octave_packages/m/statistics/tests/chisquare_test_homogeneity.m

   1 ## Copyright (C) 1995-2012 Kurt Hornik
   2 ##
   3 ## This file is part of Octave.
   4 ##
   5 ## Octave is free software; you can redistribute it and/or modify it
   6 ## under the terms of the GNU General Public License as published by
   7 ## the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8 ## your option) any later version.
   9 ##
  10 ## Octave is distributed in the hope that it will be useful, but
  11 ## WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 ## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13 ## General Public License for more details.
  14 ##
  15 ## You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 ## along with Octave; see the file COPYING.  If not, see
  17 ## <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 ## -*- texinfo -*-
  20 ## @deftypefn {Function File} {[@var{pval}, @var{chisq}, @var{df}] =} chisquare_test_homogeneity (@var{x}, @var{y}, @var{c})
  21 ## Given two samples @var{x} and @var{y}, perform a chisquare test for
  22 ## homogeneity of the null hypothesis that @var{x} and @var{y} come from
  23 ## the same distribution, based on the partition induced by the
  24 ## (strictly increasing) entries of @var{c}.
  25 ##
  26 ## For large samples, the test statistic @var{chisq} approximately follows a
  27 ## chisquare distribution with @var{df} = @code{length (@var{c})}
  28 ## degrees of freedom.
  29 ##
  30 ## The p-value (1 minus the CDF of this distribution at @var{chisq}) is
  31 ## returned in @var{pval}.
  32 ##
  33 ## If no output argument is given, the p-value is displayed.
  34 ## @end deftypefn
  35
  36 ## Author: KH <Kurt.Hornik@wu-wien.ac.at>
  37 ## Description: Chi-square test for homogeneity
  38
  39 function [pval, chisq, df] = chisquare_test_homogeneity (x, y, c)
  40
  41   if (nargin != 3)
  42     print_usage ();
  43   endif
  44
  45   if (! (isvector(x) && isvector(y) && isvector(c)))
  46     error ("chisquare_test_homogeneity: X, Y and C must be vectors");
  47   endif
  48   ## Now test c for strictly increasing entries
  49   df = length (c);
  50   if (any ((c(2 : df) - c(1 : (df - 1))) <= 0))
  51     error ("chisquare_test_homogeneity: C must be increasing");
  52   endif
  53
  54   c     = [(reshape (c, 1, df)), Inf];
  55   l_x   = length (x);
  56   x     = reshape (x, l_x, 1);
  57   n_x   = sum (x * ones (1, df+1) < ones (l_x, 1) * c);
  58   l_y   = length (y);
  59   y     = reshape (y, l_y, 1);
  60   n_y   = sum(y * ones (1, df+1) < ones (l_y, 1) * c);
  61   chisq = l_x * l_y * sum ((n_x/l_x - n_y/l_y).^2 ./ (n_x + n_y));
  62   pval  = 1 - chi2cdf (chisq, df);
  63
  64   if (nargout == 0)
  65     printf("  pval: %g\n", pval);
  66   endif
  67
  68 endfunction