packages/itk/src/bbitkResampleImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkResampleImageFilter.h,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2011/06/30 09:39:41 $
   6   Version:   $Revision: 1.12 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31
  32 #ifdef _USE_ITK_
  33
  34 #include <math.h>
  35 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  36 #include "itkResampleImageFilter.h"
  37 #include "bbitkImage.h"
  38 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  39 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  40 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  41
  42 // For ITK4
  43 #include <itkAffineTransform.h>
  44
  45 namespace bbitk
  46 {
  47
  48
  49  //===================================================
  50    class /*BBTK_EXPORT*/ ResampleImageFilter
  51     :
  52     public bbtk::AtomicBlackBox
  53   {
  54     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ResampleImageFilter, bbtk::AtomicBlackBox);
  55         BBTK_DECLARE_INPUT(In,anyImagePointer);
  56         BBTK_DECLARE_INPUT(Spacing,std::vector<double>);
  57         BBTK_DECLARE_INPUT(Interpolation,std::string);
  58         BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,anyImagePointer);
  59     BBTK_PROCESS(ProcessSwitch);
  60   private :
  61     inline void ProcessSwitch();
  62     template <class T> void Process();
  63     itk::Object* mOutput;
  64   };
  65  //===================================================
  66
  67  //===================================================
  68    BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter,
  69                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  70   BBTK_NAME("ResampleImageFilter");
  71   BBTK_AUTHOR("laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr");
  72   BBTK_DESCRIPTION("Resamples an image");
  73   BBTK_CATEGORY("image;filter");
  74   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,In,"Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",anyImagePointer,"");
  75   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Spacing,"Spacing",std::vector<double>,"spacing");
  76   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Interpolation,"Interpolation: Linear (default) || BSpline || NearestNeighbor)  ",std::string,"");
  77   BBTK_OUTPUT(ResampleImageFilter,Out,"Output image. Of the same type and dimension than the input image",anyImagePointer,"");
  78   BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter);
  79  //===================================================
  80
  81
  82
  83  //===================================================
  84    void ResampleImageFilter::ProcessSwitch()
  85   {
  86     bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
  87     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->Process);
  88   }
  89  //===================================================
  90
  91  //===================================================
  92    template <class T>
  93   void ResampleImageFilter::Process()
  94   {
  95     bbtkDebugMessageInc("Core",9,
  96                         "bbitk::ResampleImageFilter::Process<"
  97                         <<bbtk::TypeName<T>()<<">()"<<std::endl);
  98
  99     typedef T ImageType;
 100     typedef itk::ResampleImageFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
 101     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 102     const unsigned int Dimension = ImageType::ImageDimension;
 103
 104     // Input
 105     T* in = this->bbGetInputIn().get<T*>();
 106     filter->SetInput( in );
 107
 108     // Size, Spacing, Origin and DefaultPixelVal
 109     typename ImageType::SizeType size;
 110     typename ImageType::SpacingType spacing;
 111     typename ImageType::PointType origin;
 112     typename ImageType::RegionType LPR;
 113     LPR = in->GetLargestPossibleRegion();
 114     size = LPR.GetSize();
 115     //    origin = LPR.GetIndex(); //in->GetOrigin();
 116      for (unsigned int i=0;i<Dimension;++i)
 117       {
 118         origin[i] = LPR.GetIndex()[i]*in->GetSpacing()[i];
 119         spacing[i] = bbGetInputSpacing()[i];
 120         double tmp = (LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i] ) + 0.5;
 121         size[i] = (long)floor(tmp);
 122 //      size[i] = (long)lrint(LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i]);
 123        }
 124
 125     filter->SetOutputOrigin (origin);
 126     filter->SetSize (size);
 127     filter->SetOutputSpacing( spacing );
 128
 129     filter->SetDefaultPixelValue (0);
 130     filter->SetOutputDirection( in->GetDirection() );
 131
 132
 133
 134     // Transform
 135     typedef itk::AffineTransform < double, Dimension> TransformType;
 136
 137     // Instance of the transform object to be passed to the resample filter
 138     // By default, identity transform is applied
 139     typename TransformType::Pointer transform =  TransformType::New();
 140     filter->SetTransform ( transform );
 141
 142
 143
 144     if  ( bbGetInputInterpolation() == "NearestNeighbor" ) {
 145       typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 146       // We create an interpolator of the found type
 147       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 148       filter->SetInterpolator( interpolator );
 149     }
 150     else if  ( bbGetInputInterpolation() == "BSpline") {
 151       typedef itk::BSplineInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 152       // We create an interpolator of the found type
 153       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 154       filter->SetInterpolator(interpolator);
 155       // When handling unsigned data, it is possible that the interpolated value is negative
 156       // if ( (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uchar")   ||
 157       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "ushort")  ||
 158       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uint") ) {
 159       //        std::cout << "Warning! you're using unsigned data ! The interpolated value may result negative! "<< std::endl;
 160       // }
 161     } //end else if
 162     // Interpolation
 163     else { // if ( bbGetInputInterpolation() == "Linear" ) {
 164       typedef itk::LinearInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 165       // We create an interpolator of the found type
 166       typename InterpolatorType::Pointer interpolator =  InterpolatorType::New();
 167       filter->SetInterpolator( interpolator );
 168     }
 169
 170     filter->Update();
 171     filter->GetOutput()->Register();
 172     if (mOutput) mOutput->UnRegister();
 173     this->bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
 174     mOutput = filter->GetOutput();
 175
 176     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 177   }
 178    //===================================================
 179
 180
 181         //-----------------------------------------------------------------
 182         void ResampleImageFilter::bbUserSetDefaultValues()
 183         {
 184                 std::vector<double> res;
 185                 res.push_back(1);
 186                 res.push_back(1);
 187                 res.push_back(1);
 188                 bbSetInputSpacing(res);
 189                 mOutput = 0;
 190         }
 191
 192         //-----------------------------------------------------------------
 193         void ResampleImageFilter::bbUserInitializeProcessing()
 194         {
 195         }
 196
 197         //-----------------------------------------------------------------
 198         void ResampleImageFilter::bbUserFinalizeProcessing()
 199         {
 200         }
 201
 202
 203 } // EO namespace bbitk
 204
 205 #endif   // _USE_ITK_