lib/fpa/Base/SkeletonWriter.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
   7 #define __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
   8
   9 #include <fstream>
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 template< class _TSkeleton >
  13 const _TSkeleton* fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  14 GetInput( ) const
  15 {
  16   return(
  17     dynamic_cast< const TSkeleton* >(
  18       this->itk::ProcessObject::GetInput( 0 )
  19       )
  20     );
  21 }
  22
  23 // -------------------------------------------------------------------------
  24 template< class _TSkeleton >
  25 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  26 SetInput( const _TSkeleton* skeleton )
  27 {
  28   this->itk::ProcessObject::SetNthInput(
  29     0, const_cast< TSkeleton* >( skeleton )
  30     );
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 template< class _TSkeleton >
  35 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  36 Update( )
  37 {
  38   TSkeleton* input = const_cast< TSkeleton* >( this->GetInput( ) );
  39   if( input != NULL )
  40   {
  41     input->UpdateOutputInformation( );
  42     input->UpdateOutputData( );
  43     this->GenerateData( );
  44     this->ReleaseInputs( );
  45
  46   } // fi
  47 }
  48
  49 // -------------------------------------------------------------------------
  50 template< class _TSkeleton >
  51 fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  52 SkeletonWriter( )
  53   : Superclass( ),
  54     m_FileName( "" )
  55 {
  56   this->SetNumberOfRequiredInputs( 1 );
  57 }
  58
  59 // -------------------------------------------------------------------------
  60 template< class _TSkeleton >
  61 fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  62 ~SkeletonWriter( )
  63 {
  64 }
  65
  66 // -------------------------------------------------------------------------
  67 template< class _TSkeleton >
  68 void fpa::Base::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  69 GenerateData( )
  70 {
  71   const TSkeleton* sk = this->GetInput( );
  72   auto mIt = sk->BeginEdgesRows( );
  73   auto rIt = mIt->second.begin( );
  74   auto eIt = rIt->second.begin( );
  75   auto path = *eIt;
  76
  77   // Write base information
  78   std::stringstream out1, out2;
  79   out1 << TSkeleton::Dimension << std::endl;
  80   auto spa = path->GetSpacing( );
  81   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  82     out1 << spa[ d ] << " ";
  83   out1 << std::endl;
  84   auto dir = path->GetDirection( );
  85   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  86     for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
  87       out1 << dir[ d ][ e ] << " ";
  88   out1 << std::endl;
  89   auto ori = path->GetOrigin( );
  90   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  91     out1 << ori[ d ] << " ";
  92   out1 << std::endl;
  93
  94   // End points
  95   auto end_points = sk->GetEndPoints( );
  96   out1 << end_points.size( ) << std::endl;
  97   for( auto point : end_points )
  98   {
  99     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 100       out1 << point[ d ] << " ";
 101     out1 << std::endl;
 102
 103   } // rof
 104
 105   // Bifurcations
 106   auto bifurcations = sk->GetBifurcations( );
 107   out1 << bifurcations.size( ) << std::endl;
 108   for( auto point : bifurcations )
 109   {
 110     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 111       out1 << point[ d ] << " ";
 112     out1 << std::endl;
 113
 114   } // rof
 115
 116   // Write paths
 117   unsigned long pathCount = 0;
 118   mIt = sk->BeginEdgesRows( );
 119   for( ; mIt != sk->EndEdgesRows( ); ++mIt )
 120   {
 121     auto rIt = mIt->second.begin( );
 122     for( ; rIt != mIt->second.end( ); ++rIt )
 123     {
 124       auto eIt = rIt->second.begin( );
 125       for( ; eIt != rIt->second.end( ); ++eIt )
 126       {
 127         auto path = *eIt;
 128         pathCount++;
 129         unsigned int size = path->GetSize( );
 130         out2 << size << std::endl;
 131         for( unsigned int i = 0; i < path->GetSize( ); ++i )
 132         {
 133           auto v = path->GetVertex( i );
 134           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 135             out2 << v[ d ] << " ";
 136
 137         } // rof
 138         out2 << std::endl;
 139
 140       } // rof
 141
 142     } // rof
 143
 144   } // rof
 145   out1 << pathCount << std::endl << out2.str( );
 146
 147   // Real write
 148   std::ofstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ), std::ofstream::binary );
 149   if( !file_stream )
 150     itkExceptionMacro(
 151       << "Unable to write skeleton to \""
 152       << this->m_FileName
 153       << "\""
 154       );
 155   file_stream.write( out1.str( ).c_str( ), out1.str( ).size( ) );
 156 }
 157
 158 #endif // __fpa__Base__SkeletonWriter__hxx__
 159
 160 // eof - $RCSfile$