appli/CTBronchi/Functions.h

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __CTBronchi__Functions__h__
   6 #define __CTBronchi__Functions__h__
   7
   8 #include <chrono>
   9 #include <map>
  10 #include <sstream>
  11 #include <itkImageFileReader.h>
  12 #include <itkImageFileWriter.h>
  13
  14 namespace CTBronchi
  15 {
  16   // -----------------------------------------------------------------------
  17   double MeasureTime( itk::ProcessObject* f )
  18   {
  19     std::chrono::time_point< std::chrono::high_resolution_clock > s, e;
  20     std::chrono::duration< double > t;
  21     s = std::chrono::high_resolution_clock::now( );
  22     f->Update( );
  23     e = std::chrono::high_resolution_clock::now( );
  24     t = e - s;
  25     return( t.count( ) );
  26   }
  27
  28   // -----------------------------------------------------------------------
  29   template< class _TImagePtr >
  30   void ReadImage( _TImagePtr& image, const std::string& fname )
  31   {
  32     typedef typename _TImagePtr::ObjectType _TImage;
  33     typedef itk::ImageFileReader< _TImage > _TReader;
  34     typename _TReader::Pointer reader = _TReader::New( );
  35     reader->SetFileName( fname );
  36     double t = MeasureTime( reader );
  37     std::cout << "Read " << fname << " in " << t << " s" << std::endl;
  38     image = reader->GetOutput( );
  39     image->DisconnectPipeline( );
  40   }
  41
  42   // -----------------------------------------------------------------------
  43   template< class _TImagePtr >
  44   void WriteImage( const _TImagePtr& image, const std::string& fname )
  45   {
  46     typedef typename _TImagePtr::ObjectType _TImage;
  47     typedef itk::ImageFileWriter< _TImage > _TWriter;
  48     typename _TWriter::Pointer writer = _TWriter::New( );
  49     writer->SetFileName( fname );
  50     writer->SetInput( image );
  51     double t = MeasureTime( writer );
  52     std::cout << "Wrote " << fname << " in " << t << " s" << std::endl;
  53   }
  54
  55   // -----------------------------------------------------------------------
  56   bool ParseArgs(
  57     std::map< std::string, std::string >& args, int argc, char* argv[]
  58     )
  59   {
  60     std::set< std::string > mandatory;
  61     mandatory.insert( "in" );
  62     mandatory.insert( "out" );
  63     mandatory.insert( "seed" );
  64
  65     args[ "mori_minimum_threshold" ] = "-850";
  66     args[ "mori_signal_kernel_size" ] = "20";
  67     args[ "mori_signal_threshold" ] = "100";
  68     args[ "mori_signal_influence" ] = "0.5";
  69     args[ "mori_lower_threshold" ] = "-1024";
  70     args[ "mori_upper_threshold" ] = "0";
  71     args[ "mori_delta_threshold" ] = "1";
  72     args[ "labelling_upper_threshold" ] = "-550";
  73     args[ "random_walker_alpha" ] = "1";
  74     args[ "random_walker_beta" ] = "100";
  75
  76     int i = 1;
  77     while( i < argc )
  78     {
  79       std::string cmd = argv[ i ] + 1;
  80       if( cmd == "seed" )
  81       {
  82         std::stringstream seed;
  83         seed
  84           << argv[ i + 1 ] << ";"
  85           << argv[ i + 2 ] << ";"
  86           << argv[ i + 3 ];
  87         args[ cmd ] = seed.str( );
  88         i += 4;
  89       }
  90       else
  91       {
  92         args[ cmd ] = argv[ i + 1 ];
  93         i += 2;
  94
  95       } // fi
  96
  97     } // elihw
  98
  99     bool complete = true;
 100     for( std::string t: mandatory )
 101       complete &= ( args.find( t ) != args.end( ) );
 102
 103     if( !complete )
 104     {
 105       std::cerr
 106         << "Usage: " << argv[ 0 ] << std::endl
 107         << "\t-in filename" << std::endl
 108         << "\t-out filename" << std::endl
 109         << "\t-seed x y z" << std::endl
 110         << "\t[-out_mori filename]" << std::endl
 111         << "\t[-out_signal filename]" << std::endl
 112         << "\t[-out_labels filename]" << std::endl
 113         << "\t[-mori_minimum_threshold value]" << std::endl
 114         << "\t[-mori_signal_kernel_size value]" << std::endl
 115         << "\t[-mori_signal_threshold value]" << std::endl
 116         << "\t[-mori_signal_influence value]" << std::endl
 117         << "\t[-mori_lower_threshold value]" << std::endl
 118         << "\t[-mori_upper_threshold value]" << std::endl
 119         << "\t[-mori_delta_threshold value]" << std::endl
 120         << "\t[-labelling_upper_threshold value]" << std::endl
 121         << "\t[-random_walker_alpha value]" << std::endl
 122         << "\t[-random_walker_beta value]" << std::endl;
 123       return( false );
 124
 125     } // fi
 126     return( true );
 127   }
 128
 129 } // ecapseman
 130
 131 #endif // __CTBronchi__Functions__h__
 132
 133 // eof - $RCSfile$