lib/fpa/Image/SkeletonReader.hxx

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   2 // @author Leonardo Florez Valencia
   3 // @email florez-l@javeriana.edu.co
   4 // =========================================================================
   5
   6 #ifndef __fpa__Image__SkeletonReader__hxx__
   7 #define __fpa__Image__SkeletonReader__hxx__
   8
   9 // -------------------------------------------------------------------------
  10 template< class _TSkeleton >
  11 _TSkeleton* fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  12 GetOutput( )
  13 {
  14   return(
  15     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  16     );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 template< class _TSkeleton >
  21 _TSkeleton* fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  22 GetOutput( unsigned int i )
  23 {
  24   return(
  25     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >(
  26       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  27       )
  28     );
  29 }
  30
  31 // -------------------------------------------------------------------------
  32 template< class _TSkeleton >
  33 void fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  34 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  35 {
  36   this->GraftNthOutput( 0, out );
  37 }
  38
  39 // -------------------------------------------------------------------------
  40 template< class _TSkeleton >
  41 void fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  42 GraftOutput(
  43   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  44   itk::DataObject* out
  45   )
  46 {
  47   if( out == NULL )
  48   {
  49     itkExceptionMacro(
  50       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  51       );
  52
  53   } // fi
  54   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  55   output->Graft( out );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< class _TSkeleton >
  60 void fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  61 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  62 {
  63   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  64   {
  65     itkExceptionMacro(
  66       << "Requested to graft output " << i
  67       << " but this filter only has "
  68       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  69       << " indexed Outputs."
  70       );
  71
  72   } // fi
  73   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  74 }
  75
  76 // -------------------------------------------------------------------------
  77 template< class _TSkeleton >
  78 itk::DataObject::Pointer
  79 fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  80 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  81 {
  82   return( TSkeleton::New( ).GetPointer( ) );
  83 }
  84
  85 // -------------------------------------------------------------------------
  86 template< class _TSkeleton >
  87 fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  88 SkeletonReader( )
  89   : Superclass( )
  90 {
  91   typename TSkeleton::Pointer out =
  92     static_cast< TSkeleton* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  93   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  94   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  95   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  96 }
  97
  98 // -------------------------------------------------------------------------
  99 template< class _TSkeleton >
 100 fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 101 ~SkeletonReader( )
 102 {
 103 }
 104
 105 // -------------------------------------------------------------------------
 106 template< class _TSkeleton >
 107 void fpa::Image::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 108 GenerateData( )
 109 {
 110   typedef typename TSkeleton::TPath   _TPath;
 111   typedef typename _TPath::TIndex     _TIndex;
 112   typedef typename _TPath::TSpacing   _TSpacing;
 113   typedef typename _TPath::TPoint     _TPoint;
 114   typedef typename _TPath::TDirection _TDirection;
 115
 116   std::string buffer;
 117   std::ifstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ) );
 118   if( !file_stream )
 119   {
 120     itkExceptionMacro(
 121       << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 122       );
 123     return;
 124
 125   } // fi
 126   file_stream.seekg( 0, std::ios::end );
 127   buffer.reserve( ( unsigned int )( file_stream.tellg( ) ) );
 128   file_stream.seekg( 0, std::ios::beg );
 129   buffer.assign(
 130     ( std::istreambuf_iterator< char >( file_stream ) ),
 131     std::istreambuf_iterator< char >( )
 132     );
 133   file_stream.close( );
 134
 135   std::istringstream in( buffer );
 136   unsigned int dim;
 137   in >> dim;
 138   if( dim != TSkeleton::Dimension )
 139   {
 140     itkExceptionMacro(
 141       << "Mismatched skeletons dimension: " << dim
 142       << " != " << TSkeleton::Dimension
 143       );
 144     return;
 145
 146   } // fi
 147
 148   // Read spatial parameters
 149   _TSpacing spa;
 150   _TDirection dir;
 151   _TPoint ori;
 152   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 153     in >> spa[ d ];
 154   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 155     for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 156       in >> dir[ d ][ e ];
 157   for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 158     in >> ori[ d ];
 159
 160   // Read end-points, just to ignore
 161   unsigned int n;
 162   in >> n;
 163   for( unsigned int i = 0; i < n; ++i )
 164   {
 165     _TIndex idx;
 166     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 167       in >> idx[ d ];
 168
 169   } // rof
 170
 171   // Read bifurcations, just to ignore
 172   in >> n;
 173   for( unsigned int i = 0; i < n; ++i )
 174   {
 175     _TIndex idx;
 176     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 177       in >> idx[ d ];
 178
 179   } // rof
 180
 181   // Read paths
 182   TSkeleton* out = this->GetOutput( );
 183   unsigned int nPaths;
 184   in >> nPaths;
 185   for( unsigned int p = 0; p < nPaths; ++p )
 186   {
 187     typename _TPath::Pointer path = _TPath::New( );
 188     path->SetSpacing( spa );
 189     path->SetOrigin( ori );
 190     path->SetDirection( dir );
 191
 192     unsigned long pathSize;
 193     in >> pathSize;
 194     for( unsigned long id = 0; id < pathSize; ++id )
 195     {
 196       _TIndex idx;
 197       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 198         in >> idx[ d ];
 199       path->AddVertex( idx );
 200
 201     } // rof
 202     out->AddBranch( path );
 203
 204   } // rof
 205 }
 206
 207 #endif // __fpa__Image__SkeletonReader__hxx__
 208
 209 // eof - $RCSfile$