appli/CTBronchi/MoriLabelling.hxx

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   7 #define __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   8
   9 // -------------------------------------------------------------------------
  10 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  11 typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  12 TInputValue CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  13 GetUpperThreshold( ) const
  14 {
  15   return( this->m_Functor->GetUpperThreshold( ) );
  16 }
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  20 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  21 SetUpperThreshold( TInputValue t )
  22 {
  23   this->m_Functor->SetUpperThreshold( t );
  24 }
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  28 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  29 MoriLabelling( )
  30   : Superclass( ),
  31     m_LastThreshold( TInputValue( 0 ) )
  32 {
  33   fpaFilterInputConfigureMacro( InputLabels, TLabelImage );
  34   this->m_Functor = TFunctor::New( );
  35   this->SetPredicate( this->m_Functor );
  36 }
  37
  38 // -------------------------------------------------------------------------
  39 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  40 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  41 ~MoriLabelling( )
  42 {
  43 }
  44
  45 // -------------------------------------------------------------------------
  46 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  47 const itk::DataObject*
  48 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  49 _GetReferenceInput( ) const
  50 {
  51   return( this->GetInputLabels( ) );
  52 }
  53
  54 // -------------------------------------------------------------------------
  55 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  56 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  57 _PostComputeOutputValue( TNode& n )
  58 {
  59   this->Superclass::_PostComputeOutputValue( n );
  60   if( n.Value == this->GetInsideValue( ) )
  61   {
  62     const _TInputImage* input = this->GetInput( );
  63     const TLabelImage* labels = this->GetInputLabels( );
  64     double x = input->GetPixel( n.Vertex );
  65     /* TODO
  66        double a = std::fabs( x - double( this->m_Functor->GetUpperThreshold( ) ) );
  67        double b = std::fabs( x - double( this->m_LastThreshold ) );
  68     */
  69     if( labels->GetPixel( n.Vertex ) == 0 /* && b < a*/ )
  70       n.Value = 0;
  71
  72   } // fi
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 namespace CTBronchi
  77 {
  78   template< class _TInputPtr, class _TOutputPtr, class _TInputValue >
  79   void Label(
  80     _TOutputPtr& output,
  81     const _TInputPtr& input, const _TOutputPtr& input_labels,
  82     const _TInputValue& last_thr,
  83     std::map< std::string, std::string >& args
  84     )
  85   {
  86     typedef typename _TInputPtr::ObjectType  _TInput;
  87     typedef typename _TOutputPtr::ObjectType _TOutput;
  88     typedef CTBronchi::MoriLabelling< _TInput, _TOutput > _TLabelling;
  89
  90     typename _TLabelling::Pointer labelling = _TLabelling::New( );
  91     labelling->SetInput( input );
  92     labelling->SetInputLabels( input_labels );
  93     labelling->SetOutsideValue( 2 );
  94     labelling->SetInsideValue( 1 );
  95     labelling->SetUpperThreshold(
  96       _TInputValue( std::atof( args[ "labelling_upper_threshold" ].c_str( ) ) )
  97       );
  98     labelling->SetLastThreshold( last_thr );
  99     double t = MeasureTime( labelling );
 100     std::cout << "Labelling executed in " << t << " s" << std::endl;
 101     output = labelling->GetOutput( );
 102     std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
 103       args.find( "out_labels" );
 104     if( i != args.end( ) )
 105       WriteImage( output, i->second );
 106     output->DisconnectPipeline( );
 107   }
 108
 109 } // ecapseman
 110
 111 #endif // __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
 112
 113 // eof - $RCSfile$