plugins/RegionGrowFunctors/BinaryThreshold.cxx

   1 #include <RegionGrowFunctors/BinaryThreshold.h>
   2 #include <cpInstances/DataObjects/Image.h>
   3
   4 #include <fpa/Image/Functors/RegionGrow/BinaryThreshold.h>
   5 #include <itkConstNeighborhoodIterator.h>
   6 #include <vtkPolyData.h>
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 fpaPluginsRegionGrowFunctors::BinaryThreshold::
  10 BinaryThreshold( )
  11   : Superclass( )
  12 {
  13   typedef cpPlugins::Pipeline::DataObject _TData;
  14   typedef cpInstances::DataObjects::Image _TImage;
  15
  16   this->_ConfigureInput< _TImage >( "Input", true, false );
  17   this->_ConfigureInput< _TData >( "Seeds", false, false );
  18   this->_ConfigureOutput< _TData >( "Output" );
  19
  20   this->m_Parameters.ConfigureAsUint( "Radius", 1 );
  21   this->m_Parameters.ConfigureAsReal( "Lower", 0 );
  22   this->m_Parameters.ConfigureAsReal( "Upper", 0 );
  23 }
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 fpaPluginsRegionGrowFunctors::BinaryThreshold::
  27 ~BinaryThreshold( )
  28 {
  29 }
  30
  31 // -------------------------------------------------------------------------
  32 void fpaPluginsRegionGrowFunctors::BinaryThreshold::
  33 _GenerateData( )
  34 {
  35   auto o = this->GetInputData( "Input" );
  36   cpPlugins_Demangle_Image_ScalarPixels_AllDims_1( o, _GD0 )
  37     this->_Error( "Invalid input image." );
  38 }
  39
  40 // -------------------------------------------------------------------------
  41 template< class _TImage >
  42 void fpaPluginsRegionGrowFunctors::BinaryThreshold::
  43 _GD0( _TImage* image )
  44 {
  45   /* TODO
  46      typedef itk::ConstNeighborhoodIterator< _TImage > _TInIt;
  47      typedef
  48      fpa::Image::Functors::RegionGrow::BinaryThreshold< _TImage >
  49      _TFunctor;
  50      auto out = this->GetOutput( "Output" );
  51      auto f = out->GetITK< _TFunctor >( );
  52      if( f == NULL )
  53      {
  54      typename _TFunctor::Pointer ptr_f = _TFunctor::New( );
  55      f = ptr_f.GetPointer( );
  56      out->SetITK( f );
  57
  58      } // fi
  59
  60      // Compute thresholds from seeds
  61      auto seeds = this->GetInputData< vtkPolyData >( "Seeds" );
  62      if( seeds != NULL )
  63      {
  64      std::vector< typename _TImage::IndexType > indices;
  65      typename _TImage::PointType pnt;
  66      typename _TImage::IndexType idx;
  67      unsigned int dim =
  68      ( _TImage::ImageDimension < 3 )? _TImage::ImageDimension: 3;
  69
  70      for( int i = 0; i < seeds->GetNumberOfPoints( ); ++i )
  71      {
  72      double buf[ 3 ];
  73      seeds->GetPoint( i, buf );
  74      pnt.Fill( 0 );
  75      for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
  76      pnt[ d ] = buf[ d ];
  77      if( image->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, idx ) )
  78      indices.push_back( idx );
  79
  80      } // rof
  81
  82      typename _TImage::SizeType r;
  83      r.Fill( this->m_Parameters.GetUint( "Radius" ) );
  84
  85      _TInIt iIt( r, image, image->GetRequestedRegion( ) );
  86      double v_s1 = double( 0 );
  87      double v_s2 = double( 0 );
  88      double v_n = double( 0 );
  89      double v_min = std::numeric_limits< double >::max( );
  90      double v_max = -v_min;
  91      for( auto idxIt = indices.begin( ); idxIt != indices.end( ); ++idxIt )
  92      {
  93      iIt.SetLocation( *idxIt );
  94      for( unsigned int i = 0; i < iIt.Size( ); ++i )
  95      {
  96      double v = double( iIt.GetPixel( i ) );
  97      v_s1 += v;
  98      v_s2 += v * v;
  99      v_n += double( 1 );
 100      v_min = ( v < v_min )? v: v_min;
 101      v_max = ( v_max < v )? v: v_max;
 102
 103      } // rof
 104
 105      } // rof
 106      double m = v_s1 / v_n;
 107      double s = ( v_s2 - ( ( v_s1 * v_s1 ) / v_n ) ) / ( v_n - double( 1 ) );
 108      s = std::sqrt( s );
 109      v_min = m - s;
 110      v_max = m + s;
 111      f->SetLower( v_min );
 112      f->SetUpper( v_max );
 113      this->m_Parameters.SetReal( "Lower", f->GetLower( ) );
 114      this->m_Parameters.SetReal( "Upper", f->GetUpper( ) );
 115      }
 116      else
 117      {
 118      f->SetLower( this->m_Parameters.GetReal( "Lower" ) );
 119      f->SetUpper( this->m_Parameters.GetReal( "Upper" ) );
 120
 121      } // fi
 122   */
 123 }
 124
 125 // eof - $RCSfile$