tests/image/SkeletonFilter.cxx

   1 #include "BaseFunctions.h"
   2 #include <itkImage.h>
   3 #include <fpa/Image/SkeletonFilter.h>
   4 #include <fpa/Image/SkeletonWriter.h>
   5
   6 // -------------------------------------------------------------------------
   7 const unsigned int Dim = 3;
   8 typedef short TPixel;
   9
  10 typedef itk::Image< TPixel, Dim >                 TInputImage;
  11 typedef fpa::Image::SkeletonFilter< TInputImage > TFilter;
  12
  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 int main( int argc, char* argv[] )
  15 {
  16   // Get arguments
  17   if( argc < 3 )
  18   {
  19     std::cerr
  20       << "Usage: " << argv[ 0 ]
  21       << " input_image output_skeleton ..."
  22       << std::endl;
  23     return( 1 );
  24
  25   } // fi
  26   std::string input_image_filename = argv[ 1 ];
  27   std::string output_skeleton_filename = argv[ 2 ];
  28
  29   // Read image
  30   TInputImage::Pointer image;
  31   std::string err1 = fpa::tests::image::Read( image, input_image_filename );
  32   if( err1 != "" )
  33   {
  34     std::cerr << "Error caught: " << err1 << std::endl;
  35     return( 1 );
  36
  37   } // fi
  38
  39   // Prepare filter
  40   TFilter::Pointer filter = TFilter::New( );
  41   filter->SetInput( image );
  42
  43   // Configure seed
  44   if( argc == 6 )
  45   {
  46     TInputImage::PointType pnt;
  47     pnt[ 0 ] = std::atof( argv[ 3 ] );
  48     pnt[ 1 ] = std::atof( argv[ 4 ] );
  49     pnt[ 2 ] = std::atof( argv[ 5 ] );
  50
  51     TInputImage::IndexType seed;
  52     image->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, seed );
  53
  54     filter->SeedFromMaximumDistanceOff( );
  55     filter->SetSeed( seed );
  56   }
  57   else
  58     filter->SeedFromMaximumDistanceOn( );
  59
  60   // Configure distance map
  61   filter->GetDistanceMap( )->InsideIsPositiveOn( );
  62   filter->GetDistanceMap( )->SquaredDistanceOff( );
  63   filter->GetDistanceMap( )->UseImageSpacingOn( );
  64
  65   // Update
  66   filter->Update( );
  67
  68   // Save results
  69   fpa::Image::SkeletonWriter< TFilter::TSkeleton >::Pointer writer =
  70     fpa::Image::SkeletonWriter< TFilter::TSkeleton >::New( );
  71   writer->SetInput( filter->GetOutput( ) );
  72   writer->SetFileName( output_skeleton_filename );
  73   try
  74   {
  75     writer->Update( );
  76   }
  77   catch( std::exception& err )
  78   {
  79     std::cerr << "Error caught: " << err.what( ) << std::endl;
  80     return( 1 );
  81
  82   } // yrt
  83   return( 0 );
  84 }
  85
  86 // eof - $RCSfile$