-RGB-8-epicard.dcm

  * src/jpeg/libijg8/jconfig.* : JPR bug fix : now compile on both
        linux and WINDOWS !
      * src/gdcmJpeg.cxx : JPR bug fix : erroneous include
      * src/win32/gdcmdll.dsp : JPR fix for windows compilation
      -- BeNours

  * setup.py is again effective on un*x (takes into account the
        addon of the jpeg library)
      * Doc/DoxyDevelInstal.txt added (developper's raw documentation)
      * Doc/Doxy* updated (includes above enhancements)
      * INSTALL now points to web documentation  --- Frog

some useless tests removed

mistyping corrected

  * src/gdcmHeader.h doesn't make unnecessary reference to
        gdcmUtil.h anymore.

  * gdcmPython/Makefile.am now avoids calling the wrappers for the
        clean target.
      * src/gdcm*.[cxx|h] :
        - to allow compilation with gcc 3.x
          -- clean up of STL usage (added explicit usage of std::)
          -- small fixes on exceptions.
          Note: linking not tested !
        - clean of doxygen comments to avoid warnings at documentation
          building stage.
      * vtk/vtkGdcmReader.cxx: g++ warning message clean up (platform
        dependent convertion).

Now GetXImagePosition, GetYImagePosition, GetZImagePosition
deal with old ACR-NEMA images

Adding :

std::string TranslateToKey(guint16 group, guint16 element);
(because a tag key may not be associated to a dictionary)

int gdcmHeader::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
(we need to know if we want to build a kosher Dicom Header)

int gdcmElValSet::CheckIfExistByNumber(guint16 Group, guint16 Elem);
Well .... private fields *do* exist in C++

  * Clean up of previous JPR garbage commit (not even commented in the
        Changelog):
        - Test/Makefile.am removed the reference to unexisting testTS.cxx
        - moved all jpeg related files from src to src/jpeg/libijg8, with
          addition/modification of Makefile.am and configure.in.
        - the testSuite is still brain damage (not guilty).

Final remove of spurious  testTS

Add JPEG 6b files

To display the actual value of Transfer Syntax (instead of its code)

Some more displays to improve debugging

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx : modification for an already existing name
        (FileName -> Filename)
      -- BeNours

  * WrapVTK.py : modifications to get correctly vtk source files to
        compile
      -- BeNours

Memory fixes (valgrind need to be run on .libs/vtkgdcmdemo and not the script).
Change a empty() -> clear()

Header mismatch with cpp file: corrected

  * vtk/vtkGdcmReader.[cxx/h]:
        - UpdateProgress method should now be effective
        - removed the limitation on having only images loaded (as opposed
          to volumes),
        - when building a stack of images/volume, a lesser number of
          gdcmHeader and gdcmFile instances should be used (hopefully
          accelerating things).
        - when building a stack of images/volumes, files which are not
          loadable (wrong path-filename, wrong permissions on existing file,
          or file not parsable by gdcm) are replaced with a black image
          in the stack (for the caller to notice the problem).

  * vtk/vtkGdcmReader.cxx: hopefully corrected Z extent. Frog

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] : makes correct code to remove conflicts
        between standard library (std) and vtk library (problems are found
        under Windows... thanks Windows !)
      -- BeNours

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] should now be volume aware (read ready for
        debug stage).
      * gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py: commented lines for volume test

  * vtk/vtkGdcmReader[cxx|h] preparation addons for loading volumes.

  * When compiling with distutils (see setup.py) the C++ compiler is
        called with different flags than the default ones (with automake).
        In order to fix all those warning, I compiled gdcm with the command
           make 'CXXFLAGS=-Wall -Wstrict-prototypes -D__STDC_LIMIT_MACROS'
        and went for warning fixes:
        - src/gdcmHeader.cxx, Test/dcm2acr.cxx, pourFindTaggs.cxx cleaned
          up from unused variables.
        - vtk/vtkGdcmReader.cxx: potential bug fix.
      * src/gdcmHeader.h: Doxygen warning cleanup

  * gdcmPython/gdcm.i:
        - typemaps correction to take into account the systematic replacement
          of "using namespace std" with std:: prefix e.g. std::list,
          std::string... (cf changes of 2003-05-21).
        - gdcmGlob global variable of type gdcmGlobal (defined in
          src/gdcmUtil.cxx and declared in gdcmPython/gdcm.i) is now
          exported to Python a as cvar.
      * gdcmPython/__init__.py now defines two functions GetPubDictTagNames()
        and GetPubDictTagNamesByCategory() as a replacement for deprecated
        gdcmDictSet.GetPubDictTagNames() and
        gdcmDictSet.GetPubDictTagNamesByCategory() class functions (i.e.
        C++ static methods).
      * gdcmPython/demo/printGroupedPublicDict.py is operational again,
        with the above changes.                    ---- Frog

