Add error message to prevent bad use of vvImageReader

* vvImageReader had the same behaviour when used with MERGEDWITHTIME and
  with IMAGEWITHTIME in case of multiple images to load. The second is
  less effective since it composes multiple images to decompose them
  after. I added an error message asking to use MERGEDWITHTIME in this
  case.

Prevent vv from instantiated 4D vvImage.

* itk4 introduced some concept checking on image dimensions leading to
  compilation error on code instantiated but never used. Adding 4D
  specialized version of vvFromITK avoid these instantiations.

itk4 migration:

* Add SetDirectionCollapseToSubmatrix() to extractFilter

Merge branch 'master' of /home/dsarrut/clitk3.server

Strip executable when packing

Removed warning

delete duplicate file

add default off to verbose flag

Extract vessels v0.1

change above/below

add crop carotidArtery

add some ignored files

Change Above/Below with Greater/Lower

make compatible with ITKv4

Incremented vv MINOR VERSION for release

The absence of libstatgrab is now insensitive

Added .mha in file types managed by vv

removed license header from LICENCE.txt file

just removing debugging messages

Solved bug 363 (still to be improved, though)

- indeed a z-buffer issue (order of painting)
- actors' positions were being chosen wrt to pixel coordinates, instead of world coordinates
- image actors apparently don't can be directly overlaid on top of each other (no positioning issue)
- VF actor is placed right before or after the start of the image actor's bounding box, depending on the position of the camera
- Clipping box of landmarks has also been corrected
- This solution seems to work robustly, but we never know... ;-)
- Will improve VF by using a vtkSlicer object to interpolate between slices

Init IO factories

Corrected GetScalarComponentAsDouble and displayed pixel coordinates in
corner.

Fixed order problem in condition for analyze orientation handling.

Set mode of regular files to non-executable (644) instead of executable (755)

Detect analyze unkown orientation and set identity instead of something
else

gcc 4.6 compatibility:

* ptrdiff_t is in the std namespace

gcc 4.6 compatibility:

* ptrdiff_t is in the std namespace

itk4 migration:

* Add SetDirectionCollapseToSubmatrix() to extractFilter

Bug: debugging code not totally commented

Comment debugging that leads to segfault when no mask is used with
generic metric.

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

Corrected displayed value at crosshair in overlay and fusion

Display nan instead of no value in overlay and fusion when outside fov

Use nan of std lib instead of sqrt(-1)

comment test tools

remove untracked file

ignore files

ignore files

add SetRadius with a single int (isotropic)

correct CLB URL

correct CLB URL

merge cvs -> git

merge cvs / git

migration gdcm 2.0 clitkDicom2Image

* Remove readDicomHeader from clitkImageCommon which were used only in
  clitkDicom2Image tool.
* Make clitkDicom2Image compatible with gdcm 2.0

migration gdcm 2.0 Add macro for itkv3 compatibility

* Forgot to include Print on gdcm::File into gdcm 2.0 Macro

Ignore _* forlders

Ignore _* folders in which I am used to compile different versions.

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

Bug: Forgot Macro for itkv4 specific function

added a file with only the license header (test)

Merge branch 'master' of /home/romulo/creatis/clitk3-git-shared/clitk3

itkv4 migration:

  * last changes in vvQDicomSeriesSelector to use a list of gdcm::reader instead
    of a list of gdcm::File

changes in license header

Update of license text
  - new CLB's website
  - small type

Inclusion of lincense header wherever necessary

path correction to execute tests

compilation of vv and tests

- vv stand-alone compilation
  + some dependencies from tools were not being compiled

- tests path
  + better path resolution

Mathieu Malaterre
gdcm2 migration:
+ vv open Dicom still a segfault when reading spacing

Enable interactive display in tool binarize

Smart pointer for filter in vv tools

itkv4 migration:
+ Add missing #include<AffineTransform.h>.

itkv4 migration:
+ itk::OStringStream disappeared, use std::ostringstream instead.

itkv4 migration:
+ itk::BSplineTransform::GetCoefficientImage prototype changed, returning an
array of images instead of a pointer to an image. (c-like table to itk::Array)

itkv4 migration:
        + itk::Math::Round and itk::Math::Ceil need an explicit template when
        used.

itkv4 migration:
  + Some methods of itk::Transform are now virtual pure and need to be defined
    in any class that inherits from it.

itkv4 migration:
  + itk::ImageIOFactory seems to work differently and does not need to
    RegisterBuiltInFactories any more.

itkv4 migration:
  + ITKIO ITKStatistics ITKNumerics etc. disappeared and are replaced by
    ${ITK_LIBRARIES}

Adapt vvSlicer to vvImage without vtkImageReslice. Now reslice according to the image grid in the slice direction. The transform for the vector field has been disabled for the time being.

