packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  63         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  64         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  65         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  66         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  67         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  68         newImage->AllocateScalars();
  69         newImage->Update();
  70         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  71         for (i=0; i<sizeX; i++)
  72         {
  73                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  74                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  75         } // for i
  76         return newImage;
  77 }
  78
  79
  80 #if defined USE_GDCM
  81 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  82 {
  83  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  84    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  85    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  86    bool res = f->Load();
  87    if ( !res )
  88    {
  89                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
  90         f->Delete();
  91         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
  92         return;
  93    }
  94  // Get info from the first image file
  95    int i;
  96    std::vector<double> v_iop;
  97    float iop[6];
  98    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  99
 100    for(i=0; i< 6; i++)
 101       v_iop.push_back(iop[i]);
 102    bbSetOutputIOP(v_iop );
 103
 104    std::vector<double> v_ipp;
 105    float ipp[3];
 106    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 107
 108    for(i=0; i< 3; i++)
 109       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 110    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 111
 112 // Add *all the files* to the SerieHelper
 113    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 114    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 115
 116    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 117                                           it != gii.end();
 118                                         ++it)
 119    {
 120       sh->AddFileName(*it);
 121    }
 122
 123    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 124    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 125
 126    // Should only contain one!
 127    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 128
 129    int nbFiles;
 130    double zspacing = 0.;
 131    nbFiles = l->size() ;
 132    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 133    zspacing = sh->GetZSpacing();
 134    std::vector<double> v_pixelspacing;
 135    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 136    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 137    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 138 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 139 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 140 //   }
 141    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 142
 143    if (reader!=NULL)
 144    {
 145       reader->Delete();
 146       reader=NULL;
 147    }
 148    reader = vtkGdcmReader::New();
 149
 150         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 151         reader->SetFlipY(false);
 152
 153
 154    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 155    reader->SetCoherentFileList(l);
 156    reader->Update();
 157    reader->GetOutput();
 158
 159    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 160 }
 161 #endif
 162 // endif USE_GDCM
 163
 164 #if defined USE_GDCM2
 165 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 166 {
 167  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 168         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 169         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 170
 171         bool res = read->Read();
 172         if ( !res )
 173         {
 174         delete read;
 175         bbSetOutputOut(NULL);
 176         return;
 177         }
 178
 179
 180
 181  // Get info from the first image file
 182    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 183    int i;
 184    std::vector<double> v_iop;
 185    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 186    std::stringstream ss;
 187    deIop.GetValue().Print(ss);
 188    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 189    iop.Read( ss );
 190    for(i=0; i< 6; i++)
 191       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 192    bbSetOutputIOP(v_iop );
 193
 194   std::vector<double> v_ipp;
 195    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 196    deIpp.GetValue().Print(ss);
 197    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 198    ipp.Read( ss );
 199           for(i=0; i< 3; i++)
 200                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 201    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 202
 203 // Add *all the files* to the IPPsorter
 204      gdcm::IPPSorter s;
 205          s.SetComputeZSpacing( true );
 206      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 207      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 208      s.Sort(gii);
 209
 210          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 211          // no Test if we have multiple series
 212          //s.GetFilenames();
 213          //int nbFiles;
 214
 215         double zspacing = 0.;
 216         zspacing = s.GetZSpacing();
 217         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 218         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 219         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 220         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 221         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 222
 223    if (reader!=NULL)
 224    {
 225       reader->Delete();
 226       reader=NULL;
 227    }
 228    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 229    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 230    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 231    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 232    {
 233           const std::string &f = *it;
 234       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 235    }
 236    reader->SetFileNames(files);
 237    reader->Update();
 238    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 239 }
 240 #endif
 241 // endif USE_GDCM2
 242
 243 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 244 {
 245    std::vector<std::string> init;
 246    init.push_back("");
 247    bbSetInputIn(init);
 248    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 249 }
 250
 251 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 252 {
 253
 254 }
 255
 256 #if defined USE_GDCM
 257 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 258 {
 259    if(reader)
 260       reader->Delete();
 261    if(f)
 262       f->Delete();
 263    if(sh)
 264       sh->Delete();
 265 }
 266 #endif
 267
 268 #if defined USE_GDCM2
 269 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 270 {
 271    if(reader)
 272       reader->Delete();
 273 }
 274 #endif
 275
 276 }
 277 // EO namespace bbgdcmvtk