  Bug fix for VTK path
      -- BeNours

  * setup.py, manifest.in : bug fix under linux
      -- BeNours

  * Modification of setup.py to compile vtk part too. Then, we have 2
        wrappers which must work with same distutils. For that, we have a
        generic distutils in distusiltsWrapping.py ; with :
         - build_extWrap class to wrap generically all extensions,
         - ExtensionWrap base class for all wrapping extension that contains
           a wrapper
         - Wrapper interface which wrap sources
        + In WrapSwig.py  we have extension and wrapper for Swig
        + In WrapVTK.py  we have extension and wrapper for VTK
      * MANIFEST.in : modifications to consider vtk directory and new python
        files for compilation
      -- BeNours

*** empty log message ***

*** empty log message ***

*** empty log message ***

  * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
        std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
        This is to avoid pollution of global namespace in included files.
        Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
        gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
        collision of various stl members (principally cout...).
      * gdcmPython/gdcm.i now declares a typemap for std::string (to
         comply with above changes)
      -- Frog & BeNours

gdcmPython/testSuite.py now cleanly removes temprory generated file.

  * src/*.[h] all occurences of stl classes are now prefixed with
        std::, and all occurences of "using namespace std;" where removed.
        This is to avoid pollution of global namespace in included files.
        Apparently vtk does not avoid this pitfall: when using both
        gdcm and vtk (as in vtk/vtkGdcmReader.cxx) this ended up in a
        collision of various stl members (principally cout...).

  * Added python wrappers of vtkGdcmReader vtk class (see the
        source in vtk/vtkGdcmReader.cxx) :
        - vtk/Makefile.am now builds a library
        - gdcmPython/Makefile.am now builds vtkgdcmPython a second import
          python library (as opposed to _gdcm.so wich are the python
          wrappers of gdcm). vtkgdcmPython.so uses the vtk python wrappers
          (vtkWrapPython and vtkWrapPythonInit utility) to build vtkgdcmPython
          import library.
        - configure.in has an additional flag --enable-vtk that needs
          to be set to enable compilation of vtk related code, that is:
          + vtk/vtkGdcmReader.so and
          + vtk/testvtkGdcmReader C++ demo of vtk wrappers of gdcm)
          + gdcmPython/vtkgdcmPython.so (see above)
        - gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py corrected (some images cannot
          be read when compressed or when HighBit + 1 != BitsStored),
        - gdcmPython/demo/vtkGdcmReader.py added. This demo illustrates
          the usage of the python wrapper of vtkGdcmReader vtk class.
      * vtk/vtkGdcmReader.cxx: bug fixed (thanks to Benoit Regrain).

  * src/gdcmHeader>[h/cxx] added gdcmHeader::GetPixelSize()
      * vtk/vtkGdcmReader.cxx now properly inports the image in the
        vtk data structure (an image Flip was required).
      * vtk/testvtkGdcmReader.cxx refers to gdcmData subdir instead of Data.
      * cosmetic changes in documentation.

  * The subdirectory Data (containing all the images used for the
        test suite) is not part of this repository anymore. A new module
        containing those images is now available at
          :pserver:xxx@cvs.creatis.insa-lyon.fr:2402/cvs/public
        with the name gdcmData.
        All the python scripts (including the package initialisation file
        gdcmPython/__init__.py) were adapated to take this change into
        account (basically GDCM_DATA_PATH is now GDCM_TEST_DATA_PATH).

Correction of previous commit. Sorry. --- Frog.

  * src/gdcmHeader.cxx: the constructor no longer exits when an
        unexisting file is given as argument.

  Add protected method : gdcmElValue * GetElValueByNumber(guint16 group, guint16 element);
  SetImageDataSize now updates both (7fe0,0000) and (7fe0,0010)

Removing all the Data files (use gdcmData module instead). Frog

  * vtk subdir added. Contains vtkGdcmReader.[cxx|h] a vtk class
        inherinting from vtkImageReader and testvtkGdcmReader.cxx a small
        demo of the usage of this class.
        Compilation of this vtk part is only done when using the --enable-vtk
        at configure (or autogen.sh) stage.

