packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51 #if defined USE_GDCM
  52 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  53 {
  54  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  55    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  56    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  57    bool res = f->Load();
  58    if ( !res )
  59    {
  60       f->Delete();
  61       bbSetOutputOut(0);
  62       return;
  63    }
  64  // Get info from the first image file
  65    int i;
  66    std::vector<double> v_iop;
  67    float iop[6];
  68    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  69
  70    for(i=0; i< 6; i++)
  71       v_iop.push_back(iop[i]);
  72    bbSetOutputIOP(v_iop );
  73
  74    std::vector<double> v_ipp;
  75    float ipp[3];
  76    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  77
  78    for(i=0; i< 3; i++)
  79       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  80    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  81
  82 // Add *all the files* to the SerieHelper
  83    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  84    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  85
  86    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  87                                           it != gii.end();
  88                                         ++it)
  89    {
  90       sh->AddFileName(*it);
  91    }
  92
  93    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  94    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  95
  96    // Should only contain one!
  97    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  98
  99    int nbFiles;
 100    double zspacing = 0.;
 101    nbFiles = l->size() ;
 102    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 103    zspacing = sh->GetZSpacing();
 104    std::vector<double> v_pixelspacing;
 105    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 106    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 107    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 108 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 109 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 110 //   }
 111    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 112
 113    if (reader!=NULL)
 114    {
 115       reader->Delete();
 116       reader=NULL;
 117    }
 118    reader = vtkGdcmReader::New();
 119
 120         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 121         reader->SetFlipY(false);
 122
 123
 124    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 125    reader->SetCoherentFileList(l);
 126    reader->Update();
 127    reader->GetOutput();
 128
 129    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 130 }
 131 #endif
 132 // endif USE_GDCM
 133
 134 #if defined USE_GDCM2
 135 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 136 {
 137  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 138         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 139         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str());
 140
 141         bool res = read->Read();
 142    if ( !res )
 143    {
 144       delete read;
 145       bbSetOutputOut(0);
 146       return;
 147    }
 148
 149  // Get info from the first image file
 150    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 151    int i;
 152    std::vector<double> v_iop;
 153    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 154    std::stringstream ss;
 155    deIop.GetValue().Print(ss);
 156    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 157    iop.Read( ss );
 158    for(i=0; i< 6; i++)
 159       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 160    bbSetOutputIOP(v_iop );
 161
 162   std::vector<double> v_ipp;
 163    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 164    deIpp.GetValue().Print(ss);
 165    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 166    ipp.Read( ss );
 167           for(i=0; i< 3; i++)
 168                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 169    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 170
 171 // Add *all the files* to the IPPsorter
 172      gdcm::IPPSorter s;
 173          s.SetComputeZSpacing( true );
 174      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 175      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 176      s.Sort(gii);
 177
 178          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 179          // no Test if we have multiple series
 180          //s.GetFilenames();
 181          //int nbFiles;
 182
 183         double zspacing = 0.;
 184         zspacing = s.GetZSpacing();
 185         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 186         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 187         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 188         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 189         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 190
 191    if (reader!=NULL)
 192    {
 193       reader->Delete();
 194       reader=NULL;
 195    }
 196    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 197    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 198    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 199    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 200    {
 201           const std::string &f = *it;
 202       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 203    }
 204    reader->SetFileNames(files);
 205    reader->Update();
 206    reader->GetOutput();
 207    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 208 }
 209 #endif
 210 // endif USE_GDCM2
 211
 212 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 213 {
 214    std::vector<std::string> init;
 215    init.push_back("");
 216    bbSetInputIn(init);
 217    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 218 }
 219
 220 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 221 {
 222
 223 }
 224
 225 #if defined USE_GDCM
 226 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 227 {
 228    if(reader)
 229       reader->Delete();
 230    if(f)
 231       f->Delete();
 232    if(sh)
 233       sh->Delete();
 234 }
 235 #endif
 236
 237 #if defined USE_GDCM2
 238 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 239 {
 240    if(reader)
 241       reader->Delete();
 242 }
 243 #endif
 244
 245 }
 246 // EO namespace bbgdcmvtk