COMP: Fix picky compiler

COMP: Please dont add code that do not even compile

Fix comments

fix gdcm -> GDCM_NAME_SPACE

Doxygen : forget to commit theese ones

Doxygen  (1.5.2) doen't want \\ref option.
Avoid tons of warnings

COMP: Fix painfully picky compiler

BUG: how did that hqppen...

COMP: Fix comp on picky compiler

COMP: Fix comp on picky compiler

BUG: Fix long standing bug that was introduce by jpr at rev 1.51, 2006/07/10. I have absolutely no clue what the code is supposed to do. I do not even understand why in the first place the code was changed from the very simple initial (working) implementation

ENH: sometime you need to hold your compiler hand to guide him...

Unify exExtractOverlaysACR an exExtractOverlaysDCM codes

Print

ENH: add copyright

ENH: Should work now for VTK 4.5

remove spurious ;

ENH: Found a file with 15 Overlays

ENH: should be backward compatible

ENH: use the new color image viewer

ENH: add ouw own version of color window level

Add :
'rec' option (User wants recursive parsing of the directory)
'noex' option (User doesn't want 'use friendly' info at end of Printing)

Fix misstyping

Remove old stuff

Update

Some cleaning in examples for extracting Overlays

ENH: those dicts had been seating on my disk for a while...

COMP: minor comp fix

ENH: add another version of Extract CSA Tag

ENH: add new types for CSA siemens stuff

Temporay commenting out of Test JPEG2000 to avoid time out everywhere!

  Since gdcm1.3.1 wrote wrongly some images :

 .Uncorrect reading/writting of JPEG/JPE2000 images when BitsAllocated=16/BitsStored=8
 .Uncorrect writing of JPEG/JPE2000 image with an 'Icon' Sequence
 .Uncorrect writting of JPE2000 multiframe images
 .Uncorrect writting of images with a DataElement belonging to group 0002, inside a Sequence

I change the minor version number, to make easier a bug tracking.
If somebody expriences some troubles with a gdcm-written image, he (we!) can check the gdcm version,
using PrintFile filein=fileName.dcm

Add some more info on User Guide

New gdcm.tar.bz2

Update

Update

Refine testing

JPEG2000 reader deals with multiframes.
Thx to Ma

Oversimple stuff to load/not load the overlays (group 60xx) :
add "o" to the file list.
ex
vtkgdcmViewer2 gdcmData/XA_GE_JPEG_02_with_Overlays.dcm
--> usual way of viewing the image

vtkgdcmViewer2 gdcmData/XA_GE_JPEG_02_with_Overlays.dcm o
--> overlays are displayed.

The default mode is, of course, NOT TO LOAD the overlays

Clean code

Refine testing

Autogenerated misstyping after system crash ?!???

Solve (hope so!) the JPEG troubles when BitsStored == 8 && BitsAllocated==16

Add 'keepoverlays' parameter (just a test)

Add disclaimer

Refine testing

Check more oddities

Fix to be able to read Jpeg images 16/8.
Warning : overlays are lost!
(a method is missing, to say gdcm we want to keep them!)

Add overlays groups (what will be the max number ?!?)
Thx to Mathieu for telling the lack.

Forget to commit this one.
Thx to Mathieu for reporting bug.

Now, we compress properly images (BitsAllocated 16, BitsStored 12).
Thx to Mathieu for providing fix.

Pending problem :images (BitsAllocated 16, BitsStored 8)
-Not so common !-

Typo

Solves the problem of +/-1 on some images.
Thx to Mathieu for sending the patch.
(Pb of BitsStored=12 still pending)

(try to) help debugger

Add some verbosity (usefull at debugging time)

Add a JPEG200-writter test
Right now, it fails on 12 images (amongst 150)

Show images whose pixels differ +/-1 after compression/decompression

Add example

Compile exMakeIcon, as well

Load *all* the fields

Typo

Jpeg writter is no longer confused by DataElements 7fe0|0010 inside a Sequence
(e.g. : an icon inside Icom Image Sequence)
Hope there is no compressed icons !

