packages/vtk/src/bbvtkSegmentationConnectivity.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
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   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
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  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkSegmentationConnectivity.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.8 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42
  43 #include "bbvtkSegmentationConnectivity.h"
  44 #include "bbvtkPackage.h"
  45
  46 #include "bbtkStaticLecture.h"
  47
  48 namespace bbvtk
  49 {
  50   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,SegmentationConnectivity);
  51   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(SegmentationConnectivity,
  52                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  53
  54 // --------------------------------------------------------------
  55
  56   void SegmentationConnectivity::bbUserSetDefaultValues()
  57   {
  58           thresh2       = NULL;
  59 //        cast2         = NULL;
  60           connect2      = NULL;
  61           cast4         = NULL;
  62
  63           bbSetInputIn(NULL);
  64           std::vector<int> position;
  65           position.push_back(0);
  66           position.push_back(0);
  67           position.push_back(0);
  68           bbSetInputPositionXYZ(position);
  69           std::vector<int> threshold;
  70           threshold.push_back(0);
  71           threshold.push_back(0);
  72           bbSetInputThresholdMinMax(threshold);
  73           bbSetOutputOut(NULL);
  74
  75           bbSetInputOutputFormat("SAME");
  76           bbSetInputValue(255);
  77
  78
  79   }
  80
  81 // --------------------------------------------------------------
  82
  83         void SegmentationConnectivity::bbUserInitializeProcessing()
  84         {
  85
  86                 thresh2 = vtkImageThreshold::New();
  87                         thresh2->SetInValue(255);
  88                         thresh2->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
  89                 connect2 = vtkImageSeedConnectivity::New();
  90                         connect2->SetInput(thresh2->GetOutput());
  91                         connect2->SetInputConnectValue(255);
  92                         connect2->SetOutputConnectedValue( 255 );
  93                         connect2->SetOutputUnconnectedValue(0);
  94                 cast4 = vtkImageCast::New();
  95                         cast4->SetInput(connect2->GetOutput());
  96
  97 // EED 2016 06 15
  98
  99 /*
 100                 thresh2 = vtkImageThreshold::New();
 101                         thresh2->SetInValue(255);
 102                         thresh2->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 103                         thresh2->SetOutValue(0);
 104                 cast2 = vtkImageCast::New();
 105                         cast2->SetInput(thresh2->GetOutput());
 106                         cast2->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
 107                 connect2 = vtkImageSeedConnectivity::New();
 108                         connect2->SetInput(cast2->GetOutput());
 109                         connect2->SetInputConnectValue(255);
 110                         connect2->SetOutputConnectedValue(255);
 111                         connect2->SetOutputUnconnectedValue(0);
 112                 cast4 = vtkImageCast::New();
 113                         cast4->SetInput(connect2->GetOutput());
 114                         cast4->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
 115 */
 116
 117         }
 118
 119 // --------------------------------------------------------------
 120
 121   void SegmentationConnectivity::bbUserFinalizeProcessing()
 122   {
 123           if (thresh2!=NULL)
 124           {
 125                   thresh2->Delete();
 126                   thresh2=NULL;
 127           }
 128 //        if (cast2!=NULL)
 129 //        {
 130 //                cast2->Delete();
 131 //                cast2=NULL;
 132 //        }
 133           if (connect2!=NULL)
 134           {
 135                   connect2->Delete();
 136                   connect2=NULL;
 137           }
 138           if (cast4!=NULL)
 139           {
 140                   cast4->Delete();
 141                   cast4=NULL;
 142           }
 143   }
 144
 145
 146
 147
 148 // --------------------------------------------------------------
 149
 150   void SegmentationConnectivity::DoProcess()
 151   {
 152         int outputformat = bbtkStaticLecture::GetTypeFormat( bbGetInputOutputFormat() , bbGetInputIn() );
 153
 154
 155
 156     vtkImageData *imagedata = bbGetInputIn();
 157     imagedata->UpdateInformation();
 158     imagedata->SetUpdateExtent(imagedata->GetWholeExtent());
 159     imagedata->Update();
 160     thresh2->ThresholdBetween(3000, 3001);
 161     thresh2->SetInput(imagedata);
 162     thresh2->ThresholdBetween(bbGetInputThresholdMinMax()[0], bbGetInputThresholdMinMax()[1]);
 163     thresh2->Modified();
 164     thresh2->Update();
 165 // EED 2016 06 15
 166 //    cast2->Modified();
 167 //    cast2->Update();
 168     connect2->RemoveAllSeeds ();
 169
 170         int x = bbGetInputPositionXYZ()[0];
 171         int y = bbGetInputPositionXYZ()[1];
 172         int z = bbGetInputPositionXYZ()[2];
 173
 174           int ext[6];
 175           imagedata->GetWholeExtent(ext);
 176           int maxx = ext[1]-ext[0]+1;
 177           int maxy = ext[3]-ext[2]+1;
 178           int maxz = ext[5]-ext[4]+1;
 179           if ( x<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range x: %d -> 0 \n",x ); x=0; }
 180           if ( y<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range y: %d -> 0 \n",y ); y=0;}
 181           if ( z<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range z: %d -> 0 \n",z ); z=0;}
 182
 183           if ( x>=maxx ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range x: %d -> %d \n",x, maxx-1 ); x=maxx-1; }
 184           if ( y>=maxy ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range y: %d -> %d \n",y, maxy-1 ); y=maxy-1; }
 185           if ( z>=maxz ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range z: %d -> %d \n",y, maxz-1 ); z=maxz-1; }
 186
 187           connect2->AddSeed( x,y,z );
 188           connect2->SetOutputConnectedValue( bbGetInputValue() );
 189           cast4->SetOutputScalarType( outputformat );
 190
 191           connect2->Modified();
 192           connect2->Update();
 193           cast4->Update();
 194           bbSetOutputOut(cast4->GetOutput() );
 195   }
 196
 197 }// EO namespace bbvtk
 198
 199 #endif //_USE_VTK_
 200
 201
 202
 203
 204