packages/itk/src/bbitkResampleImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkResampleImageFilter.h,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2011/05/03 12:24:22 $
   6   Version:   $Revision: 1.11 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  16 *  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  17 *  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  18 *  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  19 *  or in the file LICENSE.txt.
  20 *
  21 *  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  22 *  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  23 *  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  24 *  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  25 *  liability.
  26 *
  27 *  The fact that you are presently reading this means that you have had
  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31
  32 #ifdef _USE_ITK_
  33
  34 #include <math.h>
  35 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  36 #include "itkResampleImageFilter.h"
  37 #include "bbitkImage.h"
  38 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  39 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  40 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  41
  42 namespace bbitk
  43 {
  44
  45
  46  //===================================================
  47    class /*BBTK_EXPORT*/ ResampleImageFilter
  48     :
  49     public bbtk::AtomicBlackBox
  50   {
  51     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ResampleImageFilter, bbtk::AtomicBlackBox);
  52         BBTK_DECLARE_INPUT(In,anyImagePointer);
  53         BBTK_DECLARE_INPUT(Spacing,std::vector<double>);
  54         BBTK_DECLARE_INPUT(Interpolation,std::string);
  55         BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,anyImagePointer);
  56     BBTK_PROCESS(ProcessSwitch);
  57   private :
  58     inline void ProcessSwitch();
  59     template <class T> void Process();
  60     itk::Object* mOutput;
  61   };
  62  //===================================================
  63
  64  //===================================================
  65    BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter,
  66                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  67   BBTK_NAME("ResampleImageFilter");
  68   BBTK_AUTHOR("laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr");
  69   BBTK_DESCRIPTION("Resamples an image");
  70   BBTK_CATEGORY("image;filter");
  71   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,In,"Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",anyImagePointer,"");
  72   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Spacing,"Spacing",std::vector<double>,"spacing");
  73   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Interpolation,"Interpolation: Linear (default) || BSpline || NearestNeighbor)  ",std::string,"");
  74   BBTK_OUTPUT(ResampleImageFilter,Out,"Output image. Of the same type and dimension than the input image",anyImagePointer,"");
  75   BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter);
  76  //===================================================
  77
  78
  79
  80  //===================================================
  81    void ResampleImageFilter::ProcessSwitch()
  82   {
  83     bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
  84     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->Process);
  85   }
  86  //===================================================
  87
  88  //===================================================
  89    template <class T>
  90   void ResampleImageFilter::Process()
  91   {
  92     bbtkDebugMessageInc("Core",9,
  93                         "bbitk::ResampleImageFilter::Process<"
  94                         <<bbtk::TypeName<T>()<<">()"<<std::endl);
  95
  96     typedef T ImageType;
  97     typedef itk::ResampleImageFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
  98     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  99     const unsigned int Dimension = ImageType::ImageDimension;
 100
 101     // Input
 102     T* in = this->bbGetInputIn().get<T*>();
 103     filter->SetInput( in );
 104
 105     // Size, Spacing, Origin and DefaultPixelVal
 106     typename ImageType::SizeType size;
 107     typename ImageType::SpacingType spacing;
 108     typename ImageType::PointType origin;
 109     typename ImageType::RegionType LPR;
 110     LPR = in->GetLargestPossibleRegion();
 111     size = LPR.GetSize();
 112     //    origin = LPR.GetIndex(); //in->GetOrigin();
 113      for (unsigned int i=0;i<Dimension;++i)
 114       {
 115         origin[i] = LPR.GetIndex()[i]*in->GetSpacing()[i];
 116         spacing[i] = bbGetInputSpacing()[i];
 117         double tmp = (LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i] ) + 0.5;
 118         size[i] = (long)floor(tmp);
 119 //      size[i] = (long)lrint(LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i]);
 120        }
 121
 122     filter->SetOutputOrigin (origin);
 123     filter->SetSize (size);
 124     filter->SetOutputSpacing( spacing );
 125
 126     filter->SetDefaultPixelValue (0);
 127     filter->SetOutputDirection( in->GetDirection() );
 128
 129
 130
 131     // Transform
 132     typedef itk::AffineTransform < double, Dimension> TransformType;
 133
 134     // Instance of the transform object to be passed to the resample filter
 135     // By default, identity transform is applied
 136     typename TransformType::Pointer transform =  TransformType::New();
 137     filter->SetTransform ( transform );
 138
 139
 140
 141     if  ( bbGetInputInterpolation() == "NearestNeighbor" ) {
 142       typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 143       // We create an interpolator of the found type
 144       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 145       filter->SetInterpolator( interpolator );
 146     }
 147     else if  ( bbGetInputInterpolation() == "BSpline") {
 148       typedef itk::BSplineInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 149       // We create an interpolator of the found type
 150       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 151       filter->SetInterpolator(interpolator);
 152       // When handling unsigned data, it is possible that the interpolated value is negative
 153       // if ( (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uchar")   ||
 154       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "ushort")  ||
 155       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uint") ) {
 156       //        std::cout << "Warning! you're using unsigned data ! The interpolated value may result negative! "<< std::endl;
 157       // }
 158     } //end else if
 159     // Interpolation
 160     else { // if ( bbGetInputInterpolation() == "Linear" ) {
 161       typedef itk::LinearInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 162       // We create an interpolator of the found type
 163       typename InterpolatorType::Pointer interpolator =  InterpolatorType::New();
 164       filter->SetInterpolator( interpolator );
 165     }
 166
 167     filter->Update();
 168     filter->GetOutput()->Register();
 169     if (mOutput) mOutput->UnRegister();
 170     this->bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
 171     mOutput = filter->GetOutput();
 172
 173     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 174   }
 175    //===================================================
 176
 177
 178         //-----------------------------------------------------------------
 179         void ResampleImageFilter::bbUserSetDefaultValues()
 180         {
 181                 std::vector<double> res;
 182                 res.push_back(1);
 183                 res.push_back(1);
 184                 res.push_back(1);
 185                 bbSetInputSpacing(res);
 186                 mOutput = 0;
 187         }
 188
 189         //-----------------------------------------------------------------
 190         void ResampleImageFilter::bbUserInitializeProcessing()
 191         {
 192         }
 193
 194         //-----------------------------------------------------------------
 195         void ResampleImageFilter::bbUserFinalizeProcessing()
 196         {
 197         }
 198
 199
 200 } // EO namespace bbitk
 201
 202 #endif   // _USE_ITK_