appli/CTBronchi/Mori.h

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __CTBronchi__Mori__h__
   6 #define __CTBronchi__Mori__h__
   7
   8 #include <map>
   9 #include <CTBronchi/Functions.h>
  10 #include <fpa/Filters/Image/Mori.h>
  11
  12 namespace CTBronchi
  13 {
  14   // -----------------------------------------------------------------------
  15   template< class _TInputPtr, class _TOutputPtr >
  16   void Mori(
  17     _TOutputPtr& output, const _TInputPtr& input,
  18     const std::map< std::string, std::string >& args
  19     )
  20   {
  21     typedef typename _TInputPtr::ObjectType  _TInput;
  22     typedef typename _TOutputPtr::ObjectType _TOutput;
  23     typedef fpa::Filters::Image::Mori< _TInput, _TOutput > _TMori;
  24     typedef typename _TInput::PixelType _TInputPixel;
  25
  26     typename _TMori::Pointer mori = _TMori::New( );
  27     mori->SetInput( input );
  28     mori->SetSeed( global_seed );
  29     mori->SetInsideValue( inside_value );
  30     mori->SetOutsideValue( outside_value );
  31     mori->SetMinimumThreshold(
  32       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_minimum_threshold" ].c_str( ) ) )
  33       );
  34     mori->SetSignalKernelSize(
  35       std::atoi( args[ "mori_signal_kernel_size" ].c_str( ) )
  36       );
  37     mori->SetSignalThreshold(
  38       std::atof( args[ "mori_signal_threshold" ].c_str( ) )
  39       );
  40     mori->SetSignalInfluence(
  41       std::atof( args[ "mori_signal_influence" ].c_str( ) )
  42       );
  43     mori->SetThresholds(
  44       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_lower_threshold" ].c_str( ) ) ),
  45       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_upper_threshold" ].c_str( ) ) ),
  46       _TInputPixel( std::atof( args[ "mori_delta_threshold" ].c_str( ) ) )
  47       );
  48     double t = CTBronchi::MeasureTime( mori );
  49     std::cout << "Mori executed in " << t << " s" << std::endl;
  50     output = mori->GetOutput( );
  51
  52     std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
  53       args.find( "out_mori" );
  54     if( i != args.end( ) )
  55       CTBronchi::WriteImage( output, i->second );
  56
  57     i = args.find( "out_signal" );
  58     if( i != args.end( ) )
  59     {
  60       std::stringstream signal;
  61       unsigned long nthr = mori->GetNumberOfEvaluatedThresholds( );
  62       signal << "# nThr = " << nthr << std::endl;
  63       signal << "# Opt  = " << mori->GetOptimumThreshold( ) << std::endl;
  64       for( unsigned long j = 0; j < nthr; ++j )
  65       {
  66         typename _TMori::TPeak p;
  67         double x, y;
  68         mori->GetSignalValues( j, x, y, p );
  69         signal << x << " " << y << std::endl;
  70
  71       } // rof
  72
  73       std::ofstream signals_str( i->second.c_str( ) );
  74       signals_str << signal.str( );
  75       signals_str.close( );
  76
  77     } // fi
  78     output->DisconnectPipeline( );
  79   }
  80
  81 } // ecapseman
  82
  83 #endif // __CTBronchi__Functions__h__
  84
  85 // eof - $RCSfile$