Remove reslice from vvImage. The transform is kept but it's up to the user to use it...

Use vvImageReader and vvImageWriter instead of static cast to short.

*** empty log message ***

Refactored UpdateDisplayExtent. Use larger spacing between actors to overcome differences in resolution between mImage, mFusion and mOverlay.

*** empty log message ***

Romulo:
- Changed CMakeLists.txt for tests
  + $CLITKDIR/tests mirrors $CLITKDIR, but contains only test code
  + CLITK_DATA_PATH must be specified if BUILD_TESTING is on
    * test code can directly access the variable (macro)
  + Test executables generated in $CLITKDIR/build/tests/bin

Protect vtkMPEG2Writer.h which is not anymore in vtk's includes if vtk is not
compile with VTK_USE_MPEG2_ENCODER.

First doxygen support with option BUILD_DOXYGEN in cmake and "make Documentation".

Romulo:
- 1st version of the LineProfile tool
  + clitkLineProfile -i IMAGE --p0 POINT --p1 POINT
  + POINT can, in principle, be in 2D or 3D, but must match the image dimension (needs testing still)
  + output to std out
    * [INDEX] VALUE
    * index is comma separated list of coordinates

Moved vvImageReader and vvImageWriter to clitkCommon for use in tools. Removed vvConstants.h, the typedef is now in vvImageReader. Made vvImageReader Qt independent since the inheritance of QThread did not seem useful.

Remove files generated by CMake

*** empty log message ***

Added support for ffmpeg library if VTK_USE_FFMPEG_ENCODER is ON with extension .avi in snapshots.

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- Addition of test results
  + These files are updated with the result of all tests when "make test" is executed

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- Addition of test data
  + build/tests is the default working directory set by CMake when running tests

Romulo:
- Including automated test procedures in clitk
- CMakeLists.txt now includes the "tests" subdir
- tests subdir contains building instructions and source code for all tests
  + subdir structure mirrors that of $CLITK3HOME
  + tests/CMakeLists.txt contains building instructions
- see also build/tests and build/Testing (committed separately)

Added movie writing capability when VTK_USE_MPEG2_ENCODER is activated in vtk

Romulo
- Solved bug 295
  + Removed the "destroyed" flag
  + List/Tree widget is now cleared in the destructor
  + Destruction order was the cause for the crash
- Made destructors virtual in the base classes
  + It could contribute to memory leaks
  + Other class hierarchies should be checked as well

Conversion from itk to vtk was catching exceptions for us => update itk pipeline prior to conversion

Bug : remove include txx that does not exist anymore

missing include on some system (QSharedPointer)

Bug #292
+ Add ggo.c files in each library used in vv and clitk.
+ Patch CropImageFilter in vv and clitk to remove ArgsInfoType template.

several 4D sequences allowed resulting in several 4D mhd files

Romulo:

-Solved bug 295
  + SelectedItemChangedInTree() event was called after the window had been closed and the object instance had been destroyed.
  + Horrible solution: added a static "destroyed" flag to indicate that the object instance has been destroyed.
    * Flag will be valid for all active instances, since it's static.
  + In desperate need of a better solution!
    * Need to find the correct location to put it, though.

Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_StructureSet

Mathieu Malaterre :
- From gdcm 1.x to gdcm 2.0
- Upgrade RT_Contour

We need to find a better way to fix this.
The problem arises when a target depends on a ggo.h but does not depends on the
ggo.c.
When a target depends on a ggo.c it is explicitly listed in its dependencies
including the custom command that generates it.
When the ggo.h is include in a cxx included in a target CMake has no way to
know it and does not include the custom command that generates it.

In this patch I manually add the dependency between the cxx and the ggo.h.

Constructor of vvImageWriter is now private

Romulo:
- Finally solved bug 243 (moving linked images)
  + when propagating,  vvMainWindow::UpdateLinkedNavigation was always using slicer[0] as the reference. Now, the reference vvSlicer
 is passed as an argument from vvSlicerManager::UpdateLinkedNavigation.

- More corrections wrt bug 283 - cursor rendering... (accidentally removed from the bug tracker)
  + better treatment of cursor rendering when images are linked
  + there are still corrections to be made wrt to the corner annotations.

Remove leaks related to vvImageWriter

Mathieu Malaterre :
  - From gdcm 1.x to gdcm 2.0
clitk should compile with itk 3.20 and gdcm 2.0

Add missing ifdef.

Romulo:
- removed #include <vtkColor.h>

Romulo:
- solved bug #283
   + rendering logic in vvSlicer::Render was blocking cursor updates if corner annotation was not visible

Removed unused file

Removed unused vvs.cxx