lib/fpa/Common/Image/PathReader.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Common__Image__PathReader__hxx__
   6 #define __fpa__Common__Image__PathReader__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TPath >
  10 _TPath* fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  11 GetOutput( )
  12 {
  13   return(
  14     itkDynamicCastInDebugMode< TPath* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  15     );
  16 }
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 template< class _TPath >
  20 _TPath* fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  21 GetOutput( unsigned int i )
  22 {
  23   return(
  24     itkDynamicCastInDebugMode< TPath* >(
  25       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  26       )
  27     );
  28 }
  29
  30 // -------------------------------------------------------------------------
  31 template< class _TPath >
  32 void fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  33 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  34 {
  35   this->GraftNthOutput( 0, out );
  36 }
  37
  38 // -------------------------------------------------------------------------
  39 template< class _TPath >
  40 void fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  41 GraftOutput(
  42   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  43   itk::DataObject* out
  44   )
  45 {
  46   if( out == NULL )
  47   {
  48     itkExceptionMacro(
  49       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  50       );
  51
  52   } // fi
  53   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  54   output->Graft( out );
  55 }
  56
  57 // -------------------------------------------------------------------------
  58 template< class _TPath >
  59 void fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  60 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  61 {
  62   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  63   {
  64     itkExceptionMacro(
  65       << "Requested to graft output " << i
  66       << " but this filter only has "
  67       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  68       << " indexed Outputs."
  69       );
  70
  71   } // fi
  72   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 template< class _TPath >
  77 itk::DataObject::Pointer fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  78 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  79 {
  80   return( TPath::New( ).GetPointer( ) );
  81 }
  82
  83 // -------------------------------------------------------------------------
  84 template< class _TPath >
  85 fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  86 PathReader( )
  87   : Superclass( )
  88 {
  89   typename TPath::Pointer out =
  90     static_cast< TPath* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  91   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  92   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  93   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  94 }
  95
  96 // -------------------------------------------------------------------------
  97 template< class _TPath >
  98 fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
  99 ~PathReader( )
 100 {
 101 }
 102
 103 // -------------------------------------------------------------------------
 104 template< class _TPath >
 105 void fpa::Common::Image::PathReader< _TPath >::
 106 GenerateData( )
 107 {
 108   std::string buffer;
 109   std::ifstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ) );
 110   if( !file_stream )
 111   {
 112     itkExceptionMacro(
 113       << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 114       );
 115     return;
 116
 117   } // fi
 118   file_stream.seekg( 0, std::ios::end );
 119   buffer.reserve( ( unsigned int )( file_stream.tellg( ) ) );
 120   file_stream.seekg( 0, std::ios::beg );
 121   buffer.assign(
 122     ( std::istreambuf_iterator< char >( file_stream ) ),
 123     std::istreambuf_iterator< char >( )
 124     );
 125   file_stream.close( );
 126
 127   std::istringstream in( buffer );
 128   unsigned int dim;
 129   in >> dim;
 130   if( dim != TPath::Dimension )
 131   {
 132     itkExceptionMacro(
 133       << "Mismatched path dimension: " << dim
 134       << " != " << TPath::Dimension
 135       );
 136     return;
 137
 138   } // fi
 139
 140   // Read spatial parameters
 141   typename TPath::TSpacing spa;
 142   typename TPath::TDirection dir;
 143   typename TPath::TPoint ori;
 144   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 145     in >> spa[ d ];
 146   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 147     for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 148       in >> dir[ d ][ e ];
 149   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 150     in >> ori[ d ];
 151
 152   // Read path
 153   TPath* path = this->GetOutput( );
 154   path->SetSpacing( spa );
 155   path->SetOrigin( ori );
 156   path->SetDirection( dir );
 157
 158   unsigned long pathSize;
 159   in >> pathSize;
 160   for( unsigned long id = 0; id < pathSize; ++id )
 161   {
 162     typename TPath::TIndex idx;
 163     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 164       in >> idx[ d ];
 165     path->AddVertex( idx );
 166
 167   } // rof
 168 }
 169
 170 #endif // __fpa__Common__Image__PathReader__hxx__
 171
 172 // eof - $RCSfile$