appli/CTBronchi/MoriLabelling.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
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   6 #ifndef __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   7 #define __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   8
   9 /* TODO
  10    #include <itkImageRegionConstIteratorWithIndex.h>
  11
  12    // -------------------------------------------------------------------------
  13    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  14    const typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  15    TLabelImage* CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  16    GetInputLabelImage( ) const
  17    {
  18    return( this->GetLabels( ) );
  19    }
  20
  21    // -------------------------------------------------------------------------
  22    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  23    void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  24    SetInputLabelImage( TLabelImage* image )
  25    {
  26    this->SetLabels( image );
  27    }
  28
  29    // -------------------------------------------------------------------------
  30    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  31    const typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  32    TInputImage* CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  33    GetInputRawImage( ) const
  34    {
  35    return( this->GetInput( ) );
  36    }
  37
  38    // -------------------------------------------------------------------------
  39    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  40    void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  41    SetInputRawImage( TInputImage* image )
  42    {
  43    this->SetInput( image );
  44    }
  45
  46    // -------------------------------------------------------------------------
  47    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  48    typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  49    TInputValue CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  50    GetUpperThreshold( ) const
  51    {
  52    const TThresholdFunction* func =
  53    dynamic_cast< const TThresholdFunction* >( this->GetValuePredicate( ) );
  54    if( func != NULL )
  55    return( func->GetUpper( ) );
  56    else
  57    return( TInputValue( 0 ) );
  58    }
  59
  60    // -------------------------------------------------------------------------
  61    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  62    void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  63    SetUpperThreshold( TInputValue t )
  64    {
  65    TThresholdFunction* func =
  66    dynamic_cast< TThresholdFunction* >( this->GetValuePredicate( ) );
  67    if( func != NULL )
  68    func->SetUpper( t );
  69    }
  70
  71    // -------------------------------------------------------------------------
  72    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  73    typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  74    TOutputValue CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  75    GetOutsideValue( ) const
  76    {
  77    return( this->GetInitValue( ) );
  78    }
  79
  80    // -------------------------------------------------------------------------
  81    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  82    void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  83    SetOutsideLabel( TOutputValue o )
  84    {
  85    this->SetInitValue( o );
  86    }
  87
  88    // -------------------------------------------------------------------------
  89    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
  90    CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
  91    MoriLabelling( )
  92    : Superclass( ),
  93    m_InsideLabel( TOutputValue( 0 ) )
  94    {
  95    typename TThresholdFunction::Pointer func = TThresholdFunction::New( );
  96    this->SetPredicate( func );
  97    }
  98
  99    // -------------------------------------------------------------------------
 100    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
 101    CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
 102    ~MoriLabelling( )
 103    {
 104    }
 105
 106    // -------------------------------------------------------------------------
 107    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
 108    typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
 109    TNodes CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
 110    _UnifySeeds( )
 111    {
 112    this->m_Seeds.clear( );
 113    const TLabelImage* lbl = this->GetLabels( );
 114    if( lbl == NULL )
 115    {
 116    std::ostringstream msg;
 117    msg << "itk::ERROR: CTBronchi::MoriLabelling (" << this
 118    << "): Labelled image not defined.";
 119    ::itk::ExceptionObject e(
 120    __FILE__, __LINE__, msg.str( ).c_str( ), ITK_LOCATION
 121    );
 122    throw e;
 123
 124    } // fi
 125
 126    // Iterate over labels
 127    typename TLabelImage::RegionType reg = lbl->GetRequestedRegion( );
 128    itk::ImageRegionConstIteratorWithIndex< TLabelImage > lIt( lbl, reg );
 129    for( lIt.GoToBegin( ); !lIt.IsAtEnd( ); ++lIt )
 130    {
 131    if( lIt.Get( ) > 0 )
 132    {
 133    bool is_seed = false;
 134    for( unsigned int d = 0; d < TLabelImage::ImageDimension; ++d )
 135    {
 136    for( int s = -1; s <= 1; s += 2 )
 137    {
 138    TVertex neigh = lIt.GetIndex( );
 139    neigh[ d ] += s;
 140    if( reg.IsInside( neigh ) )
 141    is_seed |= ( lbl->GetPixel( neigh ) == 0 );
 142
 143    } // rof
 144
 145    } // rof
 146
 147    if( !is_seed )
 148    {
 149    typename TSeedsInterface::TNode node;
 150    node.Vertex = lIt.GetIndex( );
 151    node.Parent = lIt.GetIndex( );
 152    node.FrontId = lIt.Get( );
 153    node.Value = this->m_InsideLabel;
 154    this->_Mark( node.Vertex, node.FrontId );
 155    this->_UpdateOutputValue( node );
 156    }
 157    else
 158    {
 159    typename TSeedsInterface::TSeed seed;
 160    seed.Vertex = lIt.GetIndex( );
 161    seed.IsPoint = false;
 162    seed.FrontId = lIt.Get( );
 163    this->m_Seeds.push_back( seed );
 164
 165    } // fi
 166
 167    } // fi
 168
 169    } // rof
 170
 171    // Ok, finish initialization
 172    return( this->Superclass::_UnifySeeds( ) );
 173    }
 174
 175    // -------------------------------------------------------------------------
 176    template< class _TInputImage, class _TLabelImage, class _TTraits >
 177    void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage, _TTraits >::
 178    _UpdateOutputValue( TNode& n )
 179    {
 180    const TLabelImage* input_labels = this->GetInputLabelImage( );
 181
 182    this->Superclass::_UpdateOutputValue( n );
 183    if( n.FrontId != 0 )
 184    {
 185    if( input_labels->GetPixel( n.Vertex ) == this->GetInsideValue( ) )
 186    n.Value = this->GetInsideLabel( );
 187    else
 188    n.Value = TOutputValue( 0 );
 189    this->TAlgorithm::_UpdateOutputValue( n );
 190
 191    } // fi
 192    }
 193 */
 194
 195 #endif // __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
 196
 197 // eof - $RCSfile$