packages/std/src/bbstdFilesFromDirectory.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 #include "bbstdFilesFromDirectory.h"
  29 #include "bbstdPackage.h"
  30 #include <string>
  31
  32 #ifdef _MSC_VER
  33    #include <windows.h>
  34    #include <direct.h>
  35 #else
  36    #include <dirent.h>
  37    #include <sys/types.h>
  38 #endif
  39
  40 #include <sys/stat.h>  //stat function
  41
  42 namespace bbstd
  43 {
  44
  45 BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(std,FilesFromDirectory)
  46 BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(FilesFromDirectory,bbtk::AtomicBlackBox);
  47
  48 void FilesFromDirectory::Process()
  49 {
  50         Filenames.clear();
  51         SimpleFilenames.clear();
  52         DirName         = bbGetInputIn();
  53         bool rec        = bbGetInputRecursive();
  54         /*int nbFiles = */ Explore(DirName, rec);
  55         CleanFilenames( bbGetInputIn() );
  56         bbSetOutputOut(Filenames);
  57         bbSetOutputOutSimple(SimpleFilenames);
  58 }
  59
  60 void FilesFromDirectory::bbUserSetDefaultValues()
  61 {
  62     bbSetInputIn(".");
  63     bbSetInputRecursive(false);
  64     bbSetInputType(0);
  65 }
  66
  67 void FilesFromDirectory::bbUserInitializeProcessing()
  68 {
  69 }
  70
  71 void FilesFromDirectory::bbUserFinalizeProcessing()
  72 {
  73 }
  74
  75 /**
  76  * \brief   Add a SEPARATOR to the end of the name if necessary
  77  * @param   pathname file/directory name to normalize
  78  */
  79 std::string FilesFromDirectory::NormalizePath(std::string const &pathname)
  80 {
  81 #ifdef _WIN32
  82    const char FILESEPARATOR = '\\';
  83 #else
  84    const char FILESEPARATOR = '/';
  85 #endif
  86
  87    std::string name = pathname;
  88    int size = name.size();
  89
  90    if ( name[size-1] != FILESEPARATOR )
  91    {
  92       name += FILESEPARATOR;
  93    }
  94    return name;
  95 }
  96
  97 /**
  98  * \brief   Explores a directory with possibility of recursion
  99  *          return number of files read
 100  * @param  dirpath   directory to explore
 101  * @param  recursive whether we want recursion or not
 102  */
 103
 104
 105
 106 int FilesFromDirectory::Explore(std::string const &dirpath, bool recursive)
 107 {
 108         int numberOfFiles               = 0;
 109         std::string dirName     = NormalizePath(dirpath);
 110         int tmpNumberOfFiles;
 111         std::string fileName;
 112 #ifdef _MSC_VER
 113         WIN32_FIND_DATA fileData;
 114         //assert( dirName[dirName.size()-1] == '' );
 115         HANDLE hFile = FindFirstFile((dirName+"*").c_str(), &fileData);
 116
 117         for(BOOL b = (hFile != INVALID_HANDLE_VALUE); b;
 118        b = FindNextFile(hFile, &fileData))
 119         {
 120       fileName = fileData.cFileName;
 121       if ( fileData.dwFileAttributes & FILE_ATTRIBUTE_DIRECTORY )
 122       {
 123          // Need to check for . and .. to avoid infinite loop
 124          if ( fileName != "." && fileName != ".." && recursive )
 125          {
 126                         if (bbGetInputType()==1)
 127                         {
 128                         std::string temp = dirName+fileName;
 129                         Filenames.push_back(temp);
 130                         numberOfFiles++;
 131                         } // Type ALL_directories
 132
 133                         tmpNumberOfFiles        =       Explore(dirName+fileName, recursive);
 134                         if ((bbGetInputType()==2)&&tmpNumberOfFiles==0)
 135                         {
 136                         std::string temp = dirName+fileName;
 137                         Filenames.push_back(temp);
 138                         numberOfFiles++;
 139                         } // Type Lsast_directories
 140
 141                         numberOfFiles           =       numberOfFiles + tmpNumberOfFiles;
 142          } // if
 143       } else  {
 144 //      std::string temp = "\"" +dirName+fileName + "\"";
 145         std::string temp = dirName+fileName;
 146
 147 /*
 148         std::string::size_type spacePosition = temp.find_first_of(' ');
 149                 if (spacePosition != std::string::npos)
 150                 {
 151                         std::cout << "=========================================== File name : [" <<temp <<
 152               "] contains space(s); Discarted !" << std::endl;
 153                 temp.insert(spacePosition, "\\");
 154                         continue;  /// \TODO : fix the trouble (vtk?)
