utilities_LW/CircleMat_Analytical.m

   1 ## Copyright (C) 2015 Loriane Weber
   2 ##
   3 ## This program is free software; you can redistribute it and/or modify
   4 ## it under the terms of the GNU General Public License as published by
   5 ## the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
   6 ## (at your option) any later version.
   7 ##
   8 ## This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 ## but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 ## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 ## GNU General Public License for more details.
  12 ##
  13 ## You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 ## along with Octave; see the file COPYING.  If not, see
  15 ## <http://www.gnu.org/licenses/>.
  16
  17 ## PhantTibo_Analytical
  18
  19 ## Author: Loriane Weber <lweber@rnice7-0102>
  20 ## Created: 2015-12-10
  21
  22 %%%%%% INPUT PARAMETERS
  23 %% ps : is the physical pixel size, in um
  24 %% RedAttFact : reduced attenuation factor
  25 %% angles : angles of projections
  26 %% save : 1 or 0 (1 if you want to save in edf, 0 sinon
  27
  28 function [MuP_tot, Phi_tot, B_tot] = CircleMat_Analytical (angles, ps, R_circle, circle_center, absorption_mat, beta_mat, delta_mat, taille, save)
  29
  30 du= 1; % echantillonage de la projection
  31 angles_rad=(angles*pi/180) + pi/2; % in radians % +pi/2 to be coherent with radon transform
  32
  33 circle_center=circle_center - floor(taille/2);
  34 u=[-(taille-1)/2:du:+(taille-1)/2];
  35 disp('proj')
  36
  37
  38 for i=1:length(angles)
  39
  40         u0_mat= cos(angles_rad(i))*circle_center(1) + sin(angles_rad(i))*circle_center(2);
  41
  42 ## Proj attenuation
  43         MuP_mat=Analytical_1D(absorption_mat, u, R_circle, u0_mat);
  44         MuP_tot(:, i) = MuP_mat * ps;
  45
  46 ## Proj Phi
  47         Phi_mat=Analytical_1D(delta_mat, u, R_circle, u0_mat);
  48         Phi_tot(:, i) = Phi_mat * ps;
  49
  50 ## Proj Beta
  51         B_mat=Analytical_1D(beta_mat, u, R_circle, u0_mat);
  52         B_tot(:, i) = B_mat *ps;
  53
  54 end
  55
  56 if save
  57         edfwrite('Sino_AnalyticalCirclePET_Mu.edf', MuP_tot, 'float32')
  58         edfwrite('Sino_AnalyticalCirclePET_Phi.edf', Phi_tot, 'float32')
  59         edfwrite('Sino_AnalyticalCirclePET_B.edf', B_tot, 'float32')
  60 end
  61
  62
  63 endfunction