lib/fpa/Filters/Mori.hxx

   1 // =========================================================================
   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Filters__Mori__hxx__
   6 #define __fpa__Filters__Mori__hxx__
   7
   8 #include <limits>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TDataInterface >
  12 typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  13 TOutputValue fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  14 GetOutsideValue( ) const
  15 {
  16   return( this->GetInitValue( ) );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 template< class _TDataInterface >
  21 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  22 SetOutsideValue( const TOutputValue& v )
  23 {
  24   this->SetInitValue( v );
  25 }
  26
  27 // -------------------------------------------------------------------------
  28 template< class _TDataInterface >
  29 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  30 GetSignalKernelSize( ) const
  31 {
  32   return( this->m_PeakDetector.GetKernelSize( ) );
  33 }
  34
  35 // -------------------------------------------------------------------------
  36 template< class _TDataInterface >
  37 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  38 SetSignalKernelSize( unsigned long k )
  39 {
  40   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( k );
  41   this->Modified( );
  42 }
  43
  44 // -------------------------------------------------------------------------
  45 template< class _TDataInterface >
  46 double fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  47 GetSignalThreshold( ) const
  48 {
  49   return( this->m_PeakDetector.GetThreshold( ) );
  50 }
  51
  52 // -------------------------------------------------------------------------
  53 template< class _TDataInterface >
  54 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  55 SetSignalThreshold( double t )
  56 {
  57   this->m_PeakDetector.SetThreshold( t );
  58   this->Modified( );
  59 }
  60
  61 // -------------------------------------------------------------------------
  62 template< class _TDataInterface >
  63 double fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  64 GetSignalInfluence( ) const
  65 {
  66   return( this->m_PeakDetector.GetInfluence( ) );
  67 }
  68
  69 // -------------------------------------------------------------------------
  70 template< class _TDataInterface >
  71 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  72 SetSignalInfluence( double i )
  73 {
  74   this->m_PeakDetector.SetInfluence( i );
  75   this->Modified( );
  76 }
  77
  78 // -------------------------------------------------------------------------
  79 template< class _TDataInterface >
  80 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  81 ClearThresholds( )
  82 {
  83   this->m_Thresholds.clear( );
  84   this->Modified( );
  85 }
  86
  87 // -------------------------------------------------------------------------
  88 template< class _TDataInterface >
  89 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  90 AddThreshold( const TInputValue& thr )
  91 {
  92   if( this->m_Thresholds.insert( thr ).second )
  93     this->Modified( );
  94 }
  95
  96 // -------------------------------------------------------------------------
  97 template< class _TDataInterface >
  98 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
  99 SetThresholds(
 100   const TInputValue& lower,
 101   const TInputValue& upper,
 102   const TInputValue& delta
 103   )
 104 {
 105   for( TInputValue t = lower; t <= upper; t += delta )
 106     this->AddThreshold( t );
 107 }
 108
 109 // -------------------------------------------------------------------------
 110 template< class _TDataInterface >
 111 const typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 112 TThresholds& fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 113 GetThresholds( ) const
 114 {
 115   return( this->m_Thresholds );
 116 }
 117
 118 // -------------------------------------------------------------------------
 119 template< class _TDataInterface >
 120 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 121 GetNumberOfEvaluatedThresholds( ) const
 122 {
 123   return( this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) );
 124 }
 125
 126 // -------------------------------------------------------------------------
 127 template< class _TDataInterface >
 128 typename fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 129 TInputValue fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 130 GetOptimumThreshold( ) const
 131 {
 132   TInputValue thr = TInputValue( 0 );
 133   unsigned long n = this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( );
 134   if( n > 1 )
 135     thr = TInputValue( this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ n - 2 ] );
 136   return( thr );
 137 }
 138
 139 // -------------------------------------------------------------------------
 140 template< class _TDataInterface >
 141 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 142 GetSignalValues( unsigned long i, double& x, double& y, TPeak& p ) const
 143 {
 144   if( i < this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) )
 145   {
 146     x = this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ i ];
 147     y = this->m_PeakDetector.GetYValues( )[ i ];
 148     p = this->m_PeakDetector.GetPeaks( )[ i ];
 149
 150   } // fi
 151 }
 152
 153 // -------------------------------------------------------------------------
 154 template< class _TDataInterface >
 155 fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 156 Mori( )
 157   : Superclass( true )
 158 {
 159   this->SetOutsideValue( TOutputValue( 0 ) );
 160   this->m_InsideValue = std::numeric_limits< TOutputValue >::max( );
 161   this->m_Predicate = TPredicate::New( );
 162   this->m_Predicate->StrictOff( );
 163   if( std::numeric_limits< TInputValue >::is_integer )
 164     this->m_MinimumThreshold = std::numeric_limits< TInputValue >::min( );
 165   else
 166     this->m_MinimumThreshold = -std::numeric_limits< TInputValue >::max( );
 167   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( 20 );
 168   this->m_PeakDetector.SetThreshold( 500 );
 169   this->m_PeakDetector.SetInfluence( 0.5 );
 170 }
 171
 172 // -------------------------------------------------------------------------
 173 template< class _TDataInterface >
 174 fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 175 ~Mori( )
 176 {
 177 }
 178
 179 // -------------------------------------------------------------------------
 180 template< class _TDataInterface >
 181 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 182 _BeforeGenerateData( )
 183 {
 184   this->Superclass::_BeforeGenerateData( );
 185
 186   // Prepare queues
 187   this->_QueueClear( );
 188
 189   // Prepare iteration over all thresholds
 190   this->m_CurrThr = this->m_Thresholds.begin( );
 191   this->m_Predicate->SetLowerThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 192   this->m_CurrThr++;
 193   this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 194
 195   // Prepare counting signal
 196   this->m_CurrCount = double( 0 );
 197   this->m_PeakDetector.Clear( );
 198 }
 199
 200 // -------------------------------------------------------------------------
 201 template< class _TDataInterface >
 202 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 203 _PostComputeOutputValue( TNode& n )
 204 {
 205   TInputValue value = this->_GetInputValue( n.Vertex );
 206   bool inside = this->m_Predicate->Evaluate( value );
 207   if( !inside )
 208   {
 209     n.Value = this->m_InitValue;
 210     n.FrontId++;
 211     this->_QueueSwap( );
 212     this->_QueuePush( n );
 213     this->_QueueSwap( );
 214     n.FrontId = 0;
 215   }
 216   else
 217   {
 218     n.Value = this->m_InsideValue;
 219     this->m_CurrCount += double( 1 );
 220
 221   } // fi
 222 }
 223
 224 // -------------------------------------------------------------------------
 225 template< class _TDataInterface >
 226 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 227 _PreComputeOutputValue( TNode& n )
 228 {
 229   // Nothing to do with this algorithm
 230 }
 231
 232 // -------------------------------------------------------------------------
 233 template< class _TDataInterface >
 234 void fpa::Filters::Mori< _TDataInterface >::
 235 _Reinitialize( )
 236 {
 237   if( this->_QueueSize( ) == 0 )
 238   {
 239     // Update peak detector
 240     TPeak p = this->m_PeakDetector.AddValue(
 241       *this->m_CurrThr, this->m_CurrCount
 242       );
 243     this->m_CurrThr++;
 244     this->_QueueSwap( );
 245     if( this->m_CurrThr != this->m_Thresholds.end( ) )
 246     {
 247       // Update predicate and counting value
 248       this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 249       this->m_CurrCount = double( 0 );
 250
 251       // Peak detected? -> stop!
 252       if(
 253         p == TPeakDetector::PosPeak &&
 254         this->m_MinimumThreshold < *( this->m_CurrThr )
 255         )
 256         this->_QueueClear( );
 257     }
 258     else
 259       this->_QueueClear( );
 260
 261   } // fi
 262 }
 263
 264 #endif // __fpa__Filters__Mori__hxx__
 265 // eof - $RCSfile$