 155                 } // if !npos
 156 */
 157
 158
 159                 if (bbGetInputType()==0)
 160                 {
 161                         Filenames.push_back(temp);
 162                         numberOfFiles++;
 163                 } // Type files
 164
 165       } // if !directory
 166         } // for
 167         DWORD dwError = GetLastError();
 168         if (hFile != INVALID_HANDLE_VALUE)
 169         {
 170                 FindClose(hFile);
 171         }// hFile
 172         if (dwError != ERROR_NO_MORE_FILES)
 173         {
 174       LPVOID lpMsgBuf;
 175       FormatMessage(FORMAT_MESSAGE_ALLOCATE_BUFFER|
 176                     FORMAT_MESSAGE_FROM_SYSTEM|
 177                     FORMAT_MESSAGE_IGNORE_INSERTS,
 178                     NULL,GetLastError(),
 179                     MAKELANGID(LANG_NEUTRAL, SUBLANG_DEFAULT), // Default language
 180                     (LPTSTR) &lpMsgBuf,0,NULL);
 181
 182       //gdcmErrorMacro("FindNextFile error. Error is " << (char *)lpMsgBuf
 183       //             <<" for the directory : "<<dirName);
 184       return -1;
 185         } // dwError
 186
 187 #else
 188   // Real POSIX implementation: scandir is a BSD extension only, and doesn't
 189   // work on debian for example
 190
 191         DIR* dir = opendir( dirName.c_str() );
 192         if (!dir)
 193         {
 194                 return 0;
 195         }
 196
 197    // According to POSIX, the dirent structure contains a field char d_name[]
 198    // of unspecified size, with at most NAME_MAX characters preceeding the
 199    // terminating null character. Use of other fields will harm the  porta-
 200    // bility of your programs.
 201
 202         struct stat     buf;
 203         dirent                  *d;
 204         for (d = readdir(dir); d; d = readdir(dir))
 205         {
 206         fileName = dirName + d->d_name;
 207         std::string temp = fileName;
 208         if( stat(fileName.c_str(), &buf) != 0 )
 209         {
 210                  //gdcmErrorMacro( strerror(errno) );
 211         } // stat
 212         if ( S_ISREG(buf.st_mode) )    //is it a regular file?
 213         {
 214                 if ( d->d_name[0]!='.')
 215                 {
 216
 217 /*
 218                         std::string::size_type  spacePosition = temp.find_first_of(' ');
 219                 if (spacePosition != std::string::npos)
 220                         {
 221                                         std::cout << "=========================================== File name : [" <<temp <<
 222                                 "] contains space(s); Discarted !" << std::endl;
 223                         temp.insert(spacePosition, "\\");
 224                                         continue;   /// \TODO : fix the trouble (vtk?)
 225                 } // if spacePosition
 226 */
 227
 228                                 if (bbGetInputType()==0)
 229                                 {
 230                         Filenames.push_back(temp);
 231                                 numberOfFiles++;
 232                                 } // Type files
 233                 } // d_name
 234         } else if ( S_ISDIR(buf.st_mode) ) {  //directory?
