Lib/SpatioTemporalMeanShift/itkSTMS_BlurringSTMS_Spine.h

   1 /*
   2  #
   3  #  File        : itkSTMS_BlurringSTMS_Spine.h
   4  #                ( C++ header file - STMS )
   5  #
   6  #  Description : STMS lib that implements the STMS filter and clustering.
   7  #                This file is a part of the STMS Library project.
   8  #                ( https://www.creatis.insa-lyon.fr/site7/fr/realisations )
   9  #
  10  #  [1] S. Mure, Grenier, T., Meier, S., Guttmann, R. G., et Benoit-Cattin, H.,
  11  #       « Unsupervised spatio-temporal filtering of image sequences. A mean-shift specification »,
  12  #       Pattern Recognition Letters, vol. 68, Part 1, p. 48 - 55, 2015.
  13  #
  14  #  Copyright   : Thomas GRENIER - Simon MURE
  15  #                ( https://www.creatis.insa-lyon.fr/~grenier/ )
  16  #
  17  #  License     : CeCILL C
  18  #                ( http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-C_V1-en.txt )
  19  #
  20  #  This software is governed by the CeCILL  license under French law and
  21  #  abiding by the rules of distribution of free software.  You can  use,
  22  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL
  23  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  24  #  "http://www.cecill.info".
  25  #
  26  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  27  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  28  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  29  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  30  #  liability.
  31  #
  32  #  In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated
  33  #  with loading,  using,  modifying and/or developing or reproducing the
  34  #  software by the user in light of its specific status of free software,
  35  #  that may mean  that it is complicated to manipulate,  and  that  also
  36  #  therefore means  that it is reserved for developers  and  experienced
  37  #  professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore
  38  #  encouraged to load and test the software's suitability as regards their
  39  #  requirements in conditions enabling the security of their systems and/or
  40  #  data to be ensured and,  more generally, to use and operate it in the
  41  #  same conditions as regards security.
  42  #
  43  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  44  #  knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms.
  45  #
  46 */
  47 /* Please don't forget to cite our work :
  48   @article {MURE-15a,
  49     title = {Unsupervised spatio-temporal filtering of image sequences. A mean-shift specification},
  50     journal = {Pattern Recognition Letters},
  51     volume = {68, Part 1},
  52     year = {2015},
  53     pages = {48 - 55},
  54     issn = {0167-8655},
  55     doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2015.07.021},
  56     url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167865515002305},
  57     author = {S. Mure and T Grenier and Meier, S. and Guttmann, R.G. and H. Benoit-Cattin}
  58 }
  59 */
  60 #ifndef itkSTMS_BlurringSTMS_Spine_H
  61 #define itkSTMS_BlurringSTMS_Spine_H
  62
  63 #include "itkSTMS_ArgumentsAnalysis_Spine.h"
  64 #include "itkSTMS_ImageSequenceToTemporalSet_Spine.h"
  65 #include "itkImageFileReader.h"
  66
  67 namespace itkSTMS_Spine
  68 {
  69     template < class IndexType, class SpatialType, class PixelType, class ImageType>
  70     class itkSTMS_BlurringSTMS
  71     {
  72     public:
  73
  74         typedef itkSTMS_Spine::ParamsAnalysisOutputType ParametersType;
  75
  76         // Sample set typedefs
  77         typedef std::vector< SpatialType >        SpatialVectorType;
  78         typedef std::vector< PixelType >          RangeVectorType;
  79
  80         typedef std::vector< IndexType >          IndexSampleSetType;
  81         typedef std::vector< SpatialVectorType >  SpatialSampleSetType;
  82         typedef std::vector< RangeVectorType >    RangeSampleSetType;
  83
  84         typedef typename ImageType::Pointer       ImagePointer;
  85         typedef itk::ImageFileReader<ImageType>   ReaderType;
  86         typedef typename ReaderType::Pointer      ReaderPointer;
  87
  88         // Image typedefs
  89         typedef typename ImageType::IndexType     ImageIndexType;
  90         typedef std::vector<ImageIndexType>       ImageIndexSetType;
  91
  92         // Methods
  93         itkSTMS_BlurringSTMS( IndexSampleSetType*   idx,
  94                               IndexSampleSetType*   cla,
  95                               IndexSampleSetType*   wei,
  96                               SpatialSampleSetType* sp,
  97                               RangeSampleSetType*   ra,
  98                               ParametersType*       params );
  99
 100         inline ~itkSTMS_BlurringSTMS(){ delete classSetMemory;
 101                                         delete spatialSetMemory; }
 102
 103         inline IndexSampleSetType*   GetIndexSet       (){ return indexSet;         }
 104         inline IndexSampleSetType*   GetClassSet       (){ return classSet;         }
 105         inline IndexSampleSetType*   GetWeightsSet     (){ return weightsSet;       }
 106         inline SpatialSampleSetType* GetSpatialSet     (){ return spatialSet;       }
 107         inline RangeSampleSetType*   GetRangeSet       (){ return rangeSet;         }
 108         inline IndexSampleSetType*   GetClassMemory    (){ return classSetMemory;   }
 109         inline SpatialSampleSetType* GetSpatialMemory  (){ return spatialSetMemory; }
 110
 111         void GenerateData();
 112         void NoMergeSTMSFiltering();
 113         void ClassificationNoMergeSTMSFiltering();
 114         void MergeSTMSFiltering();
 115         void MergeSamples();
 116         void FinalMerging();
 117
 118         template<class T> void VectorDistance(float &dist, std::vector< T > &a, std::vector< T > &b);
 119         void InfiniteNorm  (bool  &dist, RangeVectorType &a, RangeVectorType &b);
 120         void MergeInfiniteNorm(bool &dist, RangeVectorType &a, RangeVectorType &b);
 121
 122         template<class T> void VectorWeightedMean(std::vector<T> &a, unsigned int &a_w, std::vector<T> &b, unsigned int &b_w);
 123         template<class T> void VectorWeightedAcc(std::vector<T> &a, std::vector<T> &b, unsigned int &b_w);
 124         template<class T> void VectorWeightedAcc(std::vector<T> &a, unsigned int &a_w, std::vector<T> &b, unsigned int &b_w);
 125         template<class T> void VectorMul(std::vector<T> &a, unsigned int &coeff);
 126         template<class T> void VectorDiv(std::vector<T> &a, unsigned int &coeff);
 127         template<class T> void VectorAcc(std::vector<T> &a, std::vector<T> &b);
 128
 129     private:
 130         // Attributes
 131         float mergeFactor;
 132
 133         ParametersType*        stmsParams;
 134         IndexSampleSetType*    classSetMemory;
 135         SpatialSampleSetType*  spatialSetMemory;
 136         IndexSampleSetType*    indexSet;
 137         IndexSampleSetType*    classSet;
 138         IndexSampleSetType*    weightsSet;
 139         SpatialSampleSetType*  spatialSet;
 140         RangeSampleSetType *   rangeSet;
 141     };
 142
 143 } // end of namespace itkSTMS
 144
 145 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 146 #include "itkSTMS_BlurringSTMS_Spine.txx"
 147 #endif
 148
 149 #endif // itkSTMS_BlurringSTMS_Spine_H