packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 /*
   2 # ---------------------------------------------------------------------
   3 #
   4 # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5 #                        pour la SantÈ)
   6 # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7 # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8 # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9 #
  10 #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11 #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12 #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13 #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14 #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15 #  or in the file LICENSE.txt.
  16 #
  17 #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18 #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19 #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20 #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21 #  liability.
  22 #
  23 #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24 #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25 # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
  28 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
  29
  30 #include "gdcmFile.h"
  31 #include "vtkImageData.h"
  32 #include <vtkIndent.h>
  33
  34 #if defined USE_GDCM
  35         #include "gdcmFileHelper.h"
  36 #endif
  37
  38 #if defined USE_GDCM2
  39         #include <gdcmReader.h>
  40         #include <gdcmImageHelper.h>
  41         #include <gdcmIPPSorter.h>
  42         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  43         #include "vtkStringArray.h"
  44 #endif
  45
  46 namespace bbgdcmvtk
  47 {
  48
  49 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  50 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52
  53 vtkImageData* GetXCoherentInfoGdcmReader::CreateDefaultImage()
  54 {
  55         int i;
  56         int sizeX, sizeY, sizeZ;
  57         sizeX = 200;
  58         sizeY = sizeX;
  59         sizeZ = 1;
  60         vtkImageData *newImage = vtkImageData::New();
  61         newImage->Initialize();
  62         newImage->SetScalarTypeToUnsignedChar();
  63         newImage->SetSpacing( 1,1,1 );
  64         newImage->SetDimensions(  sizeX,sizeY,sizeZ );
  65         newImage->SetWholeExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  66         newImage->SetExtent(0,  sizeX-1,0,sizeY-1,0,sizeZ-1 );
  67         newImage->SetNumberOfScalarComponents(1);
  68         newImage->AllocateScalars();
  69         newImage->Update();
  70         memset ( (void*)newImage->GetScalarPointer(), 0, sizeX*sizeY*1 );
  71         for (i=0; i<sizeX; i++)
  72         {
  73                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,i,0, 0, 255 );
  74                 newImage->SetScalarComponentFromDouble(i,sizeY-1-i,0, 0, 255 );
  75         } // for i
  76         return newImage;
  77 }
  78
  79
  80 #if defined USE_GDCM
  81 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  82 {
  83
  84  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  85    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  86
  87         if ( bbGetInputIn().size()!=0 )
  88         {
  89                 f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  90         } else {
  91                 f->SetFileName( "" );
  92         }
  93
  94    bool res = f->Load();
  95    if ( !res )
  96    {
  97                 printf("EED GetXCoherentInfoGdcmReader::Process resultImage NULL\n");
  98         f->Delete();
  99         bbSetOutputOut( CreateDefaultImage() );
 100         return;
 101    }
 102  // Get info from the first image file
 103    int i;
 104    std::vector<double> v_iop;
 105    float iop[6];
 106    f->GetImageOrientationPatient(iop);
 107
 108    for(i=0; i< 6; i++)
 109         {
 110       v_iop.push_back(iop[i]);
 111         }
 112    bbSetOutputIOP(v_iop );
 113
 114    std::vector<double> v_ipp;
 115    float ipp[3];
 116    f->GetImagePositionPatient(ipp);
 117
 118    for(i=0; i< 3; i++)
 119         {
 120       v_ipp.push_back(ipp[i]);
 121         }
 122    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 123
 124 // Add *all the files* to the SerieHelper
 125    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
 126    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 127
 128    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
 129                                           it != gii.end();
 130                                         ++it)
 131    {
 132       sh->AddFileName(*it);
 133    }
 134
 135
 136    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
 137    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
 138
 139    // Should only contain one!
