appli/CTBronchi/Process.cxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
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   6 #include <itkImage.h>
   7 #include <itkAbsoluteValueDifferenceImageFilter.h>
   8 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
   9 #include <CTBronchi/Functions.h>
  10 #include <CTBronchi/Mori.h>
  11 #include <CTBronchi/MoriLabelling.h>
  12 #include <CTBronchi/RandomWalker.h>
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  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 const unsigned int Dim = 3;
  16 typedef short         TInputPixel;
  17 typedef unsigned char TLabelPixel;
  18 typedef itk::Image< TInputPixel, Dim > TImage;
  19 typedef itk::Image< TLabelPixel, Dim > TLabelImage;
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  21 // -------------------------------------------------------------------------
  22 int main( int argc, char* argv[] )
  23 {
  24   std::map< std::string, std::string > args;
  25   try
  26   {
  27     if( CTBronchi::ParseArgs( args, argc, argv ) )
  28     {
  29       // Parse seed
  30       TImage::PointType seed;
  31       char* str = new char[ args[ "seed" ].size( ) + 1 ];
  32       strcpy( str, args[ "seed" ].c_str( ) );
  33       seed[ 0 ] = std::atof( strtok( str, ";" ) );
  34       seed[ 1 ] = std::atof( strtok( NULL, ";" ) );
  35       seed[ 2 ] = std::atof( strtok( NULL, ";" ) );
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  37       // Read input image
  38       TImage::Pointer input_image;
  39       CTBronchi::ReadImage( input_image, args[ "in" ] );
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  41       // Mori segmentation
  42       TLabelImage::Pointer mori;
  43       TInputPixel opt_thr = CTBronchi::Mori( mori, input_image, seed, args );
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  45       // Label image
  46       TLabelImage::Pointer labels;
  47       CTBronchi::Label( labels, input_image, mori, opt_thr, args );
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  49       // Final labels
  50       TLabelImage::Pointer final_labels;
  51       CTBronchi::RandomWalker( final_labels, input_image, labels, args );
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  53       // Extract label 1
  54       typedef itk::BinaryThresholdImageFilter< TLabelImage, TLabelImage > TBinThr;
  55       TBinThr::Pointer bin_thr = TBinThr::New( );
  56       bin_thr->SetInput( final_labels );
  57       bin_thr->SetLowerThreshold( 1 );
  58       bin_thr->SetUpperThreshold( 1 );
  59       bin_thr->SetInsideValue( 1 );
  60       bin_thr->SetOutsideValue( 0 );
  61       double t = CTBronchi::MeasureTime( bin_thr );
  62       std::cout << "Label extracted in " << t << " s" << std::endl;
  63       TLabelImage::Pointer segmentation = bin_thr->GetOutput( );
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  65       // Save
  66       CTBronchi::WriteImage( segmentation, args[ "out" ] );
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  68       // Save difference
  69       std::map< std::string, std::string >::const_iterator i =
  70         args.find( "out_diff" );
  71       if( i != args.end( ) )
  72       {
  73         typedef itk::AbsoluteValueDifferenceImageFilter< TLabelImage, TLabelImage, TLabelImage > TDiff;
  74         TDiff::Pointer diff = TDiff::New( );
  75         diff->SetInput1( mori );
  76         diff->SetInput2( segmentation );
  77         t = CTBronchi::MeasureTime( diff );
  78         std::cout << "Difference computed in " << t << " s" << std::endl;
  79         TLabelImage::Pointer difference = diff->GetOutput( );
  80         CTBronchi::WriteImage( difference, i->second );
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  82       } // fi
  83     }
  84     else
  85       return( 1 );
  86   }
  87   catch( std::exception& err )
  88   {
  89     std::cerr
  90       << "===============================" << std::endl
  91       << "Error caught: " << std::endl
  92       << err.what( )
  93       << "===============================" << std::endl
  94       << std::endl;
  95     return( 1 );
  96
  97   } // yrt
  98   return( 0 );
  99 }
 100
 101 // eof - $RCSfile$