packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include "gdcmFileHelper.h"
   6 #include "vtkImageData.h"
   7 #include "vtkGdcmReader.h"
   8 #include <vtkIndent.h>
   9
  10 namespace bbgdcmvtk
  11 {
  12
  13 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  14 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  15 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  16 {
  17  // Read the first image file
  18    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  19    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  20    bool res = f->Load();
  21    if ( !res )
  22    {
  23       f->Delete();
  24       bbSetOutputOut(0);
  25       return;
  26    }
  27  // Get info from the first image file
  28    int i;
  29    std::vector<double> v_iop;
  30    float iop[6];
  31    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  32    for(i=0; i< 6; i++)
  33       v_iop.push_back(iop[i]);
  34    bbSetOutputIOP(v_iop );
  35
  36    std::vector<double> v_ipp;
  37    float ipp[3];
  38    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  39    for(i=0; i< 3; i++)
  40       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  41    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  42
  43
  44 // Add all the files to the SerieHelper
  45    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  46    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  47    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  48                                           it != gii.end();
  49                                         ++it)
  50    {
  51       sh->AddFileName(*it);
  52    }
  53
  54    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  55    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  56
  57    // Should only contain one!
  58    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  59
  60    int nbFiles;
  61    double zspacing = 0.;
  62    nbFiles = l->size() ;
  63    sh->OrderFileList(l);
  64    zspacing = sh->GetZSpacing();
  65
  66         std::vector<double> v_pixelspacing;
  67         v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
  68         v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
  69         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
  70 //      if (f->GetZSize() != 1) {
  71 //              v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  72 //      }
  73         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  74
  75
  76
  77         if (reader!=NULL)
  78         {
  79                 reader->Delete();
  80                 reader=NULL;
  81         }
  82         reader = vtkGdcmReader::New();
  83    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  84    reader->SetCoherentFileList(l);
  85    reader->Update();
  86    reader->GetOutput();
  87
  88    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
  89 }
  90
  91 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
  92 {
  93     std::vector<std::string> init;
  94     init.push_back("");
  95     bbSetInputIn(init);
  96         reader=NULL;
  97 }
  98
  99 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 100 {
 101
 102 }
 103
 104 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 105 {
 106    if(reader)
 107       reader->Delete();
 108    if(f)
 109       f->Delete();
 110    if(sh)
 111       sh->Delete();
 112 }
 113
 114 }
 115 // EO namespace bbgdcmvtk
 116
 117