packages/gdcmvtk/src/bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.cxx

   1 #include "bbgdcmvtkGetXCoherentInfoGdcmReader.h"
   2 #include "bbgdcmvtkPackage.h"
   3
   4 #include "gdcmFile.h"
   5 #include "vtkImageData.h"
   6 #include <vtkIndent.h>
   7
   8 #if defined USE_GDCM
   9         #include "gdcmFileHelper.h"
  10 #endif
  11
  12 #if defined USE_GDCM2
  13         #include <gdcmReader.h>
  14         #include <gdcmImageHelper.h>
  15         #include <gdcmIPPSorter.h>
  16         #include <vtkGDCMImageReader.h>
  17         #include "vtkStringArray.h"
  18 #endif
  19
  20 namespace bbgdcmvtk
  21 {
  22
  23 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(gdcmvtk,GetXCoherentInfoGdcmReader)
  24 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(GetXCoherentInfoGdcmReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  25 #if defined USE_GDCM
  26 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
  27 {
  28  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
  29    f = GDCM_NAME_SPACE::File::New();
  30    f->SetFileName( bbGetInputIn()[0] );
  31    bool res = f->Load();
  32    if ( !res )
  33    {
  34       f->Delete();
  35       bbSetOutputOut(0);
  36       return;
  37    }
  38  // Get info from the first image file
  39    int i;
  40    std::vector<double> v_iop;
  41    float iop[6];
  42    f->GetImageOrientationPatient(iop);
  43
  44    for(i=0; i< 6; i++)
  45       v_iop.push_back(iop[i]);
  46    bbSetOutputIOP(v_iop );
  47
  48    std::vector<double> v_ipp;
  49    float ipp[3];
  50    f->GetImagePositionPatient(ipp);
  51
  52    for(i=0; i< 3; i++)
  53       v_ipp.push_back(ipp[i]);
  54    bbSetOutputIPP(v_ipp );
  55
  56 // Add *all the files* to the SerieHelper
  57    sh = GDCM_NAME_SPACE::SerieHelper::New();
  58    std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
  59
  60    for(std::vector<std::string>::iterator it = gii.begin();
  61                                           it != gii.end();
  62                                         ++it)
  63    {
  64       sh->AddFileName(*it);
  65    }
  66
  67    GDCM_NAME_SPACE::FileList::const_iterator it;
  68    GDCM_NAME_SPACE::FileList *l;
  69
  70    // Should only contain one!
  71    l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
  72
  73    int nbFiles;
  74    double zspacing = 0.;
  75    nbFiles = l->size() ;
  76    sh->OrderFileList(l); // this one should compute the *actual* Z Spacing!
  77    zspacing = sh->GetZSpacing();
  78    std::vector<double> v_pixelspacing;
  79    v_pixelspacing.push_back( f->GetXSpacing() );
  80    v_pixelspacing.push_back( f->GetYSpacing() );
  81    v_pixelspacing.push_back( zspacing );
  82 //   if (f->GetZSize() != 1) {
  83 //      v_pixelspacing.push_back(f->GetZSpacing());
  84 //   }
  85    bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
  86
  87    if (reader!=NULL)
  88    {
  89       reader->Delete();
  90       reader=NULL;
  91    }
  92    reader = vtkGdcmReader::New();
  93
  94         //EED 21 mars 2012  FLIP probleme  ..PLOP..
  95         reader->SetFlipY(false);
  96
  97
  98    //reader->SetFileName( bbGetInputIn().c_str() );
  99    reader->SetCoherentFileList(l);
 100    reader->Update();
 101    reader->GetOutput();
 102
 103    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 104 }
 105 #endif
 106 // endif USE_GDCM
 107
 108 #if defined USE_GDCM2
 109 void GetXCoherentInfoGdcmReader::Process()
 110 {
 111  // Read the *first* image file (a SET of file names is given as input)
 112         gdcm::Reader *read = new gdcm::Reader();
 113         reader->SetFileName( bbGetInputIn()[0].c_str());
 114
 115         bool res = read->Read();
 116    if ( !res )
 117    {
 118       delete read;
 119       bbSetOutputOut(0);
 120       return;
 121    }
 122
 123  // Get info from the first image file
 124    const gdcm::File &f = read->GetFile();
 125    int i;
 126    std::vector<double> v_iop;
 127    const gdcm::DataElement &deIop = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag(0x0020, 0x0037));
 128    std::stringstream ss;
 129    deIop.GetValue().Print(ss);
 130    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM6> iop;
 131    iop.Read( ss );
 132    for(i=0; i< 6; i++)
 133       v_iop.push_back((float)(iop[i]));
 134    bbSetOutputIOP(v_iop );
 135
 136   std::vector<double> v_ipp;
 137    const gdcm::DataElement &deIpp = f.GetDataSet().GetDataElement(gdcm::Tag((0x0020,0x0032)));
 138    deIpp.GetValue().Print(ss);
 139    gdcm::Element<gdcm::VR::DS,gdcm::VM::VM3> ipp;
 140    ipp.Read( ss );
 141           for(i=0; i< 3; i++)
 142                 v_ipp.push_back((float)(ipp[i]));
 143    bbSetOutputIPP(v_ipp );
 144
 145 // Add *all the files* to the IPPsorter
 146      gdcm::IPPSorter s;
 147          s.SetComputeZSpacing( true );
 148      s.SetZSpacingTolerance( 1e-3 );
 149      std::vector<std::string> gii = bbGetInputIn();
 150      s.Sort(gii);
 151
 152          //l = sh->GetFirstSingleSerieUIDFileSet();
 153          // no Test if we have multiple series
 154          //s.GetFilenames();
 155          //int nbFiles;
 156
 157         double zspacing = 0.;
 158         zspacing = s.GetZSpacing();
 159         std::vector<double> v_pixelspacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 160         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[0] );
 161         v_pixelspacing.push_back( v_pixelspacing[1] );
 162         v_pixelspacing.push_back( zspacing );
 163         bbSetOutputPixelSpacing(v_pixelspacing);
 164
 165    if (reader!=NULL)
 166    {
 167       reader->Delete();
 168       reader=NULL;
 169    }
 170    reader = vtkGDCMImageReader::New();
 171    vtkStringArray *files = vtkStringArray::New();
 172    std::vector< std::string >::const_iterator it = s.GetFilenames().begin();
 173    for( ; it != s.GetFilenames().end(); ++it)
 174    {
 175           const std::string &f = *it;
 176       files->InsertNextValue( f.c_str() );
 177    }
 178    reader->SetFileNames(files);
 179    reader->Update();
 180    reader->GetOutput();
 181    bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 182 }
 183 #endif
 184 // endif USE_GDCM2
 185
 186 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserSetDefaultValues()
 187 {
 188    std::vector<std::string> init;
 189    init.push_back("");
 190    bbSetInputIn(init);
 191    //reader=NULL;   /// \TODO fixme JPR
 192 }
 193
 194 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserInitializeProcessing()
 195 {
 196
 197 }
 198
 199 #if defined USE_GDCM
 200 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 201 {
 202    if(reader)
 203       reader->Delete();
 204    if(f)
 205       f->Delete();
 206    if(sh)
 207       sh->Delete();
 208 }
 209 #endif
 210
 211 #if defined USE_GDCM2
 212 void GetXCoherentInfoGdcmReader::bbUserFinalizeProcessing()
 213 {
 214    if(reader)
 215       reader->Delete();
 216 }
 217 #endif
 218
 219 }
 220 // EO namespace bbgdcmvtk