packages/itk/src/bbitkResampleImageFilter.h

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbitkResampleImageFilter.h,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:50:39 $
  33   Version:   $Revision: 1.13 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36
  37
  38
  39 #ifdef _USE_ITK_
  40
  41 #include <math.h>
  42 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  43 #include "itkResampleImageFilter.h"
  44 #include "bbitkImage.h"
  45 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  46 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  47 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  48
  49 // For ITK4
  50 #include <itkAffineTransform.h>
  51
  52 namespace bbitk
  53 {
  54
  55
  56  //===================================================
  57    class /*BBTK_EXPORT*/ ResampleImageFilter
  58     :
  59     public bbtk::AtomicBlackBox
  60   {
  61     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ResampleImageFilter, bbtk::AtomicBlackBox);
  62         BBTK_DECLARE_INPUT(In,anyImagePointer);
  63         BBTK_DECLARE_INPUT(Spacing,std::vector<double>);
  64         BBTK_DECLARE_INPUT(Interpolation,std::string);
  65         BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,anyImagePointer);
  66     BBTK_PROCESS(ProcessSwitch);
  67   private :
  68     inline void ProcessSwitch();
  69     template <class T> void Process();
  70     itk::Object* mOutput;
  71   };
  72  //===================================================
  73
  74  //===================================================
  75    BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter,
  76                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  77   BBTK_NAME("ResampleImageFilter");
  78   BBTK_AUTHOR("laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr");
  79   BBTK_DESCRIPTION("Resamples an image");
  80   BBTK_CATEGORY("image;filter");
  81   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,In,"Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",anyImagePointer,"");
  82   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Spacing,"Spacing",std::vector<double>,"spacing");
  83   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Interpolation,"Interpolation: Linear (default) || BSpline || NearestNeighbor)  ",std::string,"");
  84   BBTK_OUTPUT(ResampleImageFilter,Out,"Output image. Of the same type and dimension than the input image",anyImagePointer,"");
  85   BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter);
  86  //===================================================
  87
  88
  89
  90  //===================================================
  91    void ResampleImageFilter::ProcessSwitch()
  92   {
  93     bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
  94     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->Process);
  95   }
  96  //===================================================
  97
  98  //===================================================
  99    template <class T>
 100   void ResampleImageFilter::Process()
 101   {
 102     bbtkDebugMessageInc("Core",9,
 103                         "bbitk::ResampleImageFilter::Process<"
 104                         <<bbtk::TypeName<T>()<<">()"<<std::endl);
 105
 106     typedef T ImageType;
 107     typedef itk::ResampleImageFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
 108     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 109     const unsigned int Dimension = ImageType::ImageDimension;
 110
 111     // Input
 112     T* in = this->bbGetInputIn().get<T*>();
 113     filter->SetInput( in );
 114
 115     // Size, Spacing, Origin and DefaultPixelVal
 116     typename ImageType::SizeType size;
 117     typename ImageType::SpacingType spacing;
 118     typename ImageType::PointType origin;
 119     typename ImageType::RegionType LPR;
 120     LPR = in->GetLargestPossibleRegion();
 121     size = LPR.GetSize();
 122     //    origin = LPR.GetIndex(); //in->GetOrigin();
 123      for (unsigned int i=0;i<Dimension;++i)
 124       {
 125         origin[i] = LPR.GetIndex()[i]*in->GetSpacing()[i];
 126         spacing[i] = bbGetInputSpacing()[i];
 127         double tmp = (LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i] ) + 0.5;
 128         size[i] = (long)floor(tmp);
 129 //      size[i] = (long)lrint(LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i]);
 130        }
 131
 132     filter->SetOutputOrigin (origin);
 133     filter->SetSize (size);
 134     filter->SetOutputSpacing( spacing );
 135
 136     filter->SetDefaultPixelValue (0);
 137     filter->SetOutputDirection( in->GetDirection() );
 138
 139
 140
 141     // Transform
 142     typedef itk::AffineTransform < double, Dimension> TransformType;
 143
 144     // Instance of the transform object to be passed to the resample filter
 145     // By default, identity transform is applied
 146     typename TransformType::Pointer transform =  TransformType::New();
 147     filter->SetTransform ( transform );
 148
 149
 150
 151     if  ( bbGetInputInterpolation() == "NearestNeighbor" ) {
 152       typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 153       // We create an interpolator of the found type
 154       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 155       filter->SetInterpolator( interpolator );
 156     }
 157     else if  ( bbGetInputInterpolation() == "BSpline") {
 158       typedef itk::BSplineInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 159       // We create an interpolator of the found type
 160       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 161       filter->SetInterpolator(interpolator);
 162       // When handling unsigned data, it is possible that the interpolated value is negative
 163       // if ( (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uchar")   ||
 164       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "ushort")  ||
 165       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uint") ) {
 166       //        std::cout << "Warning! you're using unsigned data ! The interpolated value may result negative! "<< std::endl;
 167       // }
 168     } //end else if
 169     // Interpolation
 170     else { // if ( bbGetInputInterpolation() == "Linear" ) {
 171       typedef itk::LinearInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 172       // We create an interpolator of the found type
 173       typename InterpolatorType::Pointer interpolator =  InterpolatorType::New();
 174       filter->SetInterpolator( interpolator );
 175     }
 176
 177     filter->Update();
 178     filter->GetOutput()->Register();
 179     if (mOutput) mOutput->UnRegister();
 180     this->bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
 181     mOutput = filter->GetOutput();
 182
 183     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 184   }
 185    //===================================================
 186
 187
 188         //-----------------------------------------------------------------
 189         void ResampleImageFilter::bbUserSetDefaultValues()
 190         {
 191                 std::vector<double> res;
 192                 res.push_back(1);
 193                 res.push_back(1);
 194                 res.push_back(1);
 195                 bbSetInputSpacing(res);
 196                 mOutput = 0;
 197         }
 198
 199         //-----------------------------------------------------------------
 200         void ResampleImageFilter::bbUserInitializeProcessing()
 201         {
 202         }
 203
 204         //-----------------------------------------------------------------
 205         void ResampleImageFilter::bbUserFinalizeProcessing()
 206         {
 207         }
 208
 209
 210 } // EO namespace bbitk
 211
 212 #endif   // _USE_ITK_