Lib/PrePostProcessing/itkSTMS_XMLFileParser.hxx

   1 /*
   2  #
   3  #  File        : itkSTMS_XMLFileParser.hxx
   4  #                ( C++ header file - STMS )
   5  #
   6  #  Description : STMS lib that implements the STMS filter and clustering.
   7  #                This file is a part of the STMS Library project.
   8  #                ( https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr/realisations )
   9  #
  10  #  [1] S. Mure, Grenier, T., Meier, S., Guttmann, R. G., et Benoit-Cattin, H.,
  11  #       « Unsupervised spatio-temporal filtering of image sequences. A mean-shift specification »,
  12  #       Pattern Recognition Letters, vol. 68, Part 1, p. 48 - 55, 2015.
  13  #
  14  #  Copyright   : Thomas GRENIER - Simon MURE
  15  #                ( https://www.creatis.insa-lyon.fr/~grenier/ )
  16  #
  17  #  License     : CeCILL C
  18  #                ( http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-C_V1-en.txt )
  19  #
  20  #  This software is governed by the CeCILL  license under French law and
  21  #  abiding by the rules of distribution of free software.  You can  use,
  22  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL
  23  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  24  #  "http://www.cecill.info".
  25  #
  26  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  27  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  28  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  29  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  30  #  liability.
  31  #
  32  #  In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated
  33  #  with loading,  using,  modifying and/or developing or reproducing the
  34  #  software by the user in light of its specific status of free software,
  35  #  that may mean  that it is complicated to manipulate,  and  that  also
  36  #  therefore means  that it is reserved for developers  and  experienced
  37  #  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore
  38  #  encouraged to load and test the software's suitability as regards their
  39  #  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or
  40  #  data to be ensured and,  more generally, to use and operate it in the
  41  #  same conditions as regards security.
  42  #
  43  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  44  #  knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms.
  45  #
  46 */
  47 /* Please don't forget to cite our work :
  48   @article {MURE-15a,
  49     title = {Unsupervised spatio-temporal filtering of image sequences. A mean-shift specification},
  50     journal = {Pattern Recognition Letters},
  51     volume = {68, Part 1},
  52     year = {2015},
  53     pages = {48 - 55},
  54     issn = {0167-8655},
  55     doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2015.07.021},
  56     url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167865515002305},
  57     author = {S. Mure and T Grenier and Meier, S. and Guttmann, R.G. and H. Benoit-Cattin}
  58 }
  59 */
  60 #ifndef itkSTMS_XMLFileParser_HXX
  61 #define itkSTMS_XMLFileParser_HXX
  62
  63 #include "itkSTMS_XMLFileParser.h"
  64
  65 namespace itkSTMS
  66 {
  67 itkSTMS_XMLFileParser::itkSTMS_XMLFileParser()
  68 {
  69     xmlParams.experimentPath     = "";
  70     xmlParams.imageExtension     = "";
  71     xmlParams.outputImageExtension = "";
  72     xmlParams.outputClassExtension = "";
  73     xmlParams.inputCommonRoot    = "";
  74     xmlParams.inputFolder        = "";
  75     xmlParams.maskImage          = "";
  76     xmlParams.outputFolder       = "";
  77     xmlParams.outputCommonRoot   = "";
  78     xmlParams.outputCSV          = "";
  79 }
  80
  81
  82 void itkSTMS_XMLFileParser::Update()
  83 {
  84     parser = InputType::New();
  85     parser->SetFileName( this->fileName );
  86     parser->Update();
  87
  88     DomObject = parser->GetOutput();
  89     if ( DomObject->GetName() != "STMS_ProcessInfo" )
  90     {
  91         std::cout << std::endl << std::endl <<  "Unrecognized input XML document! STMS_ProcessInfo expected" << std::endl << std::endl;
  92         std::exit( EXIT_FAILURE );
  93     }
  94
  95     // Read common parameters
  96     xmlParams.experimentPath = DomObject->GetAttribute( "experimentPath" );
  97     if ( xmlParams.experimentPath == "" )
  98     {
  99         std::cout << std::endl << std::endl <<  "experimentPath not found" << std::endl << std::endl;
 100         std::exit( EXIT_FAILURE );
 101     }
 102
 103     xmlParams.imageExtension = DomObject->GetAttribute( "imageExtension" );
 104     if ( xmlParams.imageExtension == "" )
 105     {
 106         std::cout << std::endl << std::endl <<  "imageExtension not found" << std::endl << std::endl;
 107         std::exit( EXIT_FAILURE );
 108     }
 109
 110     xmlParams.outputImageExtension = DomObject->GetAttribute( "outputImageExtension" );
 111     if ( xmlParams.outputImageExtension == "" )
 112     {
 113         std::cout << std::endl << std::endl <<  "outputImageExtension not set, using same as input (imageExtension) : "<< xmlParams.imageExtension << std::endl << std::endl;
 114         xmlParams.outputImageExtension = xmlParams.imageExtension;
 115     }
 116
 117     xmlParams.outputClassExtension = DomObject->GetAttribute( "outputClassExtension" );
 118     if ( xmlParams.outputClassExtension == "" )
 119     {
 120         std::cout << std::endl << std::endl <<  "outputClassExtension not set, .nii (nifti) used by default" << std::endl << std::endl;
 121         xmlParams.outputClassExtension = ".nii";
 122     }
 123
 124
 125     // Read input parameters
 126     listInput = DomObject->GetChild( "listInput" );
 127     xmlParams.inputFolder = listInput->GetAttribute( "inputFolder" );
 128     if ( xmlParams.inputFolder == "" )
 129     {
 130         std::cout << std::endl << std::endl <<  "inputFolder not found" << std::endl << std::endl;
 131         std::exit( EXIT_FAILURE );
 132     }
 133
 134     xmlParams.inputCommonRoot = listInput->GetAttribute( "commonRoot" );
 135     if ( xmlParams.inputCommonRoot == "" )
 136     {
 137         std::cout << std::endl << std::endl <<  "inputCommonRoot not found" << std::endl << std::endl;
 138         std::exit( EXIT_FAILURE );
 139     }
 140
 141     xmlParams.maskImage = listInput->GetAttribute( "maskImage" );
 142     if ( xmlParams.maskImage == "" )
 143     {
 144         std::cout << std::endl << std::endl <<  "maskImage not found" << std::endl << std::endl;
 145         std::exit( EXIT_FAILURE );
 146     }
 147
 148     // Read output parameters
 149     listOutput = DomObject->GetChild( "listOutput" );
 150     xmlParams.outputFolder = listOutput->GetAttribute( "outputFolder" );
 151     if ( xmlParams.outputFolder == "" )
 152     {
 153         std::cout << std::endl << std::endl <<  "outputFolder not found" << std::endl << std::endl;
 154         std::exit( EXIT_FAILURE );
 155     }
 156
 157     xmlParams.outputCommonRoot = listOutput->GetAttribute( "commonRoot" );
 158     if ( xmlParams.outputCommonRoot == "" )
 159     {
 160         std::cout << std::endl << std::endl <<  "outputCommonRoot not found" << std::endl << std::endl;
 161         std::exit( EXIT_FAILURE );
 162     }
 163
 164     xmlParams.outputCSV = listOutput->GetAttribute( "outputCSV" );
 165     if ( xmlParams.outputCSV == "" )
 166     {
 167         std::cout << std::endl << std::endl <<  "outputCSV not set: no CSV file will be created" << std::endl << std::endl;
 168     }
 169
 170 }
 171 } // end of namespace itkSTMS
 172 #endif // itkSTMS_XMLFileParser_HXX