examples/SkeletonFilter.cxx

   1
   2 #include <chrono>
   3 #include <iomanip>
   4 #include <itkImage.h>
   5 #include <itkImageFileReader.h>
   6
   7 #include <fpa/Base/SkeletonWriter.h>
   8 #include <fpa/Image/SkeletonFilter.h>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 static const unsigned int VDim = 3;
  12 typedef unsigned char                                   TPixel;
  13 typedef double                                          TScalar;
  14 typedef itk::Image< TPixel, VDim >                      TImage;
  15 typedef itk::ImageFileReader< TImage >                  TReader;
  16 typedef fpa::Image::SkeletonFilter< TImage, TScalar >   TFilter;
  17 typedef fpa::Base::SkeletonWriter< TFilter::TSkeleton > TWriter;
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 int main( int argc, char* argv[] )
  21 {
  22   // Get arguments
  23   if( argc != 3 && argc != 3 + VDim )
  24   {
  25     std::cerr
  26       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  27       << " input_image output_skeleton [";
  28     for( unsigned int i = 0; i < VDim; ++i )
  29       std::cerr << " s_" << i;
  30     std::cerr << " ]" << std::endl;
  31     return( 1 );
  32
  33   } // fi
  34   std::string input_image_filename = argv[ 1 ];
  35   std::string output_skeleton_filename = argv[ 2 ];
  36
  37   TReader::Pointer reader = TReader::New( );
  38   reader->SetFileName( input_image_filename );
  39   try
  40   {
  41     reader->Update( );
  42   }
  43   catch( std::exception& err )
  44   {
  45     std::cerr << "ERROR: " << err.what( ) << std::endl;
  46     return( 1 );
  47
  48   } // yrt
  49
  50   TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  51   filter->SetInput( reader->GetOutput( ) );
  52
  53   if( argc > 3 )
  54   {
  55     filter->SeedFromMaximumDistanceOff( );
  56     TImage::PointType pnt;
  57     for( int i = 0; i < VDim; ++i )
  58       pnt[ i ] = std::atof( argv[ i + 3 ] );
  59     TImage::IndexType seed;
  60     if( !( reader->GetOutput( )->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, seed ) ) )
  61     {
  62       std::cerr << "ERROR: seed outside image." << std::endl;
  63       return( 1 );
  64
  65     } // fi
  66     filter->AddSeed( seed );
  67   }
  68   else
  69     filter->SeedFromMaximumDistanceOn( );
  70
  71   std::chrono::time_point< std::chrono::system_clock > start, end;
  72   start = std::chrono::system_clock::now( );
  73   filter->Update( );
  74   end = std::chrono::system_clock::now( );
  75   std::chrono::duration< double > elapsed_seconds = end - start;
  76
  77   TWriter::Pointer writer = TWriter::New( );
  78   writer->SetInput( filter->GetSkeleton( ) );
  79   writer->SetFileName( output_skeleton_filename );
  80   try
  81   {
  82     writer->Update( );
  83   }
  84   catch( std::exception& err )
  85   {
  86     std::cerr << "ERROR: " << err.what( ) << std::endl;
  87     return( 1 );
  88
  89   } // yrt
  90
  91   // Show data
  92   std::cout << "Time: " << elapsed_seconds.count( ) << "s" << std::endl;
  93   return( 0 );
  94 }
  95
  96 // eof - $RCSfile$