utilities_LW/mha_read_header.m

   1 function info =mha_read_header(filename)
   2 % Function for reading the header of a Insight Meta-Image (.mha,.mhd) file
   3 %
   4 % info  = mha_read_header(filename);
   5 %
   6 % examples:
   7 % 1,  info=mha_read_header()
   8 % 2,  info=mha_read_header('volume.mha');
   9
  10 if(exist('filename','var')==0)
  11     [filename, pathname] = uigetfile('*.mha', 'Read mha-file');
  12     filename = [pathname filename];
  13 end
  14
  15 fid=fopen(filename,'rb');
  16 if(fid<0)
  17     fprintf('could not open file %s\n',filename);
  18     return
  19 end
  20
  21 info.Filename=filename;
  22 info.Format='MHA';
  23 info.CompressedData='false';
  24 readelementdatafile=false;
  25 while(~readelementdatafile)
  26     str=fgetl(fid);
  27     s=find(str=='=',1,'first');
  28     if(~isempty(s))
  29         type=str(1:s-1);
  30         data=str(s+1:end);
  31         while(type(end)==' '); type=type(1:end-1); end
  32         while(data(1)==' '); data=data(2:end); end
  33     else
  34         type=''; data=str;
  35     end
  36
  37     switch(lower(type))
  38         case 'ndims'
  39             info.NumberOfDimensions=sscanf(data, '%d')';
  40         case 'dimsize'
  41             info.Dimensions=sscanf(data, '%d')';
  42         case 'elementspacing'
  43             info.PixelDimensions=sscanf(data, '%lf')';
  44         case 'elementsize'
  45             info.ElementSize=sscanf(data, '%lf')';
  46             if(~isfield(info,'PixelDimensions'))
  47                 info.PixelDimensions=info.ElementSize;
  48             end
  49         case 'elementbyteordermsb'
  50             info.ByteOrder=lower(data);
  51         case 'anatomicalorientation'
  52             info.AnatomicalOrientation=data;
  53         case 'centerofrotation'
  54             info.CenterOfRotation=sscanf(data, '%lf')';
  55         case 'offset'
  56             info.Offset=sscanf(data, '%lf')';
  57         case 'binarydata'
  58             info.BinaryData=lower(data);
  59         case 'compresseddatasize'
  60             info.CompressedDataSize=sscanf(data, '%d')';
  61         case 'objecttype',
  62             info.ObjectType=lower(data);
  63         case 'transformmatrix'
  64             info.TransformMatrix=sscanf(data, '%lf')';
  65         case 'compresseddata';
  66             info.CompressedData=lower(data);
  67         case 'binarydatabyteordermsb'
  68             info.ByteOrder=lower(data);
  69         case 'elementdatafile'
  70             info.DataFile=data;
  71             readelementdatafile=true;
  72         case 'elementtype'
  73             info.DataType=lower(data(5:end));
  74         case 'headersize'
  75             val=sscanf(data, '%d')';
  76             if(val(1)>0), info.HeaderSize=val(1); end
  77         otherwise
  78             info.(type)=data;
  79     end
  80 end
  81
  82 switch(info.DataType)
  83     case 'char', info.BitDepth=8;
  84     case 'uchar', info.BitDepth=8;
  85     case 'short', info.BitDepth=16;
  86     case 'ushort', info.BitDepth=16;
  87     case 'int', info.BitDepth=32;
  88     case 'uint', info.BitDepth=32;
  89     case 'float', info.BitDepth=32;
  90     case 'double', info.BitDepth=64;
  91     otherwise, info.BitDepth=0;
  92 end
  93 if(~isfield(info,'HeaderSize'))
  94     info.HeaderSize=ftell(fid);
  95 end
  96 fclose(fid);