packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  63         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  64         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  65         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  66         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  67         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  68         newImage->AllocateScalars();
  69         newImage->Update();
  70         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  71         for (i=0; i<sizeX; i++)
  72         {
  73                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  74                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  75         } // for i
  76         return newImage;
  77 }
  78
  79
  80 #if defined USE_GDCM
  81 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  82 {
  83
  84  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  85    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  86
  87         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  88         {
  89                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  90         } else {
  91                 f->SetFileName( "" );
  92         }
  93
  94    bool res = f->Load();
  95    if ( !res )
  96    {
  97                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
  98         f->Delete();
  99         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 100         return;
 101    }
 102  // Get info from the first image file
 103    int i;
 104    std::vector<double> v_iop;
 105    float iop[6];
 106    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 107
 108    for(i=0; i< 6; i++)
 109       v_iop.push_back(iop[i]);
 110    bbSetOutputIOP(v_iop );
 111
 112    std::vector<double> v_ipp;
 113    float ipp[3];
 114    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 115
 116    for(i=0; i< 3; i++)
 117       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 118    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 119
 120 // Add *all the files* to the SerieHelper
 121    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 122    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 123
 124    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 125                                           it != gii.end();
 126                                         ++it)
 127    {
 128       sh->AddFileName(*it);
 129    }
 130
 131
 132    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 133    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 134
 135    // Should only contain one!
 136    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 137
 138    int nbFiles;
 139    double zspacing = 0.;
 140    nbFiles = l->size() ;
 141    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 142    zspacing = sh->GetZSpacing();
 143    std::vector<double> v_pixelspacing;
 144    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 145    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 146    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 147 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 148 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 149 //   }
 150    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 151
 152    if (reader!=NULL)
 153    {
 154       reader->Delete();
 155       reader=NULL;
 156    }
 157    reader = vtkGdcmReader::New();
 158
 159         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 160         reader->SetFlipY(false);
 161
 162
 163    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 164    reader->SetCoherentFileList(l);
 165    reader->Update();
 166    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 167 }
 168 #endif
 169 // endif USE_GDCM
 170
 171 #if defined USE_GDCM2
 172 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 173 {
 174  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 175         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 176         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 177
 178         bool res = read->Read();
 179         if ( !res )
 180         {
 181         delete read;
 182         bbSetOutputOut(NULL);
 183         return;
 184         }
 185
 186
 187
 188  // Get info from the first image file
 189    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 190    int i;
 191    std::vector<double> v_iop;
 192    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 193    std::stringstream ss;
 194    deIop.GetValue().Print(ss);
 195    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 196    iop.Read( ss );
 197    for(i=0; i< 6; i++)
 198       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 199    bbSetOutputIOP(v_iop );
 200
 201   std::vector<double> v_ipp;
 202    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 203    deIpp.GetValue().Print(ss);
 204    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 205    ipp.Read( ss );
 206           for(i=0; i< 3; i++)
 207                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 208    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 209
 210 // Add *all the files* to the IPPsorter
 211      gdcm::IPPSorter s;
 212          s.SetComputeZSpacing( true );
 213      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 214      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 215      s.Sort(gii);
 216
 217          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 218          // no Test if we have multiple series
 219          //s.GetFilenames();
 220          //int nbFiles;
 221
 222         double zspacing = 0.;
 223         zspacing = s.GetZSpacing();
 224         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 225         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 226         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 227         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 228         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 229
 230    if (reader!=NULL)
 231    {
 232       reader->Delete();
 233       reader=NULL;
 234    }
 235    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 236    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 237    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 238    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 239    {
 240           const std::string &f = *it;
 241       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 242    }
 243    reader->SetFileNames(files);
 244    reader->Update();
 245    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 246 }
 247 #endif
 248 // endif USE_GDCM2
 249
 250 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 251 {
 252    std::vector<std::string> init;
 253    init.push_back("");
 254    bbSetInputIn(init);
 255    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 256 }
 257
 258 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 259 {
 260
 261 }
 262
 263 #if defined USE_GDCM
 264 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 265 {
 266    if(reader)
 267       reader->Delete();
 268    if(f)
 269       f->Delete();
 270    if(sh)
 271       sh->Delete();
 272 }
 273 #endif
 274
 275 #if defined USE_GDCM2
 276 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 277 {
 278    if(reader)
 279       reader->Delete();
 280 }
 281 #endif
 282
 283 }
 284 // EO namespace bbgdcmvtk