examples/RegionGrow_Mori.cxx

   1 #include <chrono>
   2 #include <iomanip>
   3 #include <itkCommand.h>
   4 #include <itkImage.h>
   5 #include <itkImageFileReader.h>
   6 #include <itkImageFileWriter.h>
   7 #include <itkBinaryThresholdImageFilter.h>
   8
   9 #include <fpa/Image/MoriRegionGrow.h>
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 static const unsigned int VDim = 3;
  13 typedef short                                             TPixel;
  14 typedef itk::Image< TPixel, VDim >                        TImage;
  15 typedef itk::ImageFileReader< TImage >                    TReader;
  16 typedef itk::ImageFileWriter< TImage >                    TWriter;
  17 typedef fpa::Image::MoriRegionGrow< TImage, TImage >      TFilter;
  18 typedef itk::BinaryThresholdImageFilter< TImage, TImage > TThreshold;
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 class ShowProgressObject
  22 {
  23 public:
  24   ShowProgressObject( itk::ProcessObject* o )
  25     {
  26       this->m_Process = o;
  27     }
  28   void ShowProgress( )
  29     {
  30       std::cerr
  31         << "\rProgress " << std::fixed << std::setprecision( 2 )
  32         << ( this->m_Process->GetProgress( ) * 100 )
  33         << " %" << std::flush;
  34     }
  35   itk::ProcessObject::Pointer m_Process;
  36 };
  37
  38 // -------------------------------------------------------------------------
  39 int main( int argc, char* argv[] )
  40 {
  41   // Get arguments
  42   if( argc < 6 + VDim )
  43   {
  44     std::cerr
  45       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  46       << " input_image output_image lower upper delta";
  47     for( unsigned int i = 0; i < VDim; ++i )
  48       std::cerr << " s_" << i;
  49     std::cerr << std::endl;
  50     return( 1 );
  51
  52   } // fi
  53   std::string input_image_filename = argv[ 1 ];
  54   std::string output_image_filename = argv[ 2 ];
  55   TPixel lower = std::atof( argv[ 3 ] );
  56   TPixel upper = std::atof( argv[ 4 ] );
  57   TPixel delta = std::atof( argv[ 5 ] );
  58
  59   TReader::Pointer reader = TReader::New( );
  60   reader->SetFileName( input_image_filename );
  61   try
  62   {
  63     reader->Update( );
  64   }
  65   catch( std::exception& err )
  66   {
  67     std::cerr << "ERROR: " << err.what( ) << std::endl;
  68     return( 1 );
  69
  70   } // yrt
  71
  72   TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  73   filter->SetInput( reader->GetOutput( ) );
  74   filter->SetThresholdRange( lower, upper, delta );
  75   TImage::PointType pnt;
  76   for( int i = 0; i < VDim; ++i )
  77     pnt[ i ] = std::atof( argv[ i + 6 ] );
  78
  79   TImage::IndexType seed;
  80   if( !( reader->GetOutput( )->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, seed ) ) )
  81   {
  82     std::cerr << "ERROR: seed outside image." << std::endl;
  83     return( 1 );
  84
  85   } // fi
  86   filter->AddSeed( seed );
  87
  88   // to test ProgressReporter
  89   /* TODO
  90      ShowProgressObject progressWatch( filter );
  91      typedef itk::SimpleMemberCommand< ShowProgressObject > CommandType;
  92      CommandType::Pointer command = CommandType::New();
  93      command->SetCallbackFunction( &progressWatch,
  94      &ShowProgressObject::ShowProgress );
  95      filter->AddObserver( itk::ProgressEvent( ), command );
  96   */
  97   std::chrono::time_point< std::chrono::system_clock > start, end;
  98   start = std::chrono::system_clock::now( );
  99   filter->Update( );
 100   end = std::chrono::system_clock::now( );
 101   std::chrono::duration< double > elapsed_seconds = end - start;
 102
 103   TThreshold::Pointer threshold = TThreshold::New( );
 104   threshold->SetInput( filter->GetOutput( ) );
 105   threshold->SetInsideValue( 255 );
 106   threshold->SetOutsideValue( 0 );
 107   threshold->SetLowerThreshold( 0 );
 108   threshold->SetUpperThreshold( filter->GetOptimumThreshold( ) );
 109
 110   TWriter::Pointer writer = TWriter::New( );
 111   writer->SetInput( threshold->GetOutput( ) );
 112   writer->SetFileName( output_image_filename );
 113   try
 114   {
 115     writer->Update( );
 116   }
 117   catch( std::exception& err )
 118   {
 119     std::cerr << "ERROR: " << err.what( ) << std::endl;
 120     return( 1 );
 121
 122   } // yrt
 123
 124   // Show data
 125   TFilter::TCurve curve = filter->GetCurve( );
 126   TFilter::TCurve::const_iterator data = curve.begin( );
 127   for( ; data != curve.end( ); ++data )
 128   {
 129     std::cout << data->XValue << " " << data->YValue << " " << data->Diff1 << std::endl;
 130   }
 131   std::cout
 132     << std::endl
 133     << "# Opt: "
 134     << curve[ filter->GetOptimumThreshold( ) ].XValue
 135     << "("
 136     << filter->GetOptimumThreshold( )
 137      << ")"
 138     << std::endl;
 139   std::cout << "Time: " << elapsed_seconds.count( ) << "s" << std::endl;
 140   return( 0 );
 141 }
 142
 143 // eof - $RCSfile$