Modif prise en compte jpeg lossless

gdcmElValSet::SetElValueByNumber and gdcmElValSet::SetElValueByName
now write the accurate length when vr = {US, SS, UL, SL}

UML design file added. This file contains a class diagram that shows the
actual state of the project. Some work has to be done in order to:

- Eliminate relationship cycles, if possible.
- Separate classes in packages.
- Include all existing documentation.
- Do a software engineering process to discover the package's real behaviour
  Vs its desired behaviour. Ideally, this difference should be 0.

  * More memmory link related corrections and documentation fixes.
        Notes on valgrind:
          - maximum info is obtained with a command of the form:
            valgrind --leak-check=yes --leak-resolution=high --num-callers=40
                   --show-reachable=yes PrintHeader
          - the remaining reachable blocks seem to come from the STL
            allocation scheme through the usage of map and list. It looks
            like this memory cannot be freed but it is not a memory leak
            (in fact further invocation to the STL would recollect the
             unused memory allthough it cannot explicitely be freed).
      * gdcmPython/demo/vtkGdcmDemo.py added: this is a small demo
        of displaying an image parsed with gdcm and displayed with VTK.
        Note: some images don't seem to work e.g.
            python vtkGdcmDemo.py  ../../Data/US-RGB-8-esopecho.dcm
      * src/gdcmHeader.x: dicom_vr and Dicts are not class members anymore.
        Allthough this weakens the semantics, it is a ditch attempt to
        make gdcm more thread friendly.   --- Frog

  * More memmory link related corrections and documentation fixes.

  * Memory link hunt (by using valgrind --leak-check=yes PrintHeader).
        - added src/gdcmVR.cxx gdcmVR.h that objectify the previous
          gdcmHeader::_dicom_vr.
        - gdcmHeader::InitVRDict transfered as gdcmVR::gdcmVR().
        - gdcmHeader::dicom_vr is now of type gdcmVR* as opposed to
          VRHT*.
        - gdcmGlobal global object contained class added (see src/gdcmUtil.x)

Clean up with JPR.  Frog

Just a few modif on Dicom Dict, according to 2003 Releaase.
We *really* need to find a text file up to date ...

Rectification menage intempestif dans les print.
(un sprintf etait passe' à la trappe)

UpdateGroupLength re-written using H-Table

fonction UpdateGroupLengthNew (utilisant une HTable)
qui remplacera UpdateGroupLength, commitee par precaution.

  Brutal commit. --- Frog

Brutal commit .  Frog

 Brutal commit. Changelog to come....  Frog

ajouts accesseurs
  string GetXSize(void);
  string GetYSize(void);
  string GetZSize(void);
  string GetPixelType(void);
 destinés à remplacer
 void gdcmHeader::AddAndDefaultElements(void)

Correction calcul 'gdcmZSize' dans AddAndDefaultElements.
Question : Utilité d'une telle fonction, qui ajoute des Elements non ACR/DICOM dans le PubElValSet
(problèmes lors du DCM Write à prévoir)
--> A remplacer par des accesseurs propres ?

Update for writting DCM files

  * src/gdcmHeader.h: LoadElements() is not a public method anymore
        (to avoid double call by end user).
      * Test/*.cxx LoadElements() doesn't need to be called explicitely
        by end user, since gdcmHeader::gdcmHeader now handles it. --- Frog

Fix.

  * gdcm/Doc many doxygen changes:
        - Doxyfile now has two different versions, DoxyfileUsers that generates
          the html.users end users oriented documentation and
          DoxyfileDeveloppers that generates the html.developper developper
          oriented documentation.
        - README changed accordingly
        - requirement.txt removed (old design info moved to TODO).
        - Additional files DoxyInstallation.txt, DoxyIntroduction.txt,
          DoxyMainPage.txt, DoxyPython.txt provide more information.
        - Note: the website http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/ can now
          be updated by simply regenerating the docs with doxygen and copying
          html.developper and html.users to tux:/home/httpd/html/Public/Gdcm
      * src/gdcmElValSet.cxx: stl <map>.count() can only return 0 or 1.
          Hence all the tests in the form "if (<map>.count() >1)" were removed.
      * src/gdcmFile.cxx: cosmetic changes to avoid messages of doxygen about
        ill-formed documentation sections.
      * src/gdcmHeader.cxx: ditto   --- Frog

  * gdcmPython/win32/gdcmpycomplet.dsp renamed to gdcmpyembedded.dsp.
      * gdcmPython/win32/gdcmpy.dsp trashed away (brain damaged).
      * src/gdcm*.cxx JPR's bad inclusion fixed.  -- BeNours + Frog

  * setup.py fixed for un*x (needed macro for stdint.h)
      * Test/test.cxx renamed to PrintHeader.cxx to avoid collision on
        un*ces with sh-utils test utility.
      * gdcmPython/demo/test.py renamed to PrintHeader.py
      * gdcmPython/demo/ReorganiseFiles.py new demo script added.

  * src/gdcmHeader[h, cxx] gdcmHeader now has an IsReadable predicate.
      * gdcmPython/demo/test.py changed accordingly. --- Frog

Correction of a bad cut n' paste

  * gdcmPython/Makefile.am fixed linking against libstdc++
      * gdcmPython/_gdcm.so symbolic link to gdcmPython/.libs/pygdcm.so added.
      * Swig subdir (historical tests of swig version 1.3.17++) removed
      * Test/testChangeEntete.cxx some lines commented out in order to make
        compilation work.
      * src/gdcmHeader.cxx cleaned up wild JPR's dirty kludge.
      * src/gdcmElValSet.cxx cleaned up frog's forgotten debug message

remplacement include gdcm.h

  * src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::gdcmHeader now calls LoadElements(),
        hence the user doesn't need this explicit call.
        - gdcmPython/testSuite.py, gdcmPython/demo/*.py changed accordingly
          i.e. LoadElements() call removed.
      * src/gdcmCommon.h now defines UINT32_MAX (see stdint.h).
        - src/Makefile.am declares the proper flag for g++.
      * src/gdcmElValSet.h added gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup
        for adding user defined new tags.
        - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::NewManualElValToPubDict added.
        - src/gdcmHeader.cxx gdcmHeader::AddAndDefaultElements now
          cleanly adds some gdcm added tags (like gdcmXSize, gdcmYSize...)

exemple de changement d'entete d'une image avec extraction d'info

Calcul correct (merci, Eric!) de la longueur de chaque Dicom Group

2003-03-17 Fabrice Bellet <Fabrice.Bellet@creatis.insa-lyon.fr>
      * Makefile.am, acinclude.m4, configure.in, python.m4, Dicts/Makefile.am,
        Doc/Makefile.am, Test/Makefile.am, gdcmPython/Makefile.am,
        src/Makefile.am : the project should properly compile and install
        with the autotools, included the python wrappers part.
      * gdcm.spec.in : added a spec file for RPM packaging.

Pricipe de precaution : j'inhibe le recalcul des longueur des groupes
dans WriteDcm et WriteAcr
Ca ne sera pas génant pour les *vrais* DICOM Readers.
Ca *pourra* l'etre pour des ACR Readers un peu teigneux ...

  * src/gdcmUtils.cxx : redifinition of defaults parameters in code
      -- BeNours

Zilch. --- Frog

fusion des updates CVS

fin sac de noeuds avec #include <string>

#include <string>
#ifdef _MSC_VER
using namespace std;  // string type lives in the std namespace on VC++
#endif

#include <string>
#ifdef _MSC_VER
using namespace std;  // string type lives in the std namespace on VC++
#endif

en esperant que ca marche comme avant

ajout namespace std pour les string sous Windows

  * gdcmPython/__init__.py fix of GDCM_DICT_PATH which was not
        to exported to the environement (see gdcmPython/testSuite.py
        for usage).
      * src/gdcmElValSet.cxx, src/gdcmUtil.[cxx-h] Tokenize utility function
        moved away from gdcmElValSet.cxx to gdcmUtil.cxx.

  * src/gdcmElValSet.[cxx/h], gdcmElValue.[cxx/h], gdcmFile.[cxx/h],
        gdcmHeader.[cxx/h]: ElValSet class renamed to gdcmElValSet, and
        ElValue class renamed to gdcmElValue for obvious consistency reasons.

malloc à la plce de g_malloc

Ajout temporaire de la fonction LibIDO de lecture Jpeg Lossless

POur traiter certaines (?) images Philips pour lesquelles le File Preamble
est suivi de l'elem (0002,0001) et non pas de l'elem (0002,0000)
-pas d'autre possibilité envisageable ...-
Peut-etre

prise en compte VM > 1
(update incomplet ce matin)

declaration de dcm2acr