- Don't covert grey level pixels+LUT to RGB pixels before compression
- Check pixels on the right legth (for odd length data)
- Allow a difference of +/-1 between native image and decompressed image for
each pixel
- Display the warnings at the right place
- Count successes and failures

Warning :

-> It seems that *all* the failures 'pixels differ as expanded in memory'
   shouldn't appear (resulting image looks perfect ?!?)

-> For some images :
gdcmData/05115014-mr-siemens-avanto-syngo-with-palette-icone.dcm
gdcmData/05119865-mr-siemens-avanto-syngo.dcm
gdcmData/05148044-mr-siemens-avanto-syngo.dcm
gdcmData/CT-SIEMENS-Icone-With-PaletteColor.dcm
gdcmData/GE_CT_With_Private_compressed-icon.dcm
gdcmData/MR_GE_with_Private_Compressed_Icon_0009_1110.dcm
gdcmData/SiemensMagnetomPhoenixWithCSAinfo.dcm
gdcmData/MR-sonata-3D-as-Tile.dcm
gdcmData/CT_Phillips_UNvsSQ_fixed.dcm
gdcmData/MR-SIEMENS-DICOM-WithOverlays.dcm
gdcmData/MR-SIEMENS-DICOM-WithOverlays-extracted-overlays.dcm
gdcmData/PICKER-16-MONO2-Nested_icon.dcm
gdcmData/PrivateGEImplicitVRBigEndianTransferSyntax16Bits.dcm

compression leads to non gdcm-parsable result.
:-(

 Don't convert gray pixels+LUT to RBG pixels before compression
 Replace tested->GetImageData() by tested->GetImageDataRaw()

Avoid ctest to abort on 32 bits per pxel image RTDOSE.dcm

Still trying to make a full JPEG Writer test.
(A lot of oddities to be fixed!)

Avoid JPEG2000 writting to be confused by odd lengthes

Avoid JPEG writting to be confused by odd lengthes!

Avoid JPEG, JPEG2000 writting to be confused by odd lengthes!

Avoid FileHelper::CheckMandatoryElements to be confused by uncomplete headers

Now vtkgdcmViewer2 displays the colors correctly.
Thx to Mathieu for the fix.

Propagate Pixel Aspect Ratio (if any) to the compressed image.
(It would be displayed properly, if missing)

Unify with vtkgdcmViewer2.cxx

Unify WriteDicomAsJPEG2000.cxx and WriteDicomAsJPEG.cxx

When 'Pixel Aspect Ratio' exists, don't add a default 'Pixel Spacing'

Trying to normalize JPEG Writing (not yet finished)

First version of a general JPEG-writer tester
(Still to be checked ...)

Update News

Update

Deal with JPEG/JPEG2000 writting

Fix comments

Try to make gdcm1.2 and gdcm1.3 usable int the same source code.
(Still don't work : macro and global variables are defined twice)

upgrade

Add undocument option for Jpeg Writting (still bugged)

On the way to unification with ITK version

One more GE Private

Add
1.2.840.113619.4.26               GE Private 3D Model Image Storage

Check new accessors

Add methods to get number of objets

Fix some comments

Make sure gdcm with NOPRIV doesn't break

Deal with element 0x0001 of Private Groups

 *actual* image length may differ to 1 with Pixel Data Element length!
 Test is fixed.

We are no longer cheated by Elem belonging to group 0x0002,
located inside a Sequence, when we ReWrite as Implicit VR.
Thx to Mathieu for reporting the pb.

Typo

Sometimes, fixing a bug in the library causes troubles in the Testing part...
(Pixels Data element *have* an even length when rewritten!)

Now ReWrite tells the caller when it fails.
Thx to Mathieu for fixing.

When NX*NY*nbOfComponents was odd, one (useless) byte was missing.
dcmtk *does* care about it!

We don't switch any longer to ImplicitVR when undocumented DataElement is found
(DocEntry::WriteContent puts vr="UN" for undocumented Shadow)

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