 235                 if ( d->d_name[0] != '.' && recursive ) //we also skip hidden files
 236                 {
 237                                 if (bbGetInputType()==1)
 238                                 {
 239                         Filenames.push_back(fileName);
 240                                 numberOfFiles++;
 241                                 } // Type All_directories
 242
 243                                 tmpNumberOfFiles        = Explore( fileName, recursive);
 244                                 if ((bbGetInputType()==2)&&tmpNumberOfFiles==0)
 245                                 {
 246                                         Filenames.push_back(fileName);
 247                                 numberOfFiles++;
 248                                 } // Type Lsast_directories
 249                         numberOfFiles           = numberOfFiles+tmpNumberOfFiles;
 250                 } // d_name
 251                 } else {
 252                 //gdcmErrorMacro( "Unexpected error" );
 253                 return -1;
 254         } // Regular FILE
 255    }
 256    if( closedir(dir) != 0 )
 257    {
 258       //gdcmErrorMacro( strerror(errno) );
 259    }// closedir
 260 #endif
 261
 262
 263         return numberOfFiles;
 264 }
 265
 266
 267 //------------------------------------------------------------------------------
 268 void FilesFromDirectory::CleanFilenames( std::string basePath )
 269 {
 270         std::string tmpString;
 271         int i,ii,sizeFilenames = Filenames.size();
 272         int j,sizeFileEnd = bbGetInputFileEnd().size();
 273
 274         int okEraseElement;
 275
 276 //Selecting just the files in the FileEnd List
 277         if (bbGetInputFileEnd().size()!=0)
 278         {
 279                 for (i=sizeFilenames-1; i>=0; i--)
 280                 {
 281                         okEraseElement=0;
 282                         for (j=0; j<sizeFileEnd; j++)
 283                         {
 284                                 std::string tmp=Filenames[i].substr( (Filenames[i].length()) - (bbGetInputFileEnd()[j]).length() ) ;
 285                                 if (bbGetInputFileEnd()[j].compare( tmp )==0 )
 286                                 {
 287                                         okEraseElement++;
 288                                 } // if FileEnd
 289                         } // for j
 290
 291                         if (okEraseElement==0)
 292                         {
 293                                 Filenames.erase( Filenames.begin()+i );
 294                         }
 295                 } // for i
 296         } // if FileEnd !=0
 297
 298         sizeFilenames = Filenames.size();
 299
 300 // Cleanning paths with spaces
 301         for (i=0; i<sizeFilenames; i++)
 302         {
 303                 tmpString=Filenames[i];
 304
 305                 std::string::size_type  spacePosition = tmpString.find_first_of(' ');
 306                 if (spacePosition != std::string::npos)
 307                 {
 308                         std::cout << "=========================================== File name : [" <<tmpString <<
 309                 "] contains space(s); Discarted !" << std::endl;
 310                         tmpString.insert(spacePosition, "\\");
 311                         Filenames[i]=tmpString;
 312 //                      continue;   /// \TODO : fix the trouble (vtk?)
 313                 } // if spacePosition
 314         }
 315
 316
 317 // Alphabetical order
 318         for (i=0; i<sizeFilenames; i++)
 319         {
 320         for (ii=i; ii<sizeFilenames; ii++)
 321                 {
 322                         if (Filenames[i]>Filenames[ii])
 323                 {
 324                         tmpString=Filenames[i];
 325                         Filenames[i]=Filenames[ii];
 326                         Filenames[ii]=tmpString;
 327                 } // if
 328         } // for ii
 329         } // for i
 330
 331 // Creating SimpleFilenames
 332         unsigned int lenghtBasePath = basePath.length();
 333         for (i=0; i<sizeFilenames; i++)
 334         {
 335                 SimpleFilenames.push_back( Filenames[i].substr( lenghtBasePath ) );
 336         } // for i
 337
 338 }
 339
 340
 341
 342
 343 /*
 344
 345 int FilesFromDirectory::Explore(std::string const &dirpath, bool recursive)
 346 {
 347    Filenames.clear();
 348    int numberOfFiles = 0;
 349    std::string fileName;
 350    std::string dirName = NormalizePath(dirpath);
 351 #ifdef _MSC_VER
 352    WIN32_FIND_DATA fileData;
 353    //assert( dirName[dirName.size()-1] == '' );
 354    HANDLE hFile = FindFirstFile((dirName+"*").c_str(), &fileData);
 355
 356    for(BOOL b = (hFile != INVALID_HANDLE_VALUE); b;
 357        b = FindNextFile(hFile, &fileData))
 358    {
 359       fileName = fileData.cFileName;
 360       if ( fileData.dwFileAttributes & FILE_ATTRIBUTE_DIRECTORY )
 361       {
 362          // Need to check for . and .. to avoid infinite loop
 363          if ( fileName != "." && fileName != ".." && recursive )
 364          {
 365             numberOfFiles += Explore(dirName+fileName, recursive);
 366          }
 367       }
 368       else
 369       {
 370 //         std::string temp = "\"" +dirName+fileName + "\"";
 371          std::string temp = dirName+fileName;
 372          std::string::size_type spacePosition = temp.find_first_of(' ');
 373                  if (spacePosition != std::string::npos)
 374          {
 375    std::cout << "=========================================== File name : [" <<temp <<
 376               "] contains space(s); Discarted !" << std::endl;
 377             temp.insert(spacePosition, "\\");
 378    continue;  /// \TODO : fix the trouble (vtk?)
 379          }
 380          Filenames.push_back(temp);
 381          numberOfFiles++;
 382       }
 383    }
 384    DWORD dwError = GetLastError();
 385    if (hFile != INVALID_HANDLE_VALUE)
 386       FindClose(hFile);
 387    if (dwError != ERROR_NO_MORE_FILES)
 388    {
 389       LPVOID lpMsgBuf;
 390       FormatMessage(FORMAT_MESSAGE_ALLOCATE_BUFFER|
 391                     FORMAT_MESSAGE_FROM_SYSTEM|
 392                     FORMAT_MESSAGE_IGNORE_INSERTS,
 393                     NULL,GetLastError(),
 394                     MAKELANGID(LANG_NEUTRAL, SUBLANG_DEFAULT), // Default language
 395                     (LPTSTR) &lpMsgBuf,0,NULL);
 396
 397       //gdcmErrorMacro("FindNextFile error. Error is " << (char *)lpMsgBuf
 398       //             <<" for the directory : "<<dirName);
 399       return -1;
 400    }
 401
 402 #else
 403   // Real POSIX implementation: scandir is a BSD extension only, and doesn't
 404   // work on debian for example
 405
 406    DIR* dir = opendir(dirName.c_str());
 407    if (!dir)
 408    {
 409       return 0;
 410    }
 411
 412    // According to POSIX, the dirent structure contains a field char d_name[]
 413    // of unspecified size, with at most NAME_MAX characters preceeding the
 414    // terminating null character. Use of other fields will harm the  porta-
 415    // bility of your programs.
 416
 417    struct stat buf;
 418    dirent *d;
 419    for (d = readdir(dir); d; d = readdir(dir))
 420    {
 421       fileName = dirName + d->d_name;
 422       std::string temp = fileName;
 423       if( stat(fileName.c_str(), &buf) != 0 )
 424       {
 425          //gdcmErrorMacro( strerror(errno) );
 426       }
 427       if ( S_ISREG(buf.st_mode) )    //is it a regular file?
 428       {
 429          if ( d->d_name[0]!='.')
 430          {
 431
 432              std::string::size_type  spacePosition = temp.find_first_of(' ');
 433              if (spacePosition != std::string::npos)
 434              {
 435    std::cout << "=========================================== File name : [" <<temp <<
 436               "] contains space(s); Discarted !" << std::endl;
 437                  temp.insert(spacePosition, "\\");
 438    continue;   /// \TODO : fix the trouble (vtk?)
 439              }
 440              Filenames.push_back(temp);
 441              numberOfFiles++;
 442          }
 443       }
 444       else if ( S_ISDIR(buf.st_mode) ) //directory?
 445       {
 446          if ( d->d_name[0] != '.' && recursive ) //we also skip hidden files
 447          {
 448             numberOfFiles += Explore( fileName, recursive);
 449          }
 450       }
 451       else
 452       {
 453          //gdcmErrorMacro( "Unexpected error" );
 454          return -1;
 455       }
 456    }
 457    if( closedir(dir) != 0 )
 458    {
 459       //gdcmErrorMacro( strerror(errno) );
 460    }
 461 #endif
 462
 463   std::string tmpString;
 464   int i,ii,sizeFilenames = Filenames.size();
 465   for (i=0; i<sizeFilenames; i++)
 466   {
 467     for (ii=i; ii<sizeFilenames; ii++)
 468     {
 469         if (Filenames[i]>Filenames[ii])
 470         {
 471           tmpString=Filenames[i];
 472           Filenames[i]=Filenames[ii];
 473           Filenames[ii]=tmpString;
 474         } // if
 475     } // for ii
 476   } // for i
 477
 478   return numberOfFiles;
 479 }
 480 */
 481
 482 }
 483 // EO namespace bbstd
 484
 485