lib/fpa/Base/SkeletonWriter.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
   7 #define __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
   8
   9 #include <fstream>
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 template< class _TSkeleton >
  13 const _TSkeleton* fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  14 GetInput( ) const
  15 {
  16   return(
  17     dynamic_cast< const TSkeleton* >(
  18       this->itk::ProcessObject::GetInput( 0 )
  19       )
  20     );
  21 }
  22
  23 // -------------------------------------------------------------------------
  24 template< class _TSkeleton >
  25 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  26 SetInput( const _TSkeleton* skeleton )
  27 {
  28   this->itk::ProcessObject::SetNthInput(
  29     0, const_cast< TSkeleton* >( skeleton )
  30     );
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 template< class _TSkeleton >
  35 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  36 Update( )
  37 {
  38   TSkeleton* input = const_cast< TSkeleton* >( this->GetInput( ) );
  39   if( input != NULL )
  40   {
  41     input->UpdateOutputInformation( );
  42     input->UpdateOutputData( );
  43     this->GenerateData( );
  44     this->ReleaseInputs( );
  45
  46   } // fi
  47 }
  48
  49 // -------------------------------------------------------------------------
  50 template< class _TSkeleton >
  51 fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  52 SkeletonWriter( )
  53   : Superclass( ),
  54     m_FileName( "" )
  55 {
  56   this->SetNumberOfRequiredInputs( 1 );
  57 }
  58
  59 // -------------------------------------------------------------------------
  60 template< class _TSkeleton >
  61 fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  62 ~SkeletonWriter( )
  63 {
  64 }
  65
  66 // -------------------------------------------------------------------------
  67 template< class _TSkeleton >
  68 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  69 GenerateData( )
  70 {
  71   const TSkeleton* sk = this->GetInput( );
  72   typename TMatrix::const_iterator mIt = sk->BeginEdgesRows( );
  73   typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
  74   typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
  75   const TPath* path = *eIt;
  76
  77   // Write base information
  78   std::stringstream out1, out2;
  79   out1 << TSkeleton::Dimension << std::endl;
  80   typename TPath::TSpacing spa = path->GetSpacing( );
  81   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  82     out1 << spa[ d ] << " ";
  83   out1 << std::endl;
  84   typename TPath::TDirection dir = path->GetDirection( );
  85   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  86     for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
  87       out1 << dir[ d ][ e ] << " ";
  88   out1 << std::endl;
  89   typename TPath::TPoint ori = path->GetOrigin( );
  90   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  91     out1 << ori[ d ] << " ";
  92   out1 << std::endl;
  93
  94   // End points
  95   std::vector< TVertex > end_points = sk->GetEndPoints( );
  96   out1 << end_points.size( ) << std::endl;
  97   typename std::vector< TVertex >::const_iterator epIt = end_points.begin( );
  98   for( ; epIt != end_points.end( ); ++epIt )
  99   {
 100     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 101       out1 << ( *epIt )[ d ] << " ";
 102     out1 << std::endl;
 103
 104   } // rof
 105
 106   // Bifurcations
 107   std::vector< TVertex > bifurcations = sk->GetBifurcations( );
 108   out1 << bifurcations.size( ) << std::endl;
 109   typename std::vector< TVertex >::const_iterator bIt = bifurcations.begin( );
 110   for( ; bIt != bifurcations.end( ); ++bIt )
 111   {
 112     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 113       out1 << ( *bIt )[ d ] << " ";
 114     out1 << std::endl;
 115
 116   } // rof
 117
 118   // Write paths
 119   unsigned long pathCount = 0;
 120   mIt = sk->BeginEdgesRows( );
 121   for( ; mIt != sk->EndEdgesRows( ); ++mIt )
 122   {
 123     typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
 124     for( ; rIt != mIt->second.end( ); ++rIt )
 125     {
 126       typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
 127       for( ; eIt != rIt->second.end( ); ++eIt )
 128       {
 129         TPath* path = *eIt;
 130         pathCount++;
 131         unsigned int size = path->GetSize( );
 132         out2 << size << std::endl;
 133         for( unsigned int i = 0; i < path->GetSize( ); ++i )
 134         {
 135           TVertex v = path->GetVertex( i );
 136           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 137             out2 << v[ d ] << " ";
 138
 139         } // rof
 140         out2 << std::endl;
 141
 142       } // rof
 143
 144     } // rof
 145
 146   } // rof
 147   out1 << pathCount << std::endl << out2.str( );
 148
 149   // Real write
 150   std::ofstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ), std::ofstream::binary );
 151   if( !file_stream )
 152     itkExceptionMacro(
 153       << "Unable to write skeleton to \""
 154       << this->m_FileName
 155       << "\""
 156       );
 157   file_stream.write( out1.str( ).c_str( ), out1.str( ).size( ) );
 158 }
 159
 160 #endif // __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
 161
 162 // eof - $RCSfile$