appli/CTBronchi/MoriLabelling.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   7 #define __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
   8
   9 #include <itkImageRegionConstIteratorWithIndex.h>
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  13 const typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  14 TLabelImage* CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  15 GetInputLabelImage( ) const
  16 {
  17   return( this->GetLabels( ) );
  18 }
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  22 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  23 SetInputLabelImage( TLabelImage* image )
  24 {
  25   this->SetLabels( image );
  26 }
  27
  28 // -------------------------------------------------------------------------
  29 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  30 const typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  31 TInputImage* CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  32 GetInputRawImage( ) const
  33 {
  34   return( this->GetInput( ) );
  35 }
  36
  37 // -------------------------------------------------------------------------
  38 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  39 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  40 SetInputRawImage( TInputImage* image )
  41 {
  42   this->SetInput( image );
  43 }
  44
  45 // -------------------------------------------------------------------------
  46 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  47 typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  48 TInputValue CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  49 GetUpperThreshold( ) const
  50 {
  51   const TThresholdFunction* func =
  52     dynamic_cast< const TThresholdFunction* >( this->GetValuePredicate( ) );
  53   if( func != NULL )
  54     return( func->GetUpper( ) );
  55   else
  56     return( TInputValue( 0 ) );
  57 }
  58
  59 // -------------------------------------------------------------------------
  60 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  61 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  62 SetUpperThreshold( TInputValue t )
  63 {
  64   TThresholdFunction* func =
  65     dynamic_cast< TThresholdFunction* >( this->GetValuePredicate( ) );
  66   if( func != NULL )
  67     func->SetUpper( t );
  68 }
  69
  70 // -------------------------------------------------------------------------
  71 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  72 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  73 MoriLabelling( )
  74   : Superclass( ),
  75     m_InsideLabel( TOutputValue( 0 ) ),
  76     m_OutsideLabel( TOutputValue( 0 ) )
  77 {
  78   typename TThresholdFunction::Pointer func = TThresholdFunction::New( );
  79   this->SetPredicate( func );
  80 }
  81
  82 // -------------------------------------------------------------------------
  83 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  84 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  85 ~MoriLabelling( )
  86 {
  87 }
  88
  89 // -------------------------------------------------------------------------
  90 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
  91 typename CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  92 TNodes CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
  93 _UnifySeeds( )
  94 {
  95   this->m_Seeds.clear( );
  96   const TLabelImage* lbl = this->GetLabels( );
  97   if( lbl == NULL )
  98   {
  99     std::ostringstream msg;
 100     msg << "itk::ERROR: CTBronchi::MoriLabelling (" << this
 101         << "): Labelled image not defined.";
 102     ::itk::ExceptionObject e(
 103       __FILE__, __LINE__, msg.str( ).c_str( ), ITK_LOCATION
 104       );
 105     throw e;
 106
 107   } // fi
 108
 109   // Iterate over labels
 110   typename TLabelImage::RegionType reg = lbl->GetRequestedRegion( );
 111   itk::ImageRegionConstIteratorWithIndex< TLabelImage > lIt( lbl, reg );
 112   for( lIt.GoToBegin( ); !lIt.IsAtEnd( ); ++lIt )
 113   {
 114     if( lIt.Get( ) > 0 )
 115     {
 116       bool is_seed = false;
 117       for( unsigned int d = 0; d < TLabelImage::ImageDimension; ++d )
 118       {
 119         for( int s = -1; s <= 1; s += 2 )
 120         {
 121           TVertex neigh = lIt.GetIndex( );
 122           neigh[ d ] += s;
 123           if( reg.IsInside( neigh ) )
 124             is_seed |= ( lbl->GetPixel( neigh ) == 0 );
 125
 126         } // rof
 127
 128       } // rof
 129
 130       if( !is_seed )
 131       {
 132         typename TSeedsInterface::TNode node;
 133         node.Vertex = lIt.GetIndex( );
