octave_packages/m/statistics/tests/chisquare_test_independence.m

   1 ## Copyright (C) 1995-2012 Kurt Hornik
   2 ##
   3 ## This file is part of Octave.
   4 ##
   5 ## Octave is free software; you can redistribute it and/or modify it
   6 ## under the terms of the GNU General Public License as published by
   7 ## the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or (at
   8 ## your option) any later version.
   9 ##
  10 ## Octave is distributed in the hope that it will be useful, but
  11 ## WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 ## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13 ## General Public License for more details.
  14 ##
  15 ## You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 ## along with Octave; see the file COPYING.  If not, see
  17 ## <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 ## -*- texinfo -*-
  20 ## @deftypefn {Function File} {[@var{pval}, @var{chisq}, @var{df}] =} chisquare_test_independence (@var{x})
  21 ## Perform a chi-square test for independence based on the contingency
  22 ## table @var{x}.  Under the null hypothesis of independence,
  23 ## @var{chisq} approximately has a chi-square distribution with
  24 ## @var{df} degrees of freedom.
  25 ##
  26 ## The p-value (1 minus the CDF of this distribution at chisq) of the
  27 ## test is returned in @var{pval}.
  28 ##
  29 ## If no output argument is given, the p-value is displayed.
  30 ## @end deftypefn
  31
  32 ## Author: KH <Kurt.Hornik@wu-wien.ac.at>
  33 ## Description: Chi-square test for independence
  34
  35 function [pval, chisq, df] = chisquare_test_independence (x)
  36
  37   if (nargin != 1)
  38     print_usage ();
  39   endif
  40
  41   [r, s] = size (x);
  42   df = (r - 1) * (s - 1);
  43   n = sum (sum (x));
  44   y = sum (x')' * sum (x) / n;
  45   x = (x - y) .^2 ./ y;
  46   chisq = sum (sum (x));
  47   pval  = 1 - chi2cdf (chisq, df);
  48
  49   if (nargout == 0)
  50     printf("  pval: %g\n", pval);
  51   endif
  52
  53 endfunction