Unify WriteDicomAsJPEG2000.cxx and WriteDicomAsJPEG.cxx

When 'Pixel Aspect Ratio' exists, don't add a default 'Pixel Spacing'

Trying to normalize JPEG Writing (not yet finished)

First version of a general JPEG-writer tester
(Still to be checked ...)

Update News

Update

Deal with JPEG/JPEG2000 writting

Fix comments

Try to make gdcm1.2 and gdcm1.3 usable int the same source code.
(Still don't work : macro and global variables are defined twice)

upgrade

Add undocument option for Jpeg Writting (still bugged)

On the way to unification with ITK version

One more GE Private

Add
1.2.840.113619.4.26               GE Private 3D Model Image Storage

Check new accessors

Add methods to get number of objets

Fix some comments

Make sure gdcm with NOPRIV doesn't break

Deal with element 0x0001 of Private Groups

 *actual* image length may differ to 1 with Pixel Data Element length!
 Test is fixed.

We are no longer cheated by Elem belonging to group 0x0002,
located inside a Sequence, when we ReWrite as Implicit VR.
Thx to Mathieu for reporting the pb.

Typo

Sometimes, fixing a bug in the library causes troubles in the Testing part...
(Pixels Data element *have* an even length when rewritten!)

Now ReWrite tells the caller when it fails.
Thx to Mathieu for fixing.

When NX*NY*nbOfComponents was odd, one (useless) byte was missing.
dcmtk *does* care about it!

We don't switch any longer to ImplicitVR when undocumented DataElement is found
(DocEntry::WriteContent puts vr="UN" for undocumented Shadow)

Comments

Temporary comment out of WriteDicomAsJPEGxxx

Should work both with vtk4 and vtk 5.
Thx to Charles P. Botha for suppling fix.

Add comment to help converting gdcm1.2 to gdcm1.3

Temporary removal of WriteDicomAsJPEG

First step to sync with v 1.2.2

Add a comment about a patch to be able to reda wrong images, wher UN length is
coded on 2 bytes.
   // WARNING :
   //
   // For some images, length of UN elements is coded on 2 bytes (instead of 4)
   // There are *not* readable !
   // You can make a quick and dirty patch, commenting out
   //| vr == "UN"
   // in the following line.
   // (the 'straight' images will no longer be readable ...)

      if ( vr == "OB" || vr == "OW" || vr == "SQ" || vr == "UT"
                                                          || vr == "UN" || changeFromUN == true)
      {

Dicomize Dense files in their 2007 version

Add monochrome1 parameter.

Fix comments

More explanations on future 'Developer's guide'

Don't drop _

Fix for LibIDO images.
Use input=IDO

Avoid confusion due to missing values

Shorter strings

Forget to remove couts

Allow user to ask for MONOCHROME1 (0 = white) writting.

Add FileHelper::SetPhotometricInterpretationToMonochrome1() to allow user to
write as MONOCHROME1 (0 = white)

Warning : Pixel Data must be supplied with 0 = Black;
they are converted before writting.

User has now to ask for rubbing outthe burnt-in image numbers.
Use rubout keyword.

Bug fix for old ACR-NEMA images :
When entry 0x0028, 0x0004 (photochromatic interpretation) was missing,
IsMonochrome() always said FALSE, even when the was no PALETTE
and number of scalar components =1.

Add some parameters for the (aware) user.

Avoid warnings

Some Updates

Some updates

Update CmakeLists.txt

Little utility.
(better we write 'anything to Dcm' !

Remove obsolet file.

BUG GDCM_NAME_SPACE

Avoid some warnings

Never trust optimiser!
Thx to Eduardo Davila for reporting the bug.
(failed on MSVC6)

??

Fix print length.

Remove temporarily some verbosity
(PrintFile still works, TestPrintAllDocuments crashes ?!?)

Final (?) changes for gdcm:: -> GDCM_NAME_SPACE

gdcm::

gdcm::

GDCM_NAME_SPACE

replace gdcm:: by GDCM_NAME_SPACE::

Name Space

Better I comment out unfinished stuff!

Fix bug in "despaired wild guesses"

Update

Fix loosing the first image of each serie.
Thx to Pierre Fillard for reporting and fixing the bug

First (dirty) version of a Dicom RT checker
Don't use right now!

Fix a bug ... when reading a bugged DICOMDIR.
(When Sequence terminator is missing, gdcm::Document parsing crashed on Windows)
Thx to Dr Gianni Lazzarato for reporting the bug.

Update comments

Within some Dicom images, all the elements of shadow groups are tagged
 with a VR = "UN", and we get trouble when using a private Dicom dictionary.
->  Fix the trouble.
 Thx to Mathieu Malaterre for proving image.

Add AGFA private dicom dictionary.
Th to Mathieu Malaterre for provinding it.

Other despaired wild guess to get swap code.
(and be not less clever than dcmdump)

Should help in Linux

  Add new method :
 SerieHelper::SetDicomDirSerie(DicomDirSerie *se)

Add macro to use DropDuplicatePositions directly

Use new feature sh->SetDropDuplicatePositions(true);

typo

Add some comments for newbees.
avoid loosing time to re explain!)

Add an example on how to extract CSA informations.
Thx to Mathieu Malaterre for supplying root code.

A lot of work remains to do to make gdcm methods (class ?)

Update User's Guide

Let more track of gdcm in anonymized image

Make sure the Data Element of interest is loaded

Add more explanations on SerieHelper vs vtkGdcmReader

avoid some warnings a doxygen time

Fix some verbosity

Coding style

More verbosity

Some more output to show the difference between
gdcm::SerieHelper::GetZSpacing() // right
and
gdcm::File::GetZSpacing() // wrong

Most of the file headers have NO z spacing
It must be calculated from the whole gdcm::Serie (if any)
using Jolinda Smith's algoritm.
see gdcm::SerieHelper::ImagePositionPatientOrdering()

(Try to) fix troubles with WIN32 vs _WIN32 at compile time

Temporarily commenting out of
WriteDicomAsJPEG
that doesn't compile on Windows ?!?

add example

Fix troubles with  :
- 'Station Name' vs 'Model Name'
- Series Description

Fix default spacing cvalue

Port Mathieu's fix (from gdcm1.2) to be able to read Spacings
in "Enhanced MR Image Storage"

Remove useless ref to namespace

In order to allow to use current version (1.3) of gdcm *and* ITK (that includes
gdcm1.2) developper may, at CMake time, choose his own 'namespace' name,
e.g. gdcm13