lib/fpa/Base/SkeletonReader.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __fpa__Base__SkeletonReader__hxx__
   7 #define __fpa__Base__SkeletonReader__hxx__
   8
   9 // -------------------------------------------------------------------------
  10 template< class _TSkeleton >
  11 _TSkeleton* fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  12 GetOutput( )
  13 {
  14   return(
  15     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  16     );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 template< class _TSkeleton >
  21 _TSkeleton* fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  22 GetOutput( unsigned int i )
  23 {
  24   return(
  25     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >(
  26       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  27       )
  28     );
  29 }
  30
  31 // -------------------------------------------------------------------------
  32 template< class _TSkeleton >
  33 void fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  34 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  35 {
  36   this->GraftNthOutput( 0, out );
  37 }
  38
  39 // -------------------------------------------------------------------------
  40 template< class _TSkeleton >
  41 void fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  42 GraftOutput(
  43   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  44   itk::DataObject* out
  45   )
  46 {
  47   if( out == NULL )
  48   {
  49     itkExceptionMacro(
  50       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  51       );
  52
  53   } // fi
  54   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  55   output->Graft( out );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< class _TSkeleton >
  60 void fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  61 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  62 {
  63   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  64   {
  65     itkExceptionMacro(
  66       << "Requested to graft output " << i
  67       << " but this filter only has "
  68       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  69       << " indexed Outputs."
  70       );
  71
  72   } // fi
  73   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  74 }
  75
  76 // -------------------------------------------------------------------------
  77 template< class _TSkeleton >
  78 itk::DataObject::Pointer
  79 fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  80 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  81 {
  82   return( TSkeleton::New( ).GetPointer( ) );
  83 }
  84
  85 // -------------------------------------------------------------------------
  86 template< class _TSkeleton >
  87 fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  88 SkeletonReader( )
  89   : Superclass( )
  90 {
  91   typename TSkeleton::Pointer out =
  92     static_cast< TSkeleton* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  93   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  94   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  95   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  96 }
  97
  98 // -------------------------------------------------------------------------
  99 template< class _TSkeleton >
 100 fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 101 ~SkeletonReader( )
 102 {
 103 }
 104
 105 // -------------------------------------------------------------------------
 106 template< class _TSkeleton >
 107 void fpa::Base::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 108 GenerateData( )
 109 {
 110   typedef typename TSkeleton::TPath         _TPath;
 111   typedef typename _TPath::TSpacing         _TSpacing;
 112   typedef typename _TPath::TPoint           _TPoint;
 113   typedef typename _TPath::TDirection       _TDirection;
 114   typedef typename _TPath::TContinuousIndex _TContinuousIndex;
 115
 116   std::string buffer;
 117   /* TODO
 118      if( !( fpa::Read( buffer, this->m_FileName ) ) )
 119      {
 120      itkExceptionMacro(
 121      << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 122      );
 123      return;
 124      } // fi
 125   */
 126
 127   std::istringstream in( buffer );
 128   unsigned int dim;
 129   in >> dim;
 130   if( dim != TSkeleton::Dimension )
 131   {
 132     itkExceptionMacro(
 133       << "Mismatched skeletons dimension: " << dim
 134       << " != " << TSkeleton::Dimension
 135       );
 136     return;
 137
 138   } // fi
 139
 140   TSkeleton* out = this->GetOutput( );
 141   unsigned long size;
 142   in >> size;
 143   while( size > 0 )
 144   {
 145     _TSpacing spa;
 146     _TPoint ori;
 147     _TDirection dir;
 148     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 149       in >> spa[ d ];
 150     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 151       in >> ori[ d ];
 152     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 153       for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 154         in >> dir[ d ][ e ];
 155
 156     typename _TPath::Pointer path = _TPath::New( );
 157     path->SetSpacing( spa );
 158     path->SetOrigin( ori );
 159     path->SetDirection( dir );
 160     for( unsigned long s = 0; s < size; ++s )
 161     {
 162       _TContinuousIndex idx;
 163       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 164         in >> idx[ d ];
 165       path->AddVertex( idx );
 166
 167     } // rof
 168     out->AddBranch( path );
 169     in >> size;
 170
 171   } // elihw
 172 }
 173
 174 #endif // __fpa__Base__SkeletonReader__hxx__
 175
 176 // eof - $RCSfile$