packages/itk/src/bbitkImageReader.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkImageReader.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:50:39 $
  33   Version:   $Revision: 1.9 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36
  37
  38 /**
  39  *  \file
  40  *  \brief
  41  */
  42 #ifdef _USE_ITK_
  43
  44 #include "bbitkImageReader.h"
  45 #include "bbitkPackage.h"
  46 #include "itkImageFileReader.h"
  47
  48 namespace bbitk
  49 {
  50   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ImageReader,bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(itk,ImageReader);
  53
  54         //-----------------------------------------------------------------
  55         void ImageReader::bbUserSetDefaultValues()
  56         {
  57         }
  58
  59         //-----------------------------------------------------------------
  60         void ImageReader::bbUserInitializeProcessing()
  61         {
  62         }
  63
  64         //-----------------------------------------------------------------
  65         void ImageReader::bbUserFinalizeProcessing()
  66         {
  67         }
  68
  69   void ImageReader::Read()
  70   {
  71     std::string filename = bbGetInputIn();
  72
  73     itk::ImageIOBase::Pointer genericReader =
  74       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(),
  75                                          itk::ImageIOFactory::ReadMode);
  76     if (!genericReader)
  77       {
  78         bbtkError("File format unknown (while reading [" << filename << "])");
  79       }
  80     genericReader->SetFileName(filename.c_str());
  81     genericReader->ReadImageInformation();
  82
  83     bbtk::TypeInfo typ = GetITKImagePtrTypeInfoFromPixelTypeInfoAndDimension(genericReader->GetComponentTypeInfo(), genericReader->GetNumberOfDimensions());
  84
  85     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH( typ, Read);
  86   }
  87
  88
  89   /**
  90       Template Processing
  91   */
  92   template<class itkImageType>
  93   void ImageReader::Read()
  94   {
  95     bbtkDebugMessageInc("Core",9,"itkImageReader<"<<
  96                         bbtk::TypeName<itkImageType>()
  97                         <<">::Read()"<<std::endl);
  98
  99     typedef itk::ImageFileReader< itkImageType > itkReaderType;
 100
 101     typename itkReaderType::Pointer reader = itkReaderType::New();
 102     std::string filename = bbGetInputIn();
 103     reader->SetFileName(filename.c_str());
 104     try { reader->Update(); }
 105     catch( std::exception& e )
 106       {
 107         bbtkError("could not read image \""<< filename << "\" : "<<e.what());
 108       }
 109
 110     reader->GetOutput()->Register();
 111     bbSetOutputOut( reader->GetOutput() );
 112
 113     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 114   }
 115
 116 }
 117 // eo namespace bbtk
 118
 119 #endif