 140    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 141
 142    double zspacing = 0.;
 143    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
 144    zspacing = sh->GetZSpacing();
 145    std::vector<double> v_pixelspacing;
 146    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
 147    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
 148    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 149 //   if (f->GetZSize() != 1) {
 150 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
 151 //   }
 152    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 153
 154         VectorMapInfoDicom vectormapinfodicom;
 155         uint16_t group;
 156         uint16_t elem;
 157         std::string key;
 158         std::string strTagValue;  // read on disc
 159         int iTag,sizeDicomTagsVector=bbGetInputDicomTags().size();
 160         GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator iitt = l->begin();
 161         //iitt ++;
 162         for ( ; iitt != l->end(); ++iitt)
 163         {
 164                 MapInfoDicom mapinfodicom;
 165
 166                 for (iTag=0; iTag<sizeDicomTagsVector; iTag++)
 167                 {
 168                         key = bbGetInputDicomTags()[iTag];
 169                         group = elem = 0;
 170                         if ( (key.size()==10) && (key[0] == 'D') && (key[5] == '_') )
 171                         {
 172                                 sscanf(key.c_str(),"D%04hx_%04hx ",&group,&elem);
 173                         }// if key
 174                         strTagValue = (*iitt)->GetEntryString(group,elem);
 175                         mapinfodicom.insert ( std::pair<std::string,std::string>(key,strTagValue) );
 176                 } // for iTag
 177
 178                 vectormapinfodicom.push_back( mapinfodicom );
 179    } // for iitt
 180    bbSetOutputDicomInfo( vectormapinfodicom );
 181
 182    if (reader!=NULL)
 183    {
 184       reader->Delete();
 185       reader=NULL;
 186    }
 187    reader = vtkGdcmReader::New();
 188
 189         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
 190         reader->SetFlipY(false);
 191
 192
 193    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
 194    reader->SetCoherentFileList(l);
 195    reader->Update();
 196    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 197 }
 198 #endif
 199 // endif USE_GDCM
 200
 201 #if defined USE_GDCM2
 202 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 203 {
 204  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 205         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 206         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str() );
 207
 208         bool res = read->Read();
 209         if ( !res )
 210         {
 211         delete read;
 212         bbSetOutputOut(NULL);
 213         return;
 214         }
 215
 216
 217
 218  // Get info from the first image file
 219    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 220    int i;
 221    std::vector<double> v_iop;
 222    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 223    std::stringstream ss;
 224    deIop.GetValue().Print(ss);
 225    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 226    iop.Read( ss );
 227    for(i=0; i< 6; i++)
 228       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 229    bbSetOutputIOP(v_iop );
 230
 231   std::vector<double> v_ipp;
 232    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 233    deIpp.GetValue().Print(ss);
 234    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 235    ipp.Read( ss );
 236           for(i=0; i< 3; i++)
 237                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 238    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 239
 240 // Add *all the files* to the IPPsorter
 241      gdcm::IPPSorter s;
 242          s.SetComputeZSpacing( true );
 243      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 244      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 245      s.Sort(gii);
 246
 247          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 248          // no Test if we have multiple series
 249          //s.GetFilenames();
 250          //int nbFiles;
 251
 252         double zspacing = 0.;
 253         zspacing = s.GetZSpacing();
 254         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 255         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 256         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 257         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 258         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 259
 260    if (reader!=NULL)
 261    {
 262       reader->Delete();
 263       reader=NULL;
 264    }
 265    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 266    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 267    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 268    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 269    {
 270           const std::string &f = *it;
 271       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 272    }
 273    reader->SetFileNames(files);
 274    reader->Update();
 275    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 276 }
 277 #endif
 278 // endif USE_GDCM2
 279
 280 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 281 {
 282    std::vector<std::string> init;
 283    init.push_back("");
 284    bbSetInputIn(init);
 285    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 286 }
 287
 288 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 289 {
 290
 291 }
 292
 293 #if defined USE_GDCM
 294 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 295 {
 296    if(reader)
 297       reader->Delete();
 298    if(f)
 299       f->Delete();
 300    if(sh)
 301       sh->Delete();
 302 }
 303 #endif
 304
 305 #if defined USE_GDCM2
 306 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 307 {
 308    if(reader)
 309       reader->Delete();
 310 }
 311 #endif
 312
 313 }
 314 // EO namespace bbgdcmvtk