appli/CTBronchi/Mori.h

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __CTBronchi__Mori__h__
   6 #define __CTBronchi__Mori__h__
   7
   8 #include <map>
   9 #include <CTBronchi/Functions.h>
  10 #include <fpa/Filters/Image/Mori.h>
  11
  12 namespace CTBronchi
  13 {
  14   // -----------------------------------------------------------------------
  15   template< class _TInputPtr, class _TOutputPtr, class _TSeed >
  16   typename _TInputPtr::ObjectType::PixelType Mori(
  17     _TOutputPtr& output, const _TInputPtr& input, _TSeed& seed,
  18     std::map< std::string, std::string >& args
  19     )
  20   {
  21     typedef typename _TInputPtr::ObjectType  _TInput;
  22     typedef typename _TOutputPtr::ObjectType _TOutput;
  23     typedef fpa::Filters::Image::Mori< _TInput, _TOutput > _TMori;
  24     typedef typename _TInput::PixelType  _TInputPixel;
  25     typedef typename _TOutput::PixelType _TOutputPixel;
  26
  27     _TOutputPixel i_val = _TOutputPixel( 1 );
  28     _TOutputPixel o_val = _TOutputPixel( 0 );
  29
  30     typename _TMori::Pointer mori = _TMori::New( );
  31     mori->SetInput( input );
  32     mori->SetSeed( seed );
  33     mori->SetInsideValue( i_val );
  34     mori->SetOutsideValue( o_val );
  35     mori->SetMinimumThreshold(
  36       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_minimum_threshold" ].c_str( ) ) )
  37       );
  38     mori->SetSignalKernelSize(
  39       std::atoi( args[ "mori_signal_kernel_size" ].c_str( ) )
  40       );
  41     mori->SetSignalThreshold(
  42       std::atof( args[ "mori_signal_threshold" ].c_str( ) )
  43       );
  44     mori->SetSignalInfluence(
  45       std::atof( args[ "mori_signal_influence" ].c_str( ) )
  46       );
  47     mori->SetThresholds(
  48       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_lower_threshold" ].c_str( ) ) ),
  49       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_upper_threshold" ].c_str( ) ) ),
  50       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_delta_threshold" ].c_str( ) ) )
  51       );
  52     double t = CTBronchi::MeasureTime( mori );
  53     std::cout << "Mori executed in " << t << " s" << std::endl;
  54     output = mori->GetOutput( );
  55
  56     std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
  57       args.find( "out_mori" );
  58     if( i != args.end( ) )
  59       CTBronchi::WriteImage( output, i->second );
  60
  61     i = args.find( "out_signal" );
  62     if( i != args.end( ) )
  63     {
  64       std::stringstream signal;
  65       unsigned long nthr = mori->GetNumberOfEvaluatedThresholds( );
  66       signal << "# nThr = " << nthr << std::endl;
  67       signal << "# Opt  = " << mori->GetOptimumThreshold( ) << std::endl;
  68       for( unsigned long j = 0; j < nthr; ++j )
  69       {
  70         typename _TMori::TPeak p;
  71         double x, y;
  72         mori->GetSignalValues( j, x, y, p );
  73         signal << x << " " << y << std::endl;
  74
  75       } // rof
  76       std::ofstream signals_str( i->second.c_str( ) );
  77       signals_str << signal.str( );
  78       signals_str.close( );
  79
  80     } // fi
  81     output->DisconnectPipeline( );
  82     return( mori->GetOptimumThreshold( ) );
  83   }
  84
  85 } // ecapseman
  86
  87 #endif // __CTBronchi__Functions__h__
  88
  89 // eof - $RCSfile$