 134         node.Parent = lIt.GetIndex( );
 135         node.FrontId = lIt.Get( );
 136         node.Value = this->m_InsideLabel;
 137         this->_Mark( node.Vertex, node.FrontId );
 138         this->_UpdateOutputValue( node );
 139       }
 140       else
 141       {
 142         typename TSeedsInterface::TSeed seed;
 143         seed.Vertex = lIt.GetIndex( );
 144         seed.IsPoint = false;
 145         seed.FrontId = lIt.Get( );
 146         this->m_Seeds.push_back( seed );
 147
 148       } // fi
 149
 150     } // fi
 151
 152   } // rof
 153
 154   // Ok, finish initialization
 155   return( this->Superclass::_UnifySeeds( ) );
 156 }
 157
 158 // -------------------------------------------------------------------------
 159 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 160 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 161 _UpdateOutputValue( TNode& n )
 162 {
 163   const TInputImage* input = this->GetInputRawImage( );
 164   const TLabelImage* labels = this->GetInputLabelImage( );
 165 }
 166
 167
 168 /* TODO
 169    TOutputValue m_InsideValue;
 170    TOutputValue m_InsideLabel;
 171    TOutputValue m_OutsideLabel;
 172 */
 173
 174
 175
 176
 177
 178
 179
 180
 181
 182
 183 /* TODO
 184 #include <itkImageRegionConstIterator.h>
 185 #include <itkImageRegionIterator.h>
 186
 187 // -------------------------------------------------------------------------
 188 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 189 const _TLabelImage*
 190 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 191 GetInputLabelImage( ) const
 192 {
 193   return( this->GetInput( ) );
 194 }
 195
 196 // -------------------------------------------------------------------------
 197 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 198 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 199 SetInputLabelImage( TLabelImage* image )
 200 {
 201   this->SetInput( image );
 202 }
 203
 204 // -------------------------------------------------------------------------
 205 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 206 const _TInputImage*
 207 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 208 GetInputRawImage( ) const
 209 {
 210   return(
 211     dynamic_cast< const TInputImage* >(
 212       this->itk::ProcessObject::GetInput( 1 )
 213       )
 214     );
 215 }
 216
 217 // -------------------------------------------------------------------------
 218 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 219 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 220 SetInputRawImage( TInputImage* image )
 221 {
 222   this->itk::ProcessObject::SetNthInput( 1, image );
 223 }
 224
 225 // -------------------------------------------------------------------------
 226 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 227 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 228 MoriLabelling( )
 229   : Superclass( ),
 230     m_UpperThreshold( TOutputValue( 0 ) ),
 231     m_InsideValue( TOutputValue( 0 ) ),
 232     m_InsideLabel( TOutputValue( 0 ) ),
 233     m_OutsideLabel( TOutputValue( 0 ) )
 234 {
 235   this->SetNumberOfRequiredInputs( 2 );
 236 }
 237
 238 // -------------------------------------------------------------------------
 239 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 240 CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 241 ~MoriLabelling( )
 242 {
 243 }
 244
 245 // -------------------------------------------------------------------------
 246 template< class _TInputImage, class _TLabelImage >
 247 void CTBronchi::MoriLabelling< _TInputImage, _TLabelImage >::
 248 ThreadedGenerateData( const TRegion& region, itk::ThreadIdType threadId )
 249 {
 250   itk::ImageRegionConstIterator< TLabelImage >
 251     lIt( this->GetInputLabelImage( ), region );
 252   itk::ImageRegionConstIterator< TInputImage >
 253     iIt( this->GetInputRawImage( ), region );
 254   itk::ImageRegionIterator< TLabelImage >
 255     oIt( this->GetOutput( ), region );
 256
 257   lIt.GoToBegin( );
 258   iIt.GoToBegin( );
 259   oIt.GoToBegin( );
 260   while( !( lIt.IsAtEnd( ) || iIt.IsAtEnd( ) || oIt.IsAtEnd( ) ) )
 261   {
 262     if( lIt.Get( ) != this->m_InsideValue )
 263     {
 264       if( this->m_UpperThreshold < iIt.Get( ) )
 265         oIt.Set( this->m_OutsideLabel );
 266       else
 267         oIt.Set( TOutputValue( 0 ) );
 268     }
 269     else
 270       oIt.Set( this->m_InsideLabel );
 271     ++lIt;
 272     ++iIt;
 273     ++oIt;
 274
 275   } // elihw
 276 }
 277 */
 278
 279 #endif // __CTBronchi__MoriLabelling__hxx__
 280
 281 // eof - $RCSfile$