packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51 #if defined USE_GDCM
  52 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  53 {
  54  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  55    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  56    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  57    bool res = f->Load();
  58    if ( !res )
  59    {
  60       f->Delete();
  61       bbSetOutputOut(0);
  62       return;
  63    }
  64  // Get info from the first image file
  65    int i;
  66    std::vector<double> v_iop;
  67    float iop[6];
  68    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  69
  70    for(i=0; i< 6; i++)
  71       v_iop.push_back(iop[i]);
  72    bbSetOutputIOP(v_iop );
  73
  74    std::vector<double> v_ipp;
  75    float ipp[3];
  76    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  77
  78    for(i=0; i< 3; i++)
  79       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  80    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  81
  82 // Add *all the files* to the SerieHelper
  83    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  84    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  85
  86    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  87                                           it != gii.end();
  88                                         ++it)
  89    {
  90       sh->AddFileName(*it);
  91    }
  92
  93    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  94    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  95
  96    // Should only contain one!
  97    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  98
  99    int nbFiles;
 100    double zspacing = 0.;
 101    nbFiles = l->size() ;
 102    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 103    zspacing = sh->GetZSpacing();
 104    std::vector<double> v_pixelspacing;
 105    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 106    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 107    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 108 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 109 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 110 //   }
 111    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 112
 113    if (reader!=NULL)
 114    {
 115       reader->Delete();
 116       reader=NULL;
 117    }
 118    reader = vtkGdcmReader::New();
 119
 120         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 121         reader->SetFlipY(false);
 122
 123
 124    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 125    reader->SetCoherentFileList(l);
 126    reader->Update();
 127    reader->GetOutput();
 128
 129    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 130 }
 131 #endif
 132 // endif USE_GDCM
 133
 134 #if defined USE_GDCM2
 135 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 136 {
 137  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 138         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 139         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 140
 141         bool res = read->Read();
 142         if ( !res )
 143         {
 144         delete read;
 145                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
 146         bbSetOutputOut(NULL);
 147         return;
 148         }
 149
 150
 151
 152  // Get info from the first image file
 153    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 154    int i;
 155    std::vector<double> v_iop;
 156    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 157    std::stringstream ss;
 158    deIop.GetValue().Print(ss);
 159    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 160    iop.Read( ss );
 161    for(i=0; i< 6; i++)
 162       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 163    bbSetOutputIOP(v_iop );
 164
 165   std::vector<double> v_ipp;
 166    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 167    deIpp.GetValue().Print(ss);
 168    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 169    ipp.Read( ss );
 170           for(i=0; i< 3; i++)
 171                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 172    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 173
 174 // Add *all the files* to the IPPsorter
 175      gdcm::IPPSorter s;
 176          s.SetComputeZSpacing( true );
 177      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 178      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 179      s.Sort(gii);
 180
 181          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 182          // no Test if we have multiple series
 183          //s.GetFilenames();
 184          //int nbFiles;
 185
 186         double zspacing = 0.;
 187         zspacing = s.GetZSpacing();
 188         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 189         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 190         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 191         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 192         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 193
 194    if (reader!=NULL)
 195    {
 196       reader->Delete();
 197       reader=NULL;
 198    }
 199    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 200    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 201    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 202    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 203    {
 204           const std::string &f = *it;
 205       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 206    }
 207    reader->SetFileNames(files);
 208    reader->Update();
 209    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 210 }
 211 #endif
 212 // endif USE_GDCM2
 213
 214 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 215 {
 216    std::vector<std::string> init;
 217    init.push_back("");
 218    bbSetInputIn(init);
 219    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 220 }
 221
 222 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 223 {
 224
 225 }
 226
 227 #if defined USE_GDCM
 228 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 229 {
 230    if(reader)
 231       reader->Delete();
 232    if(f)
 233       f->Delete();
 234    if(sh)
 235       sh->Delete();
 236 }
 237 #endif
 238
 239 #if defined USE_GDCM2
 240 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 241 {
 242    if(reader)
 243       reader->Delete();
 244 }
 245 #endif
 246
 247 }
 248 // EO namespace bbgdcmvtk