packages/itk/src/bbitkResampleImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbitkResampleImageFilter.h,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2009/05/18 10:45:44 $
   6   Version:   $Revision: 1.10 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
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  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31
  32 #ifdef _USE_ITK_
  33
  34 #include <math.h>
  35 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  36 #include "itkResampleImageFilter.h"
  37 #include "bbitkImage.h"
  38 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  39 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  40 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  41
  42 namespace bbitk
  43 {
  44
  45
  46  //===================================================
  47    class /*BBTK_EXPORT*/ ResampleImageFilter
  48     :
  49     public bbtk::AtomicBlackBox
  50   {
  51     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(ResampleImageFilter,
  52                                   bbtk::AtomicBlackBox);
  53     BBTK_DECLARE_INPUT(In,anyImagePointer);
  54     BBTK_DECLARE_INPUT(Spacing,std::vector<double>);
  55     BBTK_DECLARE_INPUT(Interpolation,std::string);
  56     BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,anyImagePointer);
  57     BBTK_PROCESS(ProcessSwitch);
  58   private :
  59     inline void ProcessSwitch();
  60     template <class T> void Process();
  61     itk::Object* mOutput;
  62   };
  63  //===================================================
  64
  65  //===================================================
  66    BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter,
  67                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  68   BBTK_NAME("ResampleImageFilter");
  69   BBTK_AUTHOR("laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr");
  70   BBTK_DESCRIPTION("Resamples an image");
  71   BBTK_CATEGORY("image;filter");
  72   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,In,
  73              "Input image. Can be any itk::Image<T,D>*",anyImagePointer,"");
  74   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Spacing,
  75              "Spacing",std::vector<double>,"spacing");
  76   BBTK_INPUT(ResampleImageFilter,Interpolation,
  77              "Interpolation",std::string,"");
  78   BBTK_OUTPUT(ResampleImageFilter,Out,
  79               "Output image. Of the same type and dimension than the input image",
  80               anyImagePointer,"");
  81   BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(ResampleImageFilter);
  82  //===================================================
  83
  84
  85
  86  //===================================================
  87    void ResampleImageFilter::ProcessSwitch()
  88   {
  89     bbtk::TypeInfo t = bbGetInputIn().type();
  90     BBTK_TEMPLATE_ITK_IMAGE_SWITCH(t, this->Process);
  91   }
  92  //===================================================
  93
  94  //===================================================
  95    template <class T>
  96   void ResampleImageFilter::Process()
  97   {
  98     bbtkDebugMessageInc("Core",9,
  99                         "bbitk::ResampleImageFilter::Process<"
 100                         <<bbtk::TypeName<T>()<<">()"<<std::endl);
 101
 102     typedef T ImageType;
 103     typedef itk::ResampleImageFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
 104     typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 105     const unsigned int Dimension = ImageType::ImageDimension;
 106
 107     // Input
 108     T* in = this->bbGetInputIn().get<T*>();
 109     filter->SetInput( in );
 110
 111     // Size, Spacing, Origin and DefaultPixelVal
 112     typename ImageType::SizeType size;
 113     typename ImageType::SpacingType spacing;
 114     typename ImageType::PointType origin;
 115     typename ImageType::RegionType LPR;
 116     LPR = in->GetLargestPossibleRegion();
 117     size = LPR.GetSize();
 118     //    origin = LPR.GetIndex(); //in->GetOrigin();
 119      for (unsigned int i=0;i<Dimension;++i)
 120       {
 121         origin[i] = LPR.GetIndex()[i]*in->GetSpacing()[i];
 122         spacing[i] = bbGetInputSpacing()[i];
 123         double tmp = (LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i] ) + 0.5;
 124         size[i] = (long)floor(tmp);
 125 //      size[i] = (long)lrint(LPR.GetSize()[i]*in->GetSpacing()[i]/spacing[i]);
 126        }
 127
 128     filter->SetOutputOrigin (origin);
 129     filter->SetSize (size);
 130     filter->SetOutputSpacing( spacing );
 131
 132     filter->SetDefaultPixelValue (0);
 133     filter->SetOutputDirection( in->GetDirection() );
 134
 135
 136
 137     // Transform
 138     typedef itk::AffineTransform < double, Dimension> TransformType;
 139
 140     // Instance of the transform object to be passed to the resample filter
 141     // By default, identity transform is applied
 142     typename TransformType::Pointer transform =  TransformType::New();
 143     filter->SetTransform ( transform );
 144
 145
 146
 147     if  ( bbGetInputInterpolation() == "NearestNeighbor" ) {
 148       typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 149       // We create an interpolator of the found type
 150       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 151       filter->SetInterpolator( interpolator );
 152     }
 153     else if  ( bbGetInputInterpolation() == "BSpline") {
 154       typedef itk::BSplineInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 155       // We create an interpolator of the found type
 156       typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 157       filter->SetInterpolator(interpolator);
 158       // When handling unsigned data, it is possible that the interpolated value is negative
 159       // if ( (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uchar")   ||
 160       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "ushort")  ||
 161       //           (m_InputImage->GetComponentTypeAsString() == "uint") ) {
 162       //        std::cout << "Warning! you're using unsigned data ! The interpolated value may result negative! "<< std::endl;
 163       // }
 164     } //end else if
 165     // Interpolation
 166     else { // if ( bbGetInputInterpolation() == "Linear" ) {
 167       typedef itk::LinearInterpolateImageFunction < ImageType, double > InterpolatorType;
 168       // We create an interpolator of the found type
 169       typename InterpolatorType::Pointer interpolator =  InterpolatorType::New();
 170       filter->SetInterpolator( interpolator );
 171     }
 172
 173     filter->Update();
 174     filter->GetOutput()->Register();
 175     if (mOutput) mOutput->UnRegister();
 176     this->bbSetOutputOut( filter->GetOutput() );
 177     mOutput = filter->GetOutput();
 178
 179     bbtkDebugDecTab("Core",9);
 180   }
 181    //===================================================
 182
 183
 184         //-----------------------------------------------------------------
 185         void ResampleImageFilter::bbUserSetDefaultValues()
 186         {
 187                 std::vector<double> res;
 188                 res.push_back(1);
 189                 res.push_back(1);
 190                 res.push_back(1);
 191                 bbSetInputSpacing(res);
 192                 mOutput = 0;
 193         }
 194
 195         //-----------------------------------------------------------------
 196         void ResampleImageFilter::bbUserInitializeProcessing()
 197         {
 198         }
 199
 200         //-----------------------------------------------------------------
 201         void ResampleImageFilter::bbUserFinalizeProcessing()
 202         {
 203         }
 204
 205
 206 }
 207 // EO namespace bbtk
 208
 209 #endif