merge cvs -> git

merge cvs / git

migration gdcm 2.0 clitkDicom2Image

* Remove readDicomHeader from clitkImageCommon which were used only in
  clitkDicom2Image tool.
* Make clitkDicom2Image compatible with gdcm 2.0

migration gdcm 2.0 Add macro for itkv3 compatibility

* Forgot to include Print on gdcm::File into gdcm 2.0 Macro

Ignore _* forlders

Ignore _* folders in which I am used to compile different versions.

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

Bug: Forgot Macro for itkv4 specific function

added a file with only the license header (test)

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

itkv4 migration:

  * last changes in vvQDicomSeriesSelector to use a list of gdcm::reader instead
    of a list of gdcm::File

changes in license header

Update of license text
  - new CLB's website
  - small type

Inclusion of lincense header wherever necessary

path correction to execute tests

compilation of vv and tests

- vv stand-alone compilation
  + some dependencies from tools were not being compiled

- tests path
  + better path resolution

Mathieu Malaterre
gdcm2 migration:
+ vv open Dicom still a segfault when reading spacing

Enable interactive display in tool binarize

Smart pointer for filter in vv tools

itkv4 migration:
+ Add missing #include<AffineTransform.h>.

itkv4 migration:
+ itk::OStringStream disappeared, use std::ostringstream instead.

itkv4 migration:
+ itk::BSplineTransform::GetCoefficientImage prototype changed, returning an
array of images instead of a pointer to an image. (c-like table to itk::Array)

itkv4 migration:
        + itk::Math::Round and itk::Math::Ceil need an explicit template when
        used.

itkv4 migration:
  + Some methods of itk::Transform are now virtual pure and need to be defined
    in any class that inherits from it.

itkv4 migration:
  + itk::ImageIOFactory seems to work differently and does not need to
    RegisterBuiltInFactories any more.

itkv4 migration:
  + ITKIO ITKStatistics ITKNumerics etc. disappeared and are replaced by
    ${ITK_LIBRARIES}

Adapt vvSlicer to vvImage without vtkImageReslice. Now reslice according to the image grid in the slice direction. The transform for the vector field has been disabled for the time being.

Remove reslice from vvImage. The transform is kept but it's up to the user to use it...

Use vvImageReader and vvImageWriter instead of static cast to short.

*** empty log message ***

Refactored UpdateDisplayExtent. Use larger spacing between actors to overcome differences in resolution between mImage, mFusion and mOverlay.

*** empty log message ***

Romulo:
- Changed CMakeLists.txt for tests
  + $CLITKDIR/tests mirrors $CLITKDIR, but contains only test code
  + CLITK_DATA_PATH must be specified if BUILD_TESTING is on
    * test code can directly access the variable (macro)
  + Test executables generated in $CLITKDIR/build/tests/bin

Protect vtkMPEG2Writer.h which is not anymore in vtk's includes if vtk is not
compile with VTK_USE_MPEG2_ENCODER.

First doxygen support with option BUILD_DOXYGEN in cmake and "make Documentation".

Romulo:
- 1st version of the LineProfile tool
  + clitkLineProfile -i IMAGE --p0 POINT --p1 POINT
  + POINT can, in principle, be in 2D or 3D, but must match the image dimension (needs testing still)
  + output to std out
    * [INDEX] VALUE
    * index is comma separated list of coordinates

Moved vvImageReader and vvImageWriter to clitkCommon for use in tools. Removed vvConstants.h, the typedef is now in vvImageReader. Made vvImageReader Qt independent since the inheritance of QThread did not seem useful.

Remove files generated by CMake

*** empty log message ***

Added support for ffmpeg library if VTK_USE_FFMPEG_ENCODER is ON with extension .avi in snapshots.

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- Addition of test results
  + These files are updated with the result of all tests when "make test" is executed

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- Addition of test data
  + build/tests is the default working directory set by CMake when running tests

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- CMakeLists.txt now includes the "tests" subdir
- tests subdir contains building instructions and source code for all tests
  + subdir structure mirrors that of $CLITK3HOME
  + tests/CMakeLists.txt contains building instructions
- see also build/tests and build/Testing (committed separately)

Added movie writing capability when VTK_USE_MPEG2_ENCODER is activated in vtk

Romulo
- Solved bug 295
  + Removed the "destroyed" flag
  + List/Tree widget is now cleared in the destructor
  + Destruction order was the cause for the crash
- Made destructors virtual in the base classes
  + It could contribute to memory leaks
  + Other class hierarchies should be checked as well

Conversion from itk to vtk was catching exceptions for us => update itk pipeline prior to conversion

Bug : remove include txx that does not exist anymore

missing include on some system (QSharedPointer)

Bug #292
+ Add ggo.c files in each library used in vv and clitk.
+ Patch CropImageFilter in vv and clitk to remove ArgsInfoType template.

several 4D sequences allowed resulting in several 4D mhd files

Romulo:

-Solved bug 295
  + SelectedItemChangedInTree() event was called after the window had been closed and the object instance had been destroyed.
  + Horrible solution: added a static "destroyed" flag to indicate that the object instance has been destroyed.
    * Flag will be valid for all active instances, since it's static.
  + In desperate need of a better solution!
    * Need to find the correct location to put it, though.

Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_StructureSet

Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_Contour

We need to find a better way to fix this.
The problem arises when a target depends on a ggo.h but does not depends on the
ggo.c.
When a target depends on a ggo.c it is explicitly listed in its dependencies
including the custom command that generates it.
When the ggo.h is include in a cxx included in a target CMake has no way to
know it and does not include the custom command that generates it.

In this patch I manually add the dependency between the cxx and the ggo.h.

Constructor of vvImageWriter is now private

Romulo:
- Finally solved bug 243 (moving linked images)
  + when propagating,  vvMainWindow::UpdateLinkedNavigation was always using slicer[0] as the reference. Now, the reference vvSlicer
 is passed as an argument from vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation.

- More corrections wrt bug 283 - cursor rendering... (accidentally removed from the bug tracker)
  + better treatment of cursor rendering when images are linked
  + there are still corrections to be made wrt to the corner annotations.

Remove leaks related to vvImageWriter

Mathieu Malaterre :
  - From gdcm 1.x to gdcm 2.0
clitk should compile with itk 3.20 and gdcm 2.0

Add missing ifdef.

Romulo:
- removed #include <vtkColor.h>

Romulo:
- solved bug #283
   + rendering logic in vvSlicer::Render was blocking cursor updates if corner annotation was not visible

Removed unused file

Removed unused vvs.cxx

Remove clitkTestFilter also in CMakelist.txt

[BUG] change __APPLE__ to APPLE the first is the C/C++ macro defined by CMake
and the second the CMake macro.

remove test files

Remove test file

Windows compiling errors (ambiguous call to pow and variable in switch)

Add EPID conversion (2^16 - value)/alpha

From gdcm 1.x to gdcm 2.0

Removed debug stuff

Use QSharedPointers for vvROIActors

Error in loop for removing actors in destructor

Rounding errors in display extent of overlay, fusion and vf.

Add clitkDD for debug

add SliceBySliceBuildLineSegmentAccordingToExtremaPosition

Use smart pointers for vvSlicers

Memory leak hunt: vvBinaryImageOverlayActor vvImageContour vVImageReader are now itk::LightObject, use QSharedPointer in vvToolStructureSetManager

Useless to clear in destructor

Romulo:

- Tool now supports files in pts (Jef) and txt (VV) formats (-t/--type option)

Account for transform when updating display extent of vf, fusion and overlay

Fix for bug #274: move JoinSlices definition in .h

do not need clitkSegmentationUtils

Last errors

Errors in previous commit

Temp fix (see http://kingkong.grid.creatis.insa-lyon.fr:9002/issues/274)

Another lrint

Removed warning (same name used twice for layout widgets)

Replace rint with portable function

Correct last commit

MSVC++ seems a bit more strict than gcc with c++...

Put mMesh in smart pointer

More vtkSmartPointer

Delete widget first, the image data after

Romulo:
Add --output (-o) option. stdout is now used for verbose mode only.

Attempt to remove some leaks. DicomRT_Contour, DicomRT_ROI and DicomRT_StructureSet are now itk::LightObjects with private constructors

Romulo:
A couple of corrections and more debug info...

Romulo:
- new tool: clitkTransformLandmarks
Trasnform a set of landmarks with the given 4x4 matrix. Output to stdout.

Removed old file from compilation list

Removed old files, now in common

clitkGammaIndex uses vtkCellLocator

*** empty log message ***

Improvement of clitkGammaIndex.cxx by changing distance computation class.