lib/fpa/Common/Image/SkeletonWriter.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Common__Image__SkeletonWriter__hxx__
   6 #define __fpa__Common__Image__SkeletonWriter__hxx__
   7
   8 #include <fstream>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TSkeleton >
  12 const _TSkeleton* fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  13 GetInput( ) const
  14 {
  15   return(
  16     dynamic_cast< const TSkeleton* >(
  17       this->itk::ProcessObject::GetInput( 0 )
  18       )
  19     );
  20 }
  21
  22 // -------------------------------------------------------------------------
  23 template< class _TSkeleton >
  24 void fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  25 SetInput( const _TSkeleton* skeleton )
  26 {
  27   this->itk::ProcessObject::SetNthInput(
  28     0, const_cast< TSkeleton* >( skeleton )
  29     );
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 template< class _TSkeleton >
  34 void fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  35 Update( )
  36 {
  37   TSkeleton* input = const_cast< TSkeleton* >( this->GetInput( ) );
  38   if( input != NULL )
  39   {
  40     input->UpdateOutputInformation( );
  41     input->UpdateOutputData( );
  42     this->GenerateData( );
  43     this->ReleaseInputs( );
  44
  45   } // fi
  46 }
  47
  48 // -------------------------------------------------------------------------
  49 template< class _TSkeleton >
  50 fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  51 SkeletonWriter( )
  52   : Superclass( ),
  53     m_FileName( "" )
  54 {
  55   this->SetNumberOfRequiredInputs( 1 );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< class _TSkeleton >
  60 fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  61 ~SkeletonWriter( )
  62 {
  63 }
  64
  65 // -------------------------------------------------------------------------
  66 template< class _TSkeleton >
  67 void fpa::Common::Image::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  68 GenerateData( )
  69 {
  70   const TSkeleton* sk = this->GetInput( );
  71   typename TMatrix::const_iterator mIt = sk->BeginEdgesRows( );
  72   typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
  73   typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
  74   const TPath* path = *eIt;
  75
  76   // Write base information
  77   std::stringstream out1, out2;
  78   out1 << TSkeleton::Dimension << std::endl;
  79   typename TPath::TSpacing spa = path->GetSpacing( );
  80   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  81     out1 << spa[ d ] << " ";
  82   out1 << std::endl;
  83   typename TPath::TDirection dir = path->GetDirection( );
  84   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  85     for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
  86       out1 << dir[ d ][ e ] << " ";
  87   out1 << std::endl;
  88   typename TPath::TPoint ori = path->GetOrigin( );
  89   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  90     out1 << ori[ d ] << " ";
  91   out1 << std::endl;
  92
  93   // End points
  94   std::vector< TVertex > end_points = sk->GetEndPoints( );
  95   out1 << end_points.size( ) << std::endl;
  96   typename std::vector< TVertex >::const_iterator epIt = end_points.begin( );
  97   for( ; epIt != end_points.end( ); ++epIt )
  98   {
  99     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 100       out1 << ( *epIt )[ d ] << " ";
 101     out1 << std::endl;
 102
 103   } // rof
 104
 105   // Bifurcations
 106   std::vector< TVertex > bifurcations = sk->GetBifurcations( );
 107   out1 << bifurcations.size( ) << std::endl;
 108   typename std::vector< TVertex >::const_iterator bIt = bifurcations.begin( );
 109   for( ; bIt != bifurcations.end( ); ++bIt )
 110   {
 111     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 112       out1 << ( *bIt )[ d ] << " ";
 113     out1 << std::endl;
 114
 115   } // rof
 116
 117   // Write paths
 118   unsigned long pathCount = 0;
 119   mIt = sk->BeginEdgesRows( );
 120   for( ; mIt != sk->EndEdgesRows( ); ++mIt )
 121   {
 122     typename TMatrixRow::const_iterator rIt = mIt->second.begin( );
 123     for( ; rIt != mIt->second.end( ); ++rIt )
 124     {
 125       typename TEdges::const_iterator eIt = rIt->second.begin( );
 126       for( ; eIt != rIt->second.end( ); ++eIt )
 127       {
 128         TPath* path = *eIt;
 129         pathCount++;
 130         unsigned int size = path->GetSize( );
 131         out2 << size << std::endl;
 132         for( unsigned int i = 0; i < path->GetSize( ); ++i )
 133         {
 134           TVertex v = path->GetVertex( i );
 135           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 136             out2 << v[ d ] << " ";
 137
 138         } // rof
 139         out2 << std::endl;
 140
 141       } // rof
 142
 143     } // rof
 144
 145   } // rof
 146   out1 << pathCount << std::endl << out2.str( );
 147
 148   // Real write
 149   std::ofstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ), std::ofstream::binary );
 150   if( !file_stream )
 151     itkExceptionMacro(
 152       << "Unable to write skeleton to \""
 153       << this->m_FileName
 154       << "\""
 155       );
 156   file_stream.write( out1.str( ).c_str( ), out1.str( ).size( ) );
 157 }
 158
 159 #endif // __fpa__Common__Image__SkeletonWriter__hxx__
 160
 161 // eof - $RCSfile$