Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

bug removal

- was accessing pixel neighbours outside the image buffer...

No typename outside template (MSVC sensitive)

Clean-up while debugging

further changes to solve bug #1714

Fix for Bug #1714: only check on sliders of the visible vvSlicer.

VV: added links to Read/Save state

vv: corrected tree column updates when maximizing view

VV panning: middlebutton = left button + shift

- a change made specially for mac owners and their mice-without-middle-button issues... ;-)

updated help message concerning window/level cmd line option

window/level in read/save state

accepts multiple window/level in cmd-line

- window/level is applied to set of images (sequences too) appearing before the window/level
- useful when opening, eg, different modalities at the same time

preserve crosshair position when changing orientation

- it used to jump to the slice in the middle of the volume

maximizes the selected slicer

- before it was just the NW one.

gdcm 1.X compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Conflicts:
vv/vv.cxx

Fix for MSVC CPack

Various fixes

Updated version for new release

Fix for old versions of gcc

corrections post- "-h" addition in VV

added "-h" for help option VV

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Sync gengetopt cmake files with rtk

use of relative path for default study/series description

error in dicom key setting...

default values for study's/series' ID, time, date, number, description

GDCM 1.x compatibility

newStudyUID forces newSeriesUID

- also some bug corrections...

corrections...

GDCM 1.x compatibility

create new files for new dicom study/series

auto generate dicom file UIDs when new series/study is specified

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

gdcm 1.x compatibility

First version of the superbuild CMakeLists.txt.

new options to auto-generate dcm series UIDs

Lungs window/level is now the same as in FOCAL

- (1700,-300)

The merge of copy/pasted code did not account for the fact it had not
been copy pasted

Allow for overlay images with differing temporal length

Fixed reset after sequence reading bug and put copy/pasted code in
function

Open overlay sequence as sequence

Managed opening sequence of overlay images. Parser is ready for
fusion/vf/contour

Fix transform update in sequence of overlay/fusion

Account for reslicing transform in overlay and fusion (contours and vf
        have not been tested, TODO)

Fixed bug with linked temporal images

Merge /home/bpresles/Documents/US-IGRT/vv

us vox reader

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

itk4 compatibility

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

VF supported (SR)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

support for new pixel types

support for new pixel types

- removed midP stuff

some verbose/debug messages

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Added doc on transforms

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Fix for UpdateLinkedNavigation with transforms. This also simplifies the
previous code.

Merge /home/srit/src/clitk/clitk

Allow landmarking in tilted 2D slices

Fixed slice bug when toggling between voxels and world reslicing

Manage a list of transform for image sequences

First version of reslicing transform

simplified code

_WIN32 is always defined and WIN32 maybe isn't, see
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/b0084kay%28v=vs.80%29.aspx

Good old Microsoft shit pointed out by Lennert.

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

Add a close source feature to read usf files.

Change caption of file browser

Remove Propagation checkbox

Add progress dialog for binary images

Add dicom rt struct reader (with progress dialog)

Add IsDicomRTStruct (bool)

First version of dicom-rt reader in the roi tool.

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

Merge branch 'master' of git://git.creatis.insa-lyon.fr/clitk

removed scripts from compilation/install

Moved from repository src2 to private2/dicom_scripts/clitk

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

using get_dicom_field_value in midp scripts

option to set the RPATH to 3rd party libs

Fixed endianness portability issue on Ben's apple

Mac compatibility patch

Missing test on VTK version for vtkMapper

Added border with new versions of VTK.

Fixed VTK version test

corrected fusion/overlay refresh

- occurred with 4D and 3D+t images

ADd first version of interactive segmentation (erode/dilate)

Merge branch 'master' of git.creatis.insa-lyon.fr:clitk

use of elastix in mid-P scripts

Correct contour depth bug

Correct always white contour bug.

ROI overlay is not linearly interpolated by default

VTK compatibility

- BlendImageActor issue with legacy VTK versions