lib/fpa/Common/Image/SkeletonReader.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Common__Image__SkeletonReader__hxx__
   6 #define __fpa__Common__Image__SkeletonReader__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TSkeleton >
  10 _TSkeleton* fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  11 GetOutput( )
  12 {
  13   return(
  14     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  15     );
  16 }
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 template< class _TSkeleton >
  20 _TSkeleton* fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  21 GetOutput( unsigned int i )
  22 {
  23   return(
  24     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >(
  25       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  26       )
  27     );
  28 }
  29
  30 // -------------------------------------------------------------------------
  31 template< class _TSkeleton >
  32 void fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  33 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  34 {
  35   this->GraftNthOutput( 0, out );
  36 }
  37
  38 // -------------------------------------------------------------------------
  39 template< class _TSkeleton >
  40 void fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  41 GraftOutput(
  42   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  43   itk::DataObject* out
  44   )
  45 {
  46   if( out == NULL )
  47   {
  48     itkExceptionMacro(
  49       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  50       );
  51
  52   } // fi
  53   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  54   output->Graft( out );
  55 }
  56
  57 // -------------------------------------------------------------------------
  58 template< class _TSkeleton >
  59 void fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  60 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  61 {
  62   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  63   {
  64     itkExceptionMacro(
  65       << "Requested to graft output " << i
  66       << " but this filter only has "
  67       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  68       << " indexed Outputs."
  69       );
  70
  71   } // fi
  72   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 template< class _TSkeleton >
  77 itk::DataObject::Pointer
  78 fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  79 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  80 {
  81   return( TSkeleton::New( ).GetPointer( ) );
  82 }
  83
  84 // -------------------------------------------------------------------------
  85 template< class _TSkeleton >
  86 fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  87 SkeletonReader( )
  88   : Superclass( )
  89 {
  90   typename TSkeleton::Pointer out =
  91     static_cast< TSkeleton* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  92   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  93   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  94   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  95 }
  96
  97 // -------------------------------------------------------------------------
  98 template< class _TSkeleton >
  99 fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 100 ~SkeletonReader( )
 101 {
 102 }
 103
 104 // -------------------------------------------------------------------------
 105 template< class _TSkeleton >
 106 void fpa::Common::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 107 GenerateData( )
 108 {
 109   typedef typename TSkeleton::TPath   _TPath;
 110   typedef typename _TPath::TIndex     _TIndex;
 111   typedef typename _TPath::TSpacing   _TSpacing;
 112   typedef typename _TPath::TPoint     _TPoint;
 113   typedef typename _TPath::TDirection _TDirection;
 114
 115   std::string buffer;
 116   std::ifstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ) );
 117   if( !file_stream )
 118   {
 119     itkExceptionMacro(
 120       << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 121       );
 122     return;
 123
 124   } // fi
 125   file_stream.seekg( 0, std::ios::end );
 126   buffer.reserve( ( unsigned int )( file_stream.tellg( ) ) );
 127   file_stream.seekg( 0, std::ios::beg );
 128   buffer.assign(
 129     ( std::istreambuf_iterator< char >( file_stream ) ),
 130     std::istreambuf_iterator< char >( )
 131     );
 132   file_stream.close( );
 133
 134   std::istringstream in( buffer );
 135   unsigned int dim;
 136   in >> dim;
 137   if( dim != TSkeleton::Dimension )
 138   {
 139     itkExceptionMacro(
 140       << "Mismatched skeletons dimension: " << dim
 141       << " != " << TSkeleton::Dimension
 142       );
 143     return;
 144
 145   } // fi
 146
 147   // Read spatial parameters
 148   _TSpacing spa;
 149   _TDirection dir;
 150   _TPoint ori;
 151   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 152     in >> spa[ d ];
 153   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 154     for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 155       in >> dir[ d ][ e ];
 156   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 157     in >> ori[ d ];
 158
 159   // Read end-points, just to ignore
 160   unsigned int n;
 161   in >> n;
 162   for( unsigned int i = 0; i < n; ++i )
 163   {
 164     _TIndex idx;
 165     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 166       in >> idx[ d ];
 167
 168   } // rof
 169
 170   // Read bifurcations, just to ignore
 171   in >> n;
 172   for( unsigned int i = 0; i < n; ++i )
 173   {
 174     _TIndex idx;
 175     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 176       in >> idx[ d ];
 177
 178   } // rof
 179
 180   // Read paths
 181   TSkeleton* out = this->GetOutput( );
 182   unsigned int nPaths;
 183   in >> nPaths;
 184   for( unsigned int p = 0; p < nPaths; ++p )
 185   {
 186     typename _TPath::Pointer path = _TPath::New( );
 187     path->SetSpacing( spa );
 188     path->SetOrigin( ori );
 189     path->SetDirection( dir );
 190
 191     unsigned long pathSize;
 192     in >> pathSize;
 193     for( unsigned long id = 0; id < pathSize; ++id )
 194     {
 195       _TIndex idx;
 196       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 197         in >> idx[ d ];
 198       path->AddVertex( idx );
 199
 200     } // rof
 201     out->AddBranch( path );
 202
 203   } // rof
 204 }
 205
 206 #endif // __fpa__Common__Image__SkeletonReader__hxx__
 207
 208 // eof - $RCSfile$