lib/fpa/Filters/Mori.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5 #ifndef __fpa__Filters__Mori__hxx__
   6 #define __fpa__Filters__Mori__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TTraits >
  10 typename fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  11 TOutputValue fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  12 GetOutsideValue( ) const
  13 {
  14   return( this->GetInitValue( ) );
  15 }
  16
  17 // -------------------------------------------------------------------------
  18 template< class _TTraits >
  19 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  20 SetOutsideValue( const TOutputValue& v )
  21 {
  22   this->SetInitValue( v );
  23 }
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 template< class _TTraits >
  27 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  28 GetSignalKernelSize( ) const
  29 {
  30   return( this->m_PeakDetector.GetKernelSize( ) );
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 template< class _TTraits >
  35 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  36 SetSignalKernelSize( unsigned long k )
  37 {
  38   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( k );
  39   this->Modified( );
  40 }
  41
  42 // -------------------------------------------------------------------------
  43 template< class _TTraits >
  44 double fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  45 GetSignalThreshold( ) const
  46 {
  47   return( this->m_PeakDetector.GetThreshold( ) );
  48 }
  49
  50 // -------------------------------------------------------------------------
  51 template< class _TTraits >
  52 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  53 SetSignalThreshold( double t )
  54 {
  55   this->m_PeakDetector.SetThreshold( t );
  56   this->Modified( );
  57 }
  58
  59 // -------------------------------------------------------------------------
  60 template< class _TTraits >
  61 double fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  62 GetSignalInfluence( ) const
  63 {
  64   return( this->m_PeakDetector.GetInfluence( ) );
  65 }
  66
  67 // -------------------------------------------------------------------------
  68 template< class _TTraits >
  69 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  70 SetSignalInfluence( double i )
  71 {
  72   this->m_PeakDetector.SetInfluence( i );
  73   this->Modified( );
  74 }
  75
  76 // -------------------------------------------------------------------------
  77 template< class _TTraits >
  78 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  79 ClearThresholds( )
  80 {
  81   this->m_Thresholds.clear( );
  82   this->Modified( );
  83 }
  84
  85 // -------------------------------------------------------------------------
  86 template< class _TTraits >
  87 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  88 AddThreshold( const TInputValue& thr )
  89 {
  90   if( this->m_Thresholds.insert( thr ).second )
  91     this->Modified( );
  92 }
  93
  94 // -------------------------------------------------------------------------
  95 template< class _TTraits >
  96 const typename fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  97 TThresholds& fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
  98 GetThresholds( ) const
  99 {
 100   return( this->m_Thresholds );
 101 }
 102
 103 // -------------------------------------------------------------------------
 104 template< class _TTraits >
 105 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 106 GetNumberOfEvaluatedThresholds( ) const
 107 {
 108   return( this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) );
 109 }
 110
 111 // -------------------------------------------------------------------------
 112 template< class _TTraits >
 113 typename fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 114 TInputValue fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 115 GetOptimumThreshold( ) const
 116 {
 117   TInputValue thr = TInputValue( 0 );
 118   unsigned long n = this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( );
 119   if( n > 1 )
 120     thr = TInputValue( this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ n - 2 ] );
 121   return( thr );
 122 }
 123
 124 // -------------------------------------------------------------------------
 125 template< class _TTraits >
 126 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 127 GetSignalValues(
 128   unsigned long i, double& x, double& y, TPeak& p
 129   ) const
 130 {
 131   if( i < this->m_PeakDetector.GetNumberOfSamples( ) )
 132   {
 133     x = this->m_PeakDetector.GetXValues( )[ i ];
 134     y = this->m_PeakDetector.GetYValues( )[ i ];
 135     p = this->m_PeakDetector.GetPeaks( )[ i ];
 136
 137   } // fi
 138 }
 139
 140 // -------------------------------------------------------------------------
 141 template< class _TTraits >
 142 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 143 SetThresholds(
 144   const TInputValue& lower,
 145   const TInputValue& upper,
 146   const TInputValue& delta
 147   )
 148 {
 149   for( TInputValue t = lower; t <= upper; t += delta )
 150     this->AddThreshold( t );
 151 }
 152
 153 // -------------------------------------------------------------------------
 154 template< class _TTraits >
 155 fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 156 Mori( )
 157   : Superclass( ),
 158     m_InsideValue( TOutputValue( 1 ) )
 159 {
 160   this->SetOutsideValue( 0 );
 161   this->m_Predicate = TPredicate::New( );
 162   this->m_Predicate->StrictOff( );
 163   if( std::numeric_limits< TInputValue >::is_integer )
 164     this->m_MinimumThreshold = std::numeric_limits< TInputValue >::min( );
 165   else
 166     this->m_MinimumThreshold = -std::numeric_limits< TInputValue >::max( );
 167   this->m_PeakDetector.SetKernelSize( 20 );
 168   this->m_PeakDetector.SetThreshold( 500 );
 169   this->m_PeakDetector.SetInfluence( 0.5 );
 170 }
 171
 172 // -------------------------------------------------------------------------
 173 template< class _TTraits >
 174 fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 175 ~Mori( )
 176 {
 177 }
 178
 179 // -------------------------------------------------------------------------
 180 template< class _TTraits >
 181 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 182 _BeforeGenerateData( )
 183 {
 184   this->Superclass::_BeforeGenerateData( );
 185
 186   // Prepare queues
 187   this->_QueueClear( );
 188   this->m_CurrQueue = 0;
 189
 190   // Prepare iteration over all thresholds
 191   this->m_CurrThr = this->m_Thresholds.begin( );
 192   this->m_Predicate->SetLowerThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 193   this->m_CurrThr++;
 194   this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 195
 196   // Prepare counting signal
 197   this->m_CurrCount = double( 0 );
 198   this->m_PeakDetector.Clear( );
 199 }
 200
 201 // -------------------------------------------------------------------------
 202 template< class _TTraits >
 203 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 204 _Reinitialize( )
 205 {
 206   if( this->m_Queues[ this->m_CurrQueue ].size( ) == 0 )
 207   {
 208     // Update peak detector
 209     TPeak p = this->m_PeakDetector.AddValue(
 210       *this->m_CurrThr, this->m_CurrCount
 211       );
 212     this->m_CurrThr++;
 213     this->m_CurrQueue = ( this->m_CurrQueue + 1 ) % 2;
 214     if( this->m_CurrThr != this->m_Thresholds.end( ) )
 215     {
 216       // Update predicate and counting value
 217       this->m_Predicate->SetUpperThreshold( *( this->m_CurrThr ) );
 218       this->m_CurrCount = double( 0 );
 219
 220       // Peak detected? -> stop!
 221       if(
 222         p == TPeakDetector::PosPeak &&
 223         this->m_MinimumThreshold < *( this->m_CurrThr )
 224         )
 225         this->_QueueClear( );
 226     }
 227     else
 228       this->_QueueClear( );
 229
 230   } // fi
 231 }
 232
 233 // -------------------------------------------------------------------------
 234 template< class _TTraits >
 235 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 236 _UpdateOutputValue( TNode& n )
 237 {
 238   TInputValue value = this->_GetInputValue( n.Vertex );
 239   bool inside = this->m_Predicate->Evaluate( value );
 240   if( !inside )
 241   {
 242     n.Value = this->m_InitValue;
 243     n.FrontId++;
 244     this->m_Queues[ ( this->m_CurrQueue + 1 ) % 2 ].push_back( n );
 245     n.FrontId = 0;
 246   }
 247   else
 248   {
 249     n.Value = this->m_InsideValue;
 250     this->m_CurrCount += double( 1 );
 251
 252   } // fi
 253 }
 254
 255 // -------------------------------------------------------------------------
 256 template< class _TTraits >
 257 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 258 _QueueClear( )
 259 {
 260   this->m_Queues[ 0 ].clear( );
 261   this->m_Queues[ 1 ].clear( );
 262 }
 263
 264 // -------------------------------------------------------------------------
 265 template< class _TTraits >
 266 typename fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 267 TNode fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 268 _QueuePop( )
 269 {
 270   TNode n = this->m_Queues[ this->m_CurrQueue ].front( );
 271   this->m_Queues[ this->m_CurrQueue ].pop_front( );
 272   return( n );
 273 }
 274
 275 // -------------------------------------------------------------------------
 276 template< class _TTraits >
 277 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 278 _QueuePush( const TNode& n )
 279 {
 280   this->m_Queues[ this->m_CurrQueue ].push_back( n );
 281 }
 282
 283 // -------------------------------------------------------------------------
 284 template< class _TTraits >
 285 unsigned long fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 286 _QueueSize( ) const
 287 {
 288   return( this->m_Queues[ this->m_CurrQueue ].size( ) );
 289 }
 290 // -------------------------------------------------------------------------
 291 template< class _TTraits >
 292 void fpa::Filters::Mori< _TTraits >::
 293 _ComputeOutputValue( TNode& n )
 294 {
 295   // Do nothing
 296 }
 297
 298 #endif // __fpa__Filters__Mori__hxx__
 299 // eof